這篇文章主要為大家展示了“3DIV數(shù)據(jù)庫有什么用”，內(nèi)容簡而易懂，條理清晰，希望能夠幫助大家解決疑惑，下面讓小編帶領(lǐng)大家一起研究并學(xué)習(xí)一下“3DIV數(shù)據(jù)庫有什么用”這篇文章吧。

讓客戶滿意是我們工作的目標(biāo)，不斷超越客戶的期望值來自于我們對(duì)這個(gè)行業(yè)的熱愛。我們立志把好的技術(shù)通過有效、簡單的方式提供給客戶，將通過不懈努力成為客戶在信息化領(lǐng)域值得信任、有價(jià)值的長期合作伙伴，公司提供的服務(wù)項(xiàng)目有：國際域名空間、雅安服務(wù)器托管、營銷軟件、網(wǎng)站建設(shè)、商都網(wǎng)站維護(hù)、網(wǎng)站推廣。

3DIV全稱如下

3D-genome Interaction Viewer and databse

是一個(gè)染色質(zhì)空間互作的數(shù)據(jù)庫，通過該數(shù)據(jù)庫可以查詢與某個(gè)感興趣的染色質(zhì)區(qū)域互作的所有染色質(zhì)片段信息，是一種one-to-all的查詢模式

數(shù)據(jù)庫網(wǎng)址如下

http://kobic.kr/3div/

利用GEO等公共數(shù)據(jù)庫下載Hi-C原始數(shù)據(jù)進(jìn)行分析，得到染色質(zhì)互作信息。對(duì)于染色質(zhì)區(qū)域，進(jìn)一步提供了以下3種注釋信息

1. gene annotation

2. gwas snp annotaion

3. chip singal annotation

數(shù)據(jù)庫中存儲(chǔ)的所有信息如下圖所示

對(duì)于輸入的特定染色質(zhì)區(qū)域，首先是記錄了hi-c圖譜中與之互作的染色質(zhì)區(qū)域，其次提供了該區(qū)域內(nèi)各種組蛋白修飾的信號(hào)分布，對(duì)應(yīng)的基因和位于該區(qū)域內(nèi)的疾病相關(guān)的snp位點(diǎn)。

該數(shù)據(jù)庫的查詢功能分為下圖所示的三個(gè)模塊

1.  Interaction Table

該模塊用于查詢某段染色質(zhì)區(qū)域?qū)?yīng)的互作信息，支持輸入染色質(zhì)區(qū)域，基因名稱，rs號(hào)3種數(shù)據(jù)格式，查詢結(jié)果如下所示

輸出特定樣本中與查詢區(qū)域存在互作的bin區(qū)域，并給出對(duì)應(yīng)的距離，以及歸一化前后的互作頻率，后續(xù)的其他列為bin區(qū)域?qū)?yīng)的注釋信息。

2.  Interaction visualization

該模塊用于查看指定區(qū)域的hi-C圖譜，結(jié)果示意如下

藍(lán)色三角形表示拓?fù)潢P(guān)聯(lián)結(jié)構(gòu)域TAD, 中間部分為輸入的區(qū)域與其他bin的互作頻率，藍(lán)色柱子為原始的頻率，粉紅色的散點(diǎn)為校正之后的互作頻率，其中的綠色水平線是過濾的閾值，大于該閾值的兩個(gè)互作染色質(zhì)區(qū)域會(huì)通過最下方的曲線來連接。

3.  Comparative interaction visualization

該模塊用于比較多個(gè)樣本中染色質(zhì)互作信息，結(jié)果示意如下

可以看到在vs信息欄中不同樣本分別用紅色和藍(lán)色表示，而Hi-C圖譜中也是對(duì)應(yīng)藍(lán)色和紅色，其中藍(lán)色區(qū)域代表該區(qū)域的互作頻率在藍(lán)色樣本中高，紅色區(qū)域代表該區(qū)域的互作頻率在紅色樣本中高，下面的圖的含義和模塊II中相同。

通過該數(shù)據(jù)庫，可以檢索和查看基于hi-c數(shù)據(jù)的染色質(zhì)互作信息。

以上是“3DIV數(shù)據(jù)庫有什么用”這篇文章的所有內(nèi)容，感謝各位的閱讀！相信大家都有了一定的了解，希望分享的內(nèi)容對(duì)大家有所幫助，如果還想學(xué)習(xí)更多知識(shí)，歡迎關(guān)注創(chuàng)新互聯(lián)行業(yè)資訊頻道！

網(wǎng)站名稱：3DIV數(shù)據(jù)庫有什么用
文章位置：http://chinadenli.net/article8/ggpcop.html

成都網(wǎng)站建設(shè)公司_創(chuàng)新互聯(lián)，為您提供網(wǎng)站排名、網(wǎng)站維護(hù)、搜索引擎優(yōu)化、標(biāo)簽優(yōu)化、網(wǎng)站營銷、動(dòng)態(tài)網(wǎng)站

廣告

聲明：本網(wǎng)站發(fā)布的內(nèi)容（圖片、視頻和文字）以用戶投稿、用戶轉(zhuǎn)載內(nèi)容為主，如果涉及侵權(quán)請(qǐng)盡快告知，我們將會(huì)在第一時(shí)間刪除。文章觀點(diǎn)不代表本網(wǎng)站立場(chǎng)，如需處理請(qǐng)聯(lián)系客服。電話：028-86922220；郵箱：631063699@qq.com。內(nèi)容未經(jīng)允許不得轉(zhuǎn)載，或轉(zhuǎn)載時(shí)需注明來源： 創(chuàng)新互聯(lián)