GO注釋和富集分析

GO注釋是對(duì)某個(gè)特定基因功能的描述。每一條GO注釋由一個(gè)基因和相應(yīng)的GO term組成。這些描述一起構(gòu)成了當(dāng)前的生物學(xué)認(rèn)知的“快照”。關(guān)于基因功能的碎片化的認(rèn)知可能建立在不同的等級(jí)之上，這就是為什么每條GO注釋總是會(huì)引用其基礎(chǔ)的證據(jù)。證據(jù)以GO“證據(jù)碼”的形式呈現(xiàn)，具體可能是一個(gè)已發(fā)表的文獻(xiàn)或者創(chuàng)建這條注釋的方法。

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所有的GO注釋，最終都會(huì)被科學(xué)文獻(xiàn)支持。GO證據(jù)碼描述了證據(jù)并且粗略的反應(yīng)了這條注釋與直接的實(shí)驗(yàn)證據(jù)相距多遠(yuǎn)，以及這條注釋是否被專家評(píng)估過(guò)。

Go語(yǔ)言基礎(chǔ)語(yǔ)法（一）

本文介紹一些Go語(yǔ)言的基礎(chǔ)語(yǔ)法。

先來(lái)看一個(gè)簡(jiǎn)單的go語(yǔ)言代碼：

go語(yǔ)言的注釋方法：

代碼執(zhí)行結(jié)果：

下面來(lái)進(jìn)一步介紹go的基礎(chǔ)語(yǔ)法。

go語(yǔ)言中格式化輸出可以使用 fmt 和 log 這兩個(gè)標(biāo)準(zhǔn)庫(kù)，

常用方法：

示例代碼：

執(zhí)行結(jié)果：

更多格式化方法可以訪問(wèn)中的fmt包。

log包實(shí)現(xiàn)了簡(jiǎn)單的日志服務(wù)，也提供了一些格式化輸出的方法。

執(zhí)行結(jié)果：

下面來(lái)介紹一下go的數(shù)據(jù)類型

下表列出了go語(yǔ)言的數(shù)據(jù)類型：

int、float、bool、string、數(shù)組和struct屬于值類型，這些類型的變量直接指向存在內(nèi)存中的值；slice、map、chan、pointer等是引用類型，存儲(chǔ)的是一個(gè)地址，這個(gè)地址存儲(chǔ)最終的值。

常量是在程序編譯時(shí)就確定下來(lái)的值，程序運(yùn)行時(shí)無(wú)法改變。

執(zhí)行結(jié)果：

執(zhí)行結(jié)果：

Go 語(yǔ)言的運(yùn)算符主要包括算術(shù)運(yùn)算符、關(guān)系運(yùn)算符、邏輯運(yùn)算符、位運(yùn)算符、賦值運(yùn)算符以及指針相關(guān)運(yùn)算符。

算術(shù)運(yùn)算符：

關(guān)系運(yùn)算符：

邏輯運(yùn)算符：

位運(yùn)算符：

賦值運(yùn)算符：

指針相關(guān)運(yùn)算符：

下面介紹一下go語(yǔ)言中的if語(yǔ)句和switch語(yǔ)句。另外還有一種控制語(yǔ)句叫select語(yǔ)句，通常與通道聯(lián)用，這里不做介紹。

if語(yǔ)法格式如下：

if ... else ：

else if：

示例代碼：

語(yǔ)法格式：

另外，添加 fallthrough 會(huì)強(qiáng)制執(zhí)行后面的 case 語(yǔ)句，不管下一條case語(yǔ)句是否為true。

示例代碼：

執(zhí)行結(jié)果：

下面介紹幾種循環(huán)語(yǔ)句：

執(zhí)行結(jié)果：

執(zhí)行結(jié)果：

也可以通過(guò)標(biāo)記退出循環(huán)：

--THE END--

GO(Gene Ontology)

Ontology 首先是出現(xiàn)于哲學(xué)領(lǐng)域的一個(gè)詞匯，后來(lái)廣泛用于計(jì)算機(jī)領(lǐng)域，發(fā)揮了很重要的作用，再后來(lái)這個(gè)概念被引入生物領(lǐng)域。

gene Ontology 是生物中Ontology中一個(gè)重要應(yīng)用。go項(xiàng)目最初是由研究三種模式生物（果蠅、小鼠和酵母）基因組的研究者共同發(fā)起。是生物信息分析中很重要的一個(gè)方法

go是在生物領(lǐng)域應(yīng)用非常廣，可以幫助生物學(xué)家對(duì)基因產(chǎn)物進(jìn)行準(zhǔn)確的定義（功能、位置），節(jié)省時(shí)間。

