GO文件中的注釋信息是如何得到的

一直很好奇GO注釋文件中的信息是如何得到的，終于在《The Gene Ontology Handbook》中找到了答案。

目前創(chuàng)新互聯(lián)公司已為上千家的企業(yè)提供了網(wǎng)站建設(shè)、域名、網(wǎng)頁(yè)空間、網(wǎng)站托管、企業(yè)網(wǎng)站設(shè)計(jì)、商丘網(wǎng)站維護(hù)等服務(wù)，公司將堅(jiān)持客戶(hù)導(dǎo)向、應(yīng)用為本的策略，正道將秉承"和諧、參與、激情"的文化，與客戶(hù)和合作伙伴齊心協(xié)力一起成長(zhǎng)，共同發(fā)展。

GO的原始文件可以分為兩部分：ontology和association files。

該文件以obo格式儲(chǔ)存，每個(gè)詞條都以樹(shù)狀結(jié)構(gòu)表示著和其他詞條的關(guān)系，具體內(nèi)容可以從 GO網(wǎng)站 中找到，其中的元素和邏輯關(guān)系可以簡(jiǎn)單參考上幾篇文章。主要編輯工具有g(shù)o-basic、go和go-plus三個(gè)。

這部分文件主要是關(guān)于GO詞條的具體功能信息，以及相關(guān)的支撐信息，以GAF或GPAD格式儲(chǔ)存。

目前對(duì)基因的注釋主要有兩種手段：人工注釋和機(jī)器注釋。

人工注釋由專(zhuān)業(yè)人士(biocurators)通過(guò)閱讀，提取和轉(zhuǎn)化文獻(xiàn)中的實(shí)驗(yàn)結(jié)果來(lái)對(duì)基因進(jìn)行注釋。人工注釋費(fèi)時(shí)費(fèi)力，但他們的努力非常重要，因?yàn)槿斯ぷ⑨尩臏?zhǔn)確性是其他注釋的基石，目前有20個(gè)團(tuán)隊(duì)為GO的人工注釋貢獻(xiàn)力量。

機(jī)器注釋主要兩大類(lèi)方法：根據(jù)序列進(jìn)行注釋和文本挖掘的方法注釋。

1、根據(jù)序列信息進(jìn)行注釋?zhuān)?/p>

annotation transfers from Homologous proteins

annotation transfers from Orthologous proteins

annotation transfers from Protein families

2、文本挖掘注釋

Automatic text categorization

Lexical approaches

k-Nearest neighbors

Properties of Lexical and k-NN categorizers

Inter-annotator agreement

每種方法的具體解釋參考《The Gene Ontology Handbook》的相關(guān)章節(jié)。

如何構(gòu)造內(nèi)核源代碼樹(shù)

Linux內(nèi)核的配置系統(tǒng)由三個(gè)部分組成，分別是：

?Makefile：分布在 Linux 內(nèi)核源代碼中的 Makefile，定義 Linux 內(nèi)核的編譯規(guī)則；

?配置文件（config.in）：給用戶(hù)提供配置選擇的功能；

?配置工具：包括配置命令解釋器（對(duì)配置腳本中使用的配置命令進(jìn)行解釋?zhuān)┖团渲糜脩?hù)界面（提供基于字符界面、基于 Ncurses 圖形界面以及基于 Xwindows 圖形界面的用戶(hù)配置界面，各自對(duì)應(yīng)于 Make config、Make menuconfig 和 make xconfig）。

這些配置工具都是使用腳本語(yǔ)言，如 Tcl/TK、Perl 編寫(xiě)的（也包含一些用 C 編寫(xiě)的代碼）。本文并不是對(duì)配置系統(tǒng)本身進(jìn)行分析，而是介紹如何使用配置系統(tǒng)。所以，除非是配置系統(tǒng)的維護(hù)者，一般的內(nèi)核開(kāi)發(fā)者無(wú)須了解它們的原理，只需要知道如何編寫(xiě) Makefile 和配置文件就可以。所以，在本文中，我們只對(duì) Makefile 和配置文件進(jìn)行討論。另外，凡是涉及到與具體 CPU 體系結(jié)構(gòu)相關(guān)的內(nèi)容，我們都以 ARM 為例，這樣不僅可以將討論的問(wèn)題明確化，而且對(duì)內(nèi)容本身不產(chǎn)生影響。

