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TCGA 數(shù)據(jù)下載

通過GDCRNATools下載TCGA數(shù)據(jù)的時(shí)候出現(xiàn)了以下的報(bào)錯(cuò)：

gdc-client軟件安裝和配置

1. 下載軟件地址：https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool，根據(jù)自己的操作系統(tǒng)下載對(duì)應(yīng)的版本，這里下載Mac版本。

2. 

3. 將下載的軟件解壓，并放在一個(gè)自己好找的目錄，例如我放在了Documents/TCGA數(shù)據(jù)下載中

 

下載數(shù)據(jù)

1. 在GDC官網(wǎng)：https://portal.gdc.cancer.gov 中找到自己所需要的數(shù)據(jù)，比如HNSC的miRNA數(shù)據(jù)。然后下載Manifest到剛剛軟件放置的目錄
2. 先點(diǎn)擊Exploration，然后在左側(cè)選取需要的癌癥類型和項(xiàng)目，選好后點(diǎn)擊View Files in Repository

然后就會(huì)跳轉(zhuǎn)到Repository頁面，可以在這里進(jìn)一步篩選所需要的數(shù)據(jù)。選擇好之后點(diǎn)擊Add All Files to Cart， 然后可以在右上角的cart中看到添加了多少個(gè)文件。如果不要下載其他的數(shù)據(jù)了，就可以直接點(diǎn)擊Manifest，下載到Documents/TCGA數(shù)據(jù)下載中。

然后打開終端，在終端輸入     ./gdc-client download -m gdc_manifest.2020-08-11.txt -d ./HNSC/ 就開始下載啦~

到此，關(guān)于“通過GDCRNATools下載TCGA數(shù)據(jù)的時(shí)報(bào)錯(cuò)怎么辦”的學(xué)習(xí)就結(jié)束了，希望能夠解決大家的疑惑。理論與實(shí)踐的搭配能更好的幫助大家學(xué)習(xí)，快去試試吧！若想繼續(xù)學(xué)習(xí)更多相關(guān)知識(shí)，請(qǐng)繼續(xù)關(guān)注創(chuàng)新互聯(lián)網(wǎng)站，小編會(huì)繼續(xù)努力為大家?guī)砀鄬?shí)用的文章！

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