因?yàn)樵谧铋_(kāi)始的時(shí)候，生物學(xué)家們更多是專注于自己研究的物種/課題，而且每個(gè)生物學(xué)家對(duì)功能等的定義是存在差異的，導(dǎo)致不同實(shí)驗(yàn)室/物種不能實(shí)現(xiàn)直接的對(duì)接（比如A物種內(nèi)的x基因的功能使用的是a這個(gè)詞匯進(jìn)行注釋，而B(niǎo)物種內(nèi)的x基因的功能卻使用的是與a同義的詞匯b進(jìn)行注釋，這種情況計(jì)算機(jī)無(wú)法識(shí)別），就像講兩種語(yǔ)言的人，無(wú)法直接進(jìn)行語(yǔ)言交流。這種情況導(dǎo)致的問(wèn)題是，出現(xiàn)了一種阻礙，讓問(wèn)題復(fù)雜化了。所以就有了Ontology在生物領(lǐng)域中的應(yīng)用，實(shí)現(xiàn)“書(shū)同文”。

go定義了基因/基因產(chǎn)物的功能（通過(guò)術(shù)語(yǔ)）且定義了它們各自之間功能是怎樣聯(lián)系的（關(guān)系）。它組成了一個(gè)具有大量term的詞匯庫(kù)，并定義各種term之間的關(guān)系（is_a part_of R）。

GO通過(guò)三個(gè)方面的術(shù)語(yǔ)對(duì)基因/基因產(chǎn)物的功能進(jìn)行描述：分子功能(molecular function) -由基因/基因產(chǎn)物行使的分子水平上的功能； 細(xì)胞組件(cellular component)-基因/基因產(chǎn)物產(chǎn)生功能時(shí)其在細(xì)胞結(jié)構(gòu)上的位置；生物學(xué)過(guò)程(biological process)-在哪個(gè)生物學(xué)通路/生物過(guò)程發(fā)揮作用。

目前，GO 注釋主要有兩種方法：

（1）序列相似性比對(duì)（BLAST）：例如blast2go（將blast結(jié)果轉(zhuǎn)化為GO注釋）

（2）結(jié)構(gòu)域相似性比對(duì)（InterProScan）

blast2go的本地化教程：

在blast2go軟件正確安裝的情況下，使用blast2go進(jìn)行g(shù)o注釋，出現(xiàn)無(wú)法得到注釋結(jié)果的問(wèn)題：

另外還有可能出錯(cuò)的原因是，blast2go無(wú)法識(shí)別blast高的版本號(hào)，當(dāng)使用高版本的blast的時(shí)候，直接將版本號(hào)給修改為低版本的就行了，例如（BLASTX 2.2.25+）

GO 的圖形是一個(gè)有向無(wú)環(huán)圖

go是什么意思

一是一種編程語(yǔ)言，另一個(gè)是動(dòng)詞，表示走的意思。

簡(jiǎn)介

Go是谷歌2009年發(fā)布的第二款編程語(yǔ)言。2009年7月份，谷歌曾發(fā)布了Simple語(yǔ)言，它是用來(lái)開(kāi)發(fā)Android應(yīng)用的一種BASIC語(yǔ)言。 谷歌資深軟件工程師羅布·派克(Rob Pike)表示，“Go讓我體驗(yàn)到了從未有過(guò)的開(kāi)發(fā)效率。”派克表示，和今天的C++或C一樣，Go是一種系統(tǒng)語(yǔ)言。他解釋道，“使用它可以進(jìn)行快速開(kāi)發(fā)，同時(shí)它還是一個(gè)真正的編譯語(yǔ)言，我們之所以現(xiàn)在將其開(kāi)源，原因是我們認(rèn)為它已經(jīng)非常有用和強(qiáng)大。” 2007年，谷歌把Go作為一個(gè)20%項(xiàng)目開(kāi)始研發(fā)，即讓員工抽出本職工作之外時(shí)間的20%，投入在該項(xiàng)目上。除了派克外，該項(xiàng)目的成員還其它一些谷歌工程師。 派克表示，編譯后Go代碼的運(yùn)行速度與C語(yǔ)言非常接近，而且編譯速度非常快，就像在使用一個(gè)交互式語(yǔ)言。 現(xiàn)有編程語(yǔ)言均未專門(mén)對(duì)多核處理器進(jìn)行優(yōu)化。派克表示，Go就是谷歌工程師為這類程序編寫(xiě)的一種語(yǔ)言。它不是針對(duì)編程初學(xué)者設(shè)計(jì)的，但學(xué)習(xí)使用它也不是非常困難。Go支持面向?qū)ο螅揖哂姓嬲姆庋b(closures)和反射(reflection)等功能。 在學(xué)習(xí)曲線方面，派克認(rèn)為Go與Java類似，對(duì)于Java開(kāi)發(fā)者來(lái)說(shuō)，應(yīng)該能夠輕松學(xué)會(huì)Go。 之所以將Go作為一個(gè)開(kāi)源項(xiàng)目發(fā)布，目的是讓開(kāi)源社區(qū)有機(jī)會(huì)創(chuàng)建更好的工具來(lái)使用該語(yǔ)言，例如Eclipse IDE中的插件。目前還沒(méi)有支持Go的IDE。 在目前谷歌公開(kāi)發(fā)布的所有網(wǎng)絡(luò)應(yīng)用中，均沒(méi)有使用Go。但是谷歌已經(jīng)使用該語(yǔ)言開(kāi)發(fā)了幾個(gè)內(nèi)部項(xiàng)目。 派克表示，Go是否會(huì)對(duì)谷歌即將推出的Chrome OS產(chǎn)生影響，現(xiàn)在還言之尚早，不過(guò)Go的確可以和Native Client配合使用。他表示，“Go可以讓?xiě)?yīng)用完美的運(yùn)行在瀏覽器內(nèi)。”例如，使用Go可以更高效的實(shí)現(xiàn)Wave，無(wú)論是在前端還是后臺(tái)。