2． Makefile

2.1 Makefile 概述

Makefile 的作用是根據(jù)配置的情況，構(gòu)造出需要編譯的源文件列表，然后分別編譯，并把目標(biāo)代碼鏈接到一起，最終形成 Linux 內(nèi)核二進(jìn)制文件。

由于 Linux 內(nèi)核源代碼是按照樹(shù)形結(jié)構(gòu)組織的，所以 Makefile 也被分布在目錄樹(shù)中。Linux 內(nèi)核中的 Makefile 以及與 Makefile 直接相關(guān)的文件有：

?Makefile：頂層 Makefile，是整個(gè)內(nèi)核配置、編譯的總體控制文件。

?.config：內(nèi)核配置文件，包含由用戶(hù)選擇的配置選項(xiàng)，用來(lái)存放內(nèi)核配置后的結(jié)果（如 make config）。

?arch/*/Makefile：位于各種 CPU 體系目錄下的 Makefile，如 arch/arm/Makefile，是針對(duì)特定平臺(tái)的 Makefile。

?各個(gè)子目錄下的 Makefile：比如 drivers/Makefile，負(fù)責(zé)所在子目錄下源代碼的管理。

?Rules.make：規(guī)則文件，被所有的 Makefile 使用。

用戶(hù)通過(guò) make config 配置后，產(chǎn)生了 .config。頂層 Makefile 讀入 .config 中的配置選擇。頂層 Makefile 有兩個(gè)主要的任務(wù)：產(chǎn)生 vmlinux 文件和內(nèi)核模塊（module）。為了達(dá)到此目的，頂層 Makefile 遞歸的進(jìn)入到內(nèi)核的各個(gè)子目錄中，分別調(diào)用位于這些子目錄中的 Makefile。至于到底進(jìn)入哪些子目錄，取決于內(nèi)核的配置。在頂層 Makefile 中，有一句：include arch/$(ARCH)/Makefile，包含了特定 CPU 體系結(jié)構(gòu)下的 Makefile，這個(gè) Makefile 中包含了平臺(tái)相關(guān)的信息。

位于各個(gè)子目錄下的 Makefile 同樣也根據(jù) .config 給出的配置信息，構(gòu)造出當(dāng)前配置下需要的源文件列表，并在文件的最后有 include $(TOPDIR)/Rules.make。

Rules.make 文件起著非常重要的作用，它定義了所有 Makefile 共用的編譯規(guī)則。比如，如果需要將本目錄下所有的 c 程序編譯成匯編代碼，需要在 Makefile 中有以下的編譯規(guī)則：

%.s: %.c

$(CC) $(CFLAGS) -S $ -o $@

有很多子目錄下都有同樣的要求，就需要在各自的 Makefile 中包含此編譯規(guī)則，這會(huì)比較麻煩。而 Linux 內(nèi)核中則把此類(lèi)的編譯規(guī)則統(tǒng)一放置到 Rules.make 中，并在各自的 Makefile 中包含進(jìn)了 Rules.make（include Rules.make），這樣就避免了在多個(gè) Makefile 中重復(fù)同樣的規(guī)則。對(duì)于上面的例子，在 Rules.make 中對(duì)應(yīng)的規(guī)則為：

%.s: %.c

$(CC) $(CFLAGS) $(EXTRA_CFLAGS) $(CFLAGS_$(*F)) $(CFLAGS_$@) -S $ -o $@

2.2 Makefile 中的變量

頂層 Makefile 定義并向環(huán)境中輸出了許多變量，為各個(gè)子目錄下的 Makefile 傳遞一些信息。有些變量，比如 SUBDIRS，不僅在頂層 Makefile 中定義并且賦初值，而且在 arch/*/Makefile 還作了擴(kuò)充。

