怎么用r語(yǔ)言分析rnaseq數(shù)據(jù)

那么，可想而至，繪制火山圖，需要三列數(shù)據(jù)，即logFC、adj.p.value和Symbol基因。這些數(shù)據(jù)正好是我們差異分析得到的。所以，火山圖只是用來(lái)可視化那些測(cè)序數(shù)據(jù)差異分析結(jié)果而已。

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M一般做Y軸，A一般做X軸。M常對(duì)應(yīng)差異表達(dá)分析獲得的差異對(duì)比組之間基因表達(dá)變化log2FC。A可以利用差異對(duì)比組的FPKM進(jìn)行計(jì)算，以R和G來(lái)表示差異對(duì)比組的話，可以取R組基因的平均FPKM和G組基因的平均FPKM進(jìn)行計(jì)算。

經(jīng)過(guò)表達(dá)定量后，我們已經(jīng)得到了基因的表達(dá)量矩陣，差異表達(dá)分析通常是RNA-seq分析的第一步。差異基因表達(dá)分析通常都是在R中，常用的有DESeq2，edgeR，limma等幾種，這次主要介紹用DESeq2來(lái)進(jìn)行差異表達(dá)分析。

RNA-seq數(shù)據(jù)分析的一個(gè)基本任務(wù)就是檢測(cè)差異性表達(dá)的基因。其中一個(gè)重要的問(wèn)題就是對(duì)不同條件下產(chǎn)生的系統(tǒng)學(xué)差異進(jìn)行量化和統(tǒng)計(jì)學(xué)推斷。

R語(yǔ)言GEO數(shù)據(jù)挖掘:步驟四:富集分析KEGG,GO

1、3 GO富集分析 加載了注釋庫(kù)之后，讀取基因列表文件，并使用clusterProfiler的內(nèi)部函數(shù)enrichGO()即可完成GO富集分析。讀取基因列表文件，并使用clusterProfiler的內(nèi)部函數(shù)enrichKEGG()即可完成KEGG富集分析。

2、前景基因：指的是我們所要進(jìn)行富集的基因，一般是基因的ID 背景基因：指的是前景基因在某個(gè)基因集合進(jìn)行富集，這個(gè)基因集合就是背景基因 描述信息：每個(gè)GO的Term的屬性，或者是每個(gè)KO號(hào)或者map號(hào)的屬性。

3、安裝clusterProfiler：對(duì)于沒(méi)有轉(zhuǎn)換的gene ID，clusterProfiler也提供了 bitr 方法進(jìn)行轉(zhuǎn)換ID：可以看到，這里轉(zhuǎn)換ID的對(duì)應(yīng)文件來(lái)源于org.Hs.eg.db這個(gè)包。

4、把他設(shè)置成100，讓我們的標(biāo)簽可以一行展示。是不是還是原來(lái)的配方，還是熟悉的味道 同樣的柱形圖，我們也能讓他恢復(fù)原來(lái)的容貌。

5、scale_y_discrete則調(diào)節(jié)label過(guò)長(zhǎng)的情況，讓圖片看起來(lái) 更美觀。3)檢查結(jié)果，可見(jiàn)geneID展示為gene symbol。（1）在enrichGO函數(shù)中，設(shè)置readable = TRUE；(2)用setReadable函數(shù)，對(duì)GO或者KEGG結(jié)果進(jìn)行轉(zhuǎn)化即可。

6、例如，討論這些差異基因主要映射到哪些GO或KEGG分類條目中，以說(shuō)明基因表達(dá)的改變會(huì)導(dǎo)致哪些調(diào)控途徑原有功能失調(diào)，進(jìn)而與表型聯(lián)系起來(lái)。通常稱這種分析為GO、KEGG富集分析。

r語(yǔ)言氣泡圖對(duì)數(shù)據(jù)格式的要求

1、過(guò)程分為以下幾步：1)模擬豐度矩陣；2)模擬分組；3)標(biāo)準(zhǔn)化豐度；4)調(diào)整格式；5)ggplot2繪制堆疊圖、沖積圖、分面、分組、堆疊面積圖。

2、地圖所需數(shù)據(jù)：全國(guó)地圖GIS文件 氣泡圖所需數(shù)據(jù)：城市名稱，經(jīng)度，維度，具體數(shù)值，如圖 將圖分解開(kāi)來(lái)，發(fā)現(xiàn)是地圖+氣泡圖，我們需要畫出地圖。

3、氣泡圖，首先我們需要去理解什么是氣泡圖，氣泡圖其實(shí)就是與我們常用來(lái)去進(jìn)行描述一件事物的特征的一個(gè)圖形思維工具，它有助于幫助我們?nèi)ジ玫倪M(jìn)行一個(gè)描述。

4、stringr：處理字符串 lubridate：處理時(shí)間 RODBC：鏈接數(shù)據(jù)庫(kù) plyr：拆分，合并，重組。

網(wǎng)頁(yè)標(biāo)題：r語(yǔ)言go分析氣泡圖 r語(yǔ)言ggplot2氣泡圖
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