gene ontology

GO（gene ontology）但是它已經(jīng)成為生物信息領(lǐng)域中一個(gè)極為重要的方法和工具，并正在逐步改變著我們對(duì) biological data的組織和理解方式，它的存在已經(jīng)大大加快了我們對(duì)所擁有的生物數(shù)據(jù)的整合和利用，我們應(yīng)該逐步學(xué)會(huì)理解和掌握這種思想和工具。 眾所周知，sequence based biology中的核心內(nèi)容即是對(duì)序列的Annotation（注釋），其中主要包含structural annotation和functional annotation，前者涉及分析sequence在genome中的locus以及exon，intron，promoter等的location，而后者則是推斷序列編碼產(chǎn)物的功能，也正是我們?cè)诹抡擃}中所著重探討的。應(yīng)該說(shuō)，這二者是相互關(guān)聯(lián)的。 隨著多種生物genome的相繼解碼，同時(shí)大量ESTs以及gene expression profile date的積累，使得annotation的工作量和復(fù)雜度大大增加。然而另一方面，大多數(shù)基因在不同真核生物中擁有共同的主要生物功能，通過(guò)在某些物種中獲得的基因或者蛋白質(zhì)（shared protein）的生物學(xué)信息，可以用以解釋其他物種中對(duì)應(yīng)的基因或蛋白（especially in comparative genomics）。由于這些繁復(fù)的功能信息主要是包含在積累的文獻(xiàn)之中，如何有效的提取和綜合這些信息就是我們面臨的核心困難，這也是GO所要著力解決的問(wèn)題。通過(guò)建立一套具有動(dòng)態(tài)形式的控制字集（controlled vocabulary），來(lái)解釋真核基因及蛋白在細(xì)胞內(nèi)所扮演的角色，并隨著生命科學(xué)研究的進(jìn)步，不斷積累和更新。一個(gè)ontology會(huì)被一個(gè)控制字集來(lái)描述并給予一定的名稱，通過(guò)制定“本體”ontologies并運(yùn)用統(tǒng)計(jì)學(xué)方法及自然語(yǔ)言處理技術(shù)，可以實(shí)現(xiàn)知識(shí)管理的專家系統(tǒng)控制。 到目前為止，Gene Ontology Consortium（GO的發(fā)起組織）的數(shù)據(jù)庫(kù)中有3大獨(dú)立的ontology被建立起來(lái)：biological process生物過(guò)程, molecular function分子功能及cellular component細(xì)胞組分。而這三個(gè)ontology下面又可以獨(dú)立出不同的亞層次，層層向下構(gòu)成一個(gè)ontologies的樹(shù)型分支結(jié)構(gòu)。可以說(shuō)， GO是生物學(xué)的統(tǒng)一化工具。

“go”在英漢詞典中的解釋(來(lái)源：百度詞典)：

GO

abbr.

1. =general order 通令

go

KK: []

DJ: []

vi.

1. 去;離去

2. 行走;旅行;移動(dòng)[Q]

3. 做(事);從事(活動(dòng))[+v-ing]

4. 變?yōu)?成為[L]

5. 處于...的狀態(tài)[L]

6. 衰退;受損;磨損

7. 開(kāi)始;開(kāi)動(dòng)

8. (機(jī)器等)運(yùn)轉(zhuǎn)

9. 通到;延及;至[W][Q]

10. 相配[W]

11. 【數(shù)】(除)得整數(shù)商[W]

12. 被放置;容得下[W][Q]

13. 售出;歸給[(+for/to)]

14. (與must, can, have to 連用)被去掉;被放棄;被辭退

15. (消息等)被傳遞,流傳[W][+that]

16. 被接受;被準(zhǔn)許;有效[W]

17. 進(jìn)行;結(jié)果[Q]

18. 發(fā)出聲響;(鐘)報(bào)時(shí)

19. 完結(jié);死

vt.