常用的變量有以下幾類(lèi)：

1） 版本信息

版本信息有：VERSION，PATCHLEVEL, SUBLEVEL, EXTRAVERSION，KERNELRELEASE。版本信息定義了當(dāng)前內(nèi)核的版本，比如 VERSION=2，PATCHLEVEL=4，SUBLEVEL=18，EXATAVERSION=-rmk7，它們共同構(gòu)成內(nèi)核的發(fā)行版本KERNELRELEASE：2.4.18-rmk7

2） CPU 體系結(jié)構(gòu)：ARCH

在頂層 Makefile 的開(kāi)頭，用 ARCH 定義目標(biāo) CPU 的體系結(jié)構(gòu)，比如 ARCH:=arm 等。許多子目錄的 Makefile 中，要根據(jù) ARCH 的定義選擇編譯源文件的列表。

3） 路徑信息：TOPDIR, SUBDIRS

TOPDIR 定義了 Linux 內(nèi)核源代碼所在的根目錄。例如，各個(gè)子目錄下的 Makefile 通過(guò) $(TOPDIR)/Rules.make 就可以找到 Rules.make 的位置。

SUBDIRS 定義了一個(gè)目錄列表，在編譯內(nèi)核或模塊時(shí)，頂層 Makefile 就是根據(jù) SUBDIRS 來(lái)決定進(jìn)入哪些子目錄。SUBDIRS 的值取決于內(nèi)核的配置，在頂層 Makefile 中 SUBDIRS 賦值為 kernel drivers mm fs net ipc lib；根據(jù)內(nèi)核的配置情況，在 arch/*/Makefile 中擴(kuò)充了 SUBDIRS 的值，參見(jiàn)4）中的例子。

4） 內(nèi)核組成信息：HEAD, CORE_FILES, NETWORKS, DRIVERS, LIBS

Linux 內(nèi)核文件 vmlinux 是由以下規(guī)則產(chǎn)生的：

vmlinux: $(CONFIGURATION) init/main.o init/version.o linuxsubdirs

$(LD) $(LINKFLAGS) $(HEAD) init/main.o init/version.o

--start-group

$(CORE_FILES)

$(DRIVERS)

$(NETWORKS)

$(LIBS)

--end-group

-o vmlinux

可以看出，vmlinux 是由 HEAD、main.o、version.o、CORE_FILES、DRIVERS、NETWORKS 和 LIBS 組成的。這些變量（如 HEAD）都是用來(lái)定義連接生成 vmlinux 的目標(biāo)文件和庫(kù)文件列表。其中，HEAD在arch/*/Makefile 中定義，用來(lái)確定被最先鏈接進(jìn) vmlinux 的文件列表。比如，對(duì)于 ARM 系列的 CPU，HEAD 定義為：

HEAD := arch/arm/kernel/head-$(PROCESSOR).o

arch/arm/kernel/init_task.o

表明 head-$(PROCESSOR).o 和 init_task.o 需要最先被鏈接到 vmlinux 中。PROCESSOR 為 armv 或 armo，取決于目標(biāo) CPU。 CORE_FILES，NETWORK，DRIVERS 和 LIBS 在頂層 Makefile 中定義，并且由 arch/*/Makefile 根據(jù)需要進(jìn)行擴(kuò)充。 CORE_FILES 對(duì)應(yīng)著內(nèi)核的核心文件，有 kernel/kernel.o，mm/mm.o，fs/fs.o，ipc/ipc.o，可以看出，這些是組成內(nèi)核最為重要的文件。同時(shí)，arch/arm/Makefile 對(duì) CORE_FILES 進(jìn)行了擴(kuò)充：

# arch/arm/Makefile

# If we have a machine-specific directory, then include it in the build.

MACHDIR := arch/arm/mach-$(MACHINE)

ifeq ($(MACHDIR),$(wildcard $(MACHDIR)))

SUBDIRS += $(MACHDIR)

