這篇文章將為大家詳細(xì)講解有關(guān)DGVa數(shù)據(jù)庫(kù)有什么用，小編覺(jué)得挺實(shí)用的，因此分享給大家做個(gè)參考，希望大家閱讀完這篇文章后可以有所收獲。

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DGVa是一個(gè)來(lái)自EBI的染色體結(jié)構(gòu)變異數(shù)據(jù)庫(kù)，通過(guò)文獻(xiàn)整理和科研人員提交兩種方式，存儲(chǔ)了多個(gè)物種的染色體結(jié)構(gòu)變異信息，網(wǎng)址如下

https://www.ebi.ac.uk/dgva

如下圖所示

該數(shù)據(jù)庫(kù)與NCBI的dbvar數(shù)據(jù)庫(kù)是合作關(guān)系，二者會(huì)及時(shí)的進(jìn)行數(shù)據(jù)交換。該數(shù)據(jù)庫(kù)的信息可以通過(guò)EBI的基因組瀏覽器或者biomart系統(tǒng)進(jìn)行查看，同時(shí)也提供了FTP下載功能。另外，該數(shù)據(jù)庫(kù)中的部分信息也導(dǎo)入到了DGV數(shù)據(jù)庫(kù)中。

和dbvar數(shù)據(jù)庫(kù)一致，該數(shù)據(jù)庫(kù)中的信息也分為了以下3個(gè)level

1. study,用std表示, 代表一個(gè)研究項(xiàng)目，該項(xiàng)目包含了一組結(jié)構(gòu)變異分析結(jié)果，每個(gè)study有一個(gè)唯一的編號(hào)，如果來(lái)自NCBI，則以nstd開(kāi)頭，如果來(lái)自EBI,則以estd開(kāi)頭

2. variant regions, 用sv表示，代表存在結(jié)構(gòu)變異的基因組區(qū)域，同樣有一個(gè)唯一的編號(hào)，如果來(lái)自NCBI，則以nsv開(kāi)頭，如果來(lái)自EBI,則以esv開(kāi)頭

3. variant calls, 用ssv表示，代表一個(gè)具體的結(jié)構(gòu)變異事件，包含了缺失，重復(fù)，CNV等多種類(lèi)型，同樣有一個(gè)唯一的編號(hào)，如果來(lái)自NCBI，則以nssv開(kāi)頭，如果來(lái)自EBI,則以essv開(kāi)頭

圖示如下

通過(guò)Biomart可以靈活的查看和下載DGVa的數(shù)據(jù)，示意如下

官網(wǎng)也提供了以study為單位的下載功能，示意如下

DGva和dbvar的數(shù)據(jù)是同步的，只不過(guò)下載的文件格式不同，DGVa提供的是GCF格式，而dbvar則提供了CSV,TSV,VCF等多種格式。

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本文名稱(chēng)：DGVa數(shù)據(jù)庫(kù)有什么用
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