1. 拿...打賭[(+on)]

2. 【口】(常用于否定句)忍耐

n.

1. 【口】輪到的機(jī)會(huì)[C]

2. 【口】嘗試[C][(+at)]

3. 【口】精力;精神[U]

4. 【口】意外的事態(tài)[S]

5. 去;進(jìn)行[U]

6. 【口】時(shí)髦東西[the S]

話說(shuō)樓主你問(wèn)的是哪個(gè)方面的啊~

GO 和 KEGG 的區(qū)別

1、屬性不同

Go（又稱 Golang）是 Google 的 Robert Griesemer，Rob Pike 及 Ken Thompson 開(kāi)發(fā)的一種靜態(tài)強(qiáng)類型、編譯型語(yǔ)言。功能：內(nèi)存安全，GC（垃圾回收），結(jié)構(gòu)形態(tài)及 CSP-style 并發(fā)計(jì)算。

KEGG 是了解高級(jí)功能和生物系統(tǒng)（如細(xì)胞、 生物和生態(tài)系統(tǒng)），從分子水平信息，尤其是大型分子數(shù)據(jù)集生成的基因組測(cè)序和其他高通量實(shí)驗(yàn)技術(shù)的實(shí)用程序數(shù)據(jù)庫(kù)資源，是國(guó)際最常用的生物信息數(shù)據(jù)庫(kù)之一，以“理解生物系統(tǒng)的高級(jí)功能和實(shí)用程序資源庫(kù)”著稱。

2、性質(zhì)不同

go是計(jì)算機(jī)編程語(yǔ)言。

KEGG基因組破譯方面的數(shù)據(jù)庫(kù)。

擴(kuò)展資料：

Go的語(yǔ)法接近C語(yǔ)言，但對(duì)于變量的聲明有所不同。Go支持垃圾回收功能。Go的并行模型是以東尼·霍爾的通信順序進(jìn)程（CSP）為基礎(chǔ)，采取類似模型的其他語(yǔ)言包括Occam和Limbo。

但它也具有Pi運(yùn)算的特征，比如通道傳輸。在1.8版本中開(kāi)放插件（Plugin）的支持，這意味著現(xiàn)在能從Go中動(dòng)態(tài)加載部分函數(shù)。

與C++相比，Go并不包括如枚舉、異常處理、繼承、泛型、斷言、虛函數(shù)等功能，但增加了 切片(Slice) 型、并發(fā)、管道、垃圾回收、接口（Interface）等特性的語(yǔ)言級(jí)支持。Go 2.0版本將支持泛型，對(duì)于斷言的存在，則持負(fù)面態(tài)度，同時(shí)也為自己不提供類型繼承來(lái)辯護(hù)。

不同于Java，Go內(nèi)嵌了關(guān)聯(lián)數(shù)組（也稱為哈希表（Hashes）或字典（Dictionaries）），就像字符串類型一樣。

KEGG是一個(gè)整合了基因組、化學(xué)和系統(tǒng)功能信息的數(shù)據(jù)庫(kù)。把從已經(jīng)完整測(cè)序的基因組中得到的基因目錄與更高級(jí)別的細(xì)胞、物種和生態(tài)系統(tǒng)水平的系統(tǒng)功能關(guān)聯(lián)起來(lái)是KEGG數(shù)據(jù)庫(kù)的特色之一。

人工創(chuàng)建了一個(gè)知識(shí)庫(kù)，這個(gè)知識(shí)庫(kù)是基于使用一種可計(jì)算的形式捕捉和組織實(shí)驗(yàn)得到的知識(shí)而形成的系統(tǒng)功能知識(shí)庫(kù)。它是一個(gè)生物系統(tǒng)的計(jì)算機(jī)模擬。

與其他數(shù)據(jù)庫(kù)相比，KEGG 的一個(gè)顯著特點(diǎn)就是具有強(qiáng)大的圖形功能，它利用圖形而不是繁縟的文字來(lái)介紹眾多的代謝途徑以及各途徑之間的關(guān)系，這樣可以使研究者能夠?qū)ζ渌芯康拇x途徑有一個(gè)直觀全面的了解。

參考資料來(lái)源：百度百科-go

參考資料來(lái)源：百度百科-KEGG

網(wǎng)頁(yè)標(biāo)題：go注釋的標(biāo)準(zhǔn)語(yǔ)言 go語(yǔ)言 注解
文章URL：http://chinadenli.net/article46/hghhhg.html

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