CORE_FILES := $(MACHDIR)/$(MACHINE).o $(CORE_FILES)

endif

HEAD := arch/arm/kernel/head-$(PROCESSOR).o

arch/arm/kernel/init_task.o

SUBDIRS += arch/arm/kernel arch/arm/mm arch/arm/lib arch/arm/nwfpe

CORE_FILES := arch/arm/kernel/kernel.o arch/arm/mm/mm.o $(CORE_FILES)

LIBS := arch/arm/lib/lib.a $(LIBS)

5） 編譯信息：CPP, CC, AS, LD, AR，CFLAGS，LINKFLAGS

在 Rules.make 中定義的是編譯的通用規(guī)則，具體到特定的場(chǎng)合，需要明確給出編譯環(huán)境，編譯環(huán)境就是在以上的變量中定義的。針對(duì)交叉編譯的要求，定義了 CROSS_COMPILE。比如：

CROSS_COMPILE = arm-linux-

CC = $(CROSS_COMPILE)gcc

LD = $(CROSS_COMPILE)ld

......

CROSS_COMPILE 定義了交叉編譯器前綴 arm-linux-，表明所有的交叉編譯工具都是以 arm-linux- 開(kāi)頭的，所以在各個(gè)交叉編譯器工具之前，都加入了 $(CROSS_COMPILE)，以組成一個(gè)完整的交叉編譯工具文件名，比如 arm-linux-gcc。

CFLAGS 定義了傳遞給 C 編譯器的參數(shù)。

LINKFLAGS 是鏈接生成 vmlinux 時(shí)，由鏈接器使用的參數(shù)。LINKFLAGS 在 arm/*/Makefile 中定義，比如：

# arch/arm/Makefile

LINKFLAGS :=-p -X -T arch/arm/vmlinux.lds

6） 配置變量CONFIG_*

.config 文件中有許多的配置變量等式，用來(lái)說(shuō)明用戶(hù)配置的結(jié)果。例如 CONFIG_MODULES=y 表明用戶(hù)選擇了 Linux 內(nèi)核的模塊功能。

.config 被頂層 Makefile 包含后，就形成許多的配置變量，每個(gè)配置變量具有確定的值：y 表示本編譯選項(xiàng)對(duì)應(yīng)的內(nèi)核代碼被靜態(tài)編譯進(jìn) Linux 內(nèi)核；m 表示本編譯選項(xiàng)對(duì)應(yīng)的內(nèi)核代碼被編譯成模塊；n 表示不選擇此編譯選項(xiàng)；如果根本就沒(méi)有選擇，那么配置變量的值為空。

2.3 Rules.make 變量

前面講過(guò)，Rules.make 是編譯規(guī)則文件，所有的 Makefile 中都會(huì)包括 Rules.make。Rules.make 文件定義了許多變量，最為重要是那些編譯、鏈接列表變量。

O_OBJS，L_OBJS，OX_OBJS，LX_OBJS：本目錄下需要編譯進(jìn) Linux 內(nèi)核 vmlinux 的目標(biāo)文件列表，其中 OX_OBJS 和 LX_OBJS 中的 "X" 表明目標(biāo)文件使用了 EXPORT_SYMBOL 輸出符號(hào)。

M_OBJS，MX_OBJS：本目錄下需要被編譯成可裝載模塊的目標(biāo)文件列表。同樣，MX_OBJS 中的 "X" 表明目標(biāo)文件使用了 EXPORT_SYMBOL 輸出符號(hào)。

O_TARGET，L_TARGET：每個(gè)子目錄下都有一個(gè) O_TARGET 或 L_TARGET，Rules.make 首先從源代碼編譯生成 O_OBJS 和 OX_OBJS 中所有的目標(biāo)文件，然后使用 $(LD) -r 把它們鏈接成一個(gè) O_TARGET 或 L_TARGET。O_TARGET 以 .o 結(jié)尾，而 L_TARGET 以 .a 結(jié)尾。

決策樹(shù)結(jié)構(gòu)

1、決策樹(shù)結(jié)構(gòu)

import numpy as np

from matplotlib import pyplot as plt

from sklearn.model_selection import train_test_split

from sklearn.datasets import load_iris

from sklearn.tree import DecisionTreeClassifier

from sklearn import tree

plt.rcParams['font.sans-serif'] = ['SimHei']

plt.rcParams['axes.unicode_minus'] = False

#用iris數(shù)據(jù)集擬合訓(xùn)練樹(shù)分類(lèi)器

iris = load_iris()

X = iris.data

y = iris.target

X_train, X_test, y_train, y_test = train_test_split(X, y, random_state=0)

clf = DecisionTreeClassifier(max_leaf_nodes=3, random_state=0)

clf.fit(X_train, y_train)

#樹(shù)狀結(jié)構(gòu)

n_nodes = clf.tree_.node_count

children_left = clf.tree_.children_left

children_right = clf.tree_.children_right

feature = clf.tree_.feature

threshold = clf.tree_.threshold

node_depth = np.zeros(shape=n_nodes, dtype=np.int64)

is_leaves = np.zeros(shape=n_nodes, dtype=bool)

stack = [(0, 0)]? # 從根節(jié)點(diǎn)id(0)及其深度（0）開(kāi)始

while len(stack) 0:

#POP確保每個(gè)節(jié)點(diǎn)只訪問(wèn)一次

node_id, depth = stack.pop()

node_depth[node_id] = depth

# 如果一個(gè)節(jié)點(diǎn)的左子節(jié)點(diǎn)和右子節(jié)點(diǎn)不相同，將進(jìn)行拆分

is_split_node = children_left[node_id] != children_right[node_id]

# 如果是拆分節(jié)點(diǎn)，將左子節(jié)點(diǎn)和右子節(jié)點(diǎn)以及深度追加到'Stack'

# 這樣就可以遍歷它們

if is_split_node:

? ? stack.append((children_left[node_id], depth + 1))

? ? stack.append((children_right[node_id], depth + 1))

else:

? ? is_leaves[node_id] = True

print(

"The binary tree structure has {n} nodes and has "

"the following tree structure:\n".format(n=n_nodes)

)

for i in range(n_nodes):

if is_leaves[i]:

? ? print(

? ? ? ? "{space}node={node} is a leaf node.".format(

? ? ? ? ? ? space=node_depth[i] * "\t", node=i

? ? ? ? )

? ? )

else:

? ? print(

? ? ? ? "{space}node={node} is a split node: "

? ? ? ? "go to node {left} if X[:, {feature}] = {threshold} "

? ? ? ? "else to node {right}.".format(

? ? ? ? ? ? space=node_depth[i] * "\t",

? ? ? ? ? ? node=i,

? ? ? ? ? ? left=children_left[i],

? ? ? ? ? ? feature=feature[i],

? ? ? ? ? ? threshold=threshold[i],

? ? ? ? ? ? right=children_right[i],

? ? ? ? )

? ? )

tree.plot_tree(clf)

plt.title("決策樹(shù)結(jié)構(gòu)")

plt.show()

分享標(biāo)題：Go語(yǔ)言代碼樹(shù)狀結(jié)構(gòu) golang 樹(shù)
標(biāo)題鏈接：http://chinadenli.net/article8/dogsjop.html

成都網(wǎng)站建設(shè)公司_創(chuàng)新互聯(lián)，為您提供云服務(wù)器、網(wǎng)站建設(shè)、網(wǎng)頁(yè)設(shè)計(jì)公司、網(wǎng)站策劃、電子商務(wù)、動(dòng)態(tài)網(wǎng)站

廣告

聲明：本網(wǎng)站發(fā)布的內(nèi)容（圖片、視頻和文字）以用戶(hù)投稿、用戶(hù)轉(zhuǎn)載內(nèi)容為主，如果涉及侵權(quán)請(qǐng)盡快告知，我們將會(huì)在第一時(shí)間刪除。文章觀點(diǎn)不代表本網(wǎng)站立場(chǎng)，如需處理請(qǐng)聯(lián)系客服。電話：028-86922220；郵箱：631063699@qq.com。內(nèi)容未經(jīng)允許不得轉(zhuǎn)載，或轉(zhuǎn)載時(shí)需注明來(lái)源： 創(chuàng)新互聯(lián)