本篇內(nèi)容主要講解“Juicer軟件的安裝方法”，感興趣的朋友不妨來看看。本文介紹的方法操作簡單快捷，實用性強。下面就讓小編來帶大家學(xué)習(xí)“Juicer軟件的安裝方法”吧!

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軟件安裝是生物信息實戰(zhàn)中最基礎(chǔ)的技能之一，只有確保軟件安裝無誤，后續(xù)使用起來才會得心應(yīng)手，不會有很多的bug。juicer軟件提供了Hi-C數(shù)據(jù)一鍵化分析的pipeline, 這樣高度的封裝使得用戶操作起來更加簡便，當(dāng)然分析能力強大的同時其依賴的軟件就會越多，安裝過程的復(fù)雜程度也會有所提高，本文主要記錄下該軟件的安裝過程，可以分為以下幾個步驟

1. 安裝依賴軟件

juicer核心采用java語言進行開發(fā)，同時內(nèi)置了perl, python, bash等開發(fā)的腳手架腳本。在序列比對環(huán)節(jié)使用了bwa軟件，而后續(xù)操作比對產(chǎn)生的bam文件，會用到samtools軟件。所以需要安裝以下軟件

1. java

2. perl

3. python

4. GNU utils

5. bwa

6. samtools

這些軟件是生信領(lǐng)域的基本軟件，其安裝過程就不詳細展開了。

2. 建立目錄結(jié)構(gòu)

juicer軟件要求一個固定的目錄結(jié)構(gòu)，新建一個名為juicer的目錄，該目錄即為軟件的安裝目錄，在該目錄下必須有以下4個子目錄

references目錄用于存放參考基因組相關(guān)文件，work用于存放樣本的序列文件和分析結(jié)果，scripts用于存放軟件運行所需的腳本，restriction_sites用于存放參考基因組酶切圖譜。

3. 下載juicer源代碼

從github上下載juicer和jcuda的源代碼，放置到scripts目錄下。juicer可以在單機或者集群系統(tǒng)上運行，其中間腳本也對應(yīng)了不同的系統(tǒng)，示意如下

其中的CPU目錄就是單機服務(wù)器，而AWS, LSF, PBS等對應(yīng)公有云和不同的集群系統(tǒng)。以CPU為例，下載過程如下

# 下載源代碼
git clone https://github.com/aidenlab/juicer.git
# 重命名為scripts目錄
ln -s juicer/CPU scripts
cd scripts/common
wget https://hicfiles.tc4ga.com/public/juicer/juicer_tools.1.9.9_jcuda.0.8.jar
ln -s juicer_tools.1.9.9_jcuda.0.8.jar  juicer_tools.jar

4. 準備參考基因組文件

在reference目錄下為參考基因組相關(guān)文件，其實就是對應(yīng)的fasta序列文件和bwa 索引，示意如下

hg19.fasta
hg19.fasta.sa
hg19.fasta.ann
hg19.fasta.amb
hg19.fasta.pac
hg19.fasta.bwt

自己根據(jù)需要從UCSC,NCBI等數(shù)據(jù)庫中下載基因組fasta文件，并用bwa建立索引就可以了。

在restriction_sites目錄下參考基因組酶切圖譜，通過jucier內(nèi)置的generate_site_positions.py腳本可以產(chǎn)生，該腳本位于源代碼中的misc目錄下，支持直接輸出以下4種內(nèi)切酶的酶切圖譜

1. HindIII

2. DpnII

3. MboI

4. Sau3AI

用法如下

generate_site_positions.py HindIII hg19  hg19.fasta

第一個參數(shù)為內(nèi)切酶的名稱，第二個參數(shù)為自定義的基因組版本，第三個參數(shù)為基因組fasta文件的路徑，輸出文件的名稱為第二個參數(shù)和第一個參數(shù)用下劃線鏈接，后綴為txt, 上述代碼的輸出文件為

hg19_HindIII.txt

5. 準備樣本的fastq序列

執(zhí)行完前4步軟件就已經(jīng)安裝好了，軟件運行時對樣本文件的存放位置也有要求，必須位于work目錄下，以樣本名作為一個子目錄，序列文件存放于fastq目錄下，示意如下

/opt/juicer/work/MBR19/fastq
/opt/juicer/work/MBR19/fastq/chr19_R1.fastq.gz
/opt/juicer/work/MBR19/fastq/chr19_R2.fastq.gz

關(guān)于安裝成功后的目錄結(jié)構(gòu)，可以參考以下鏈接

https://bcm.app.box.com/v/juicerawsmirror/folder/11284128669

juicer的安裝過程算不上復(fù)雜，就是注意事項有很多，操作起來較為繁瑣，只需要按照以上步驟耐心操作，還是可以快速安裝成功的。

到此，相信大家對“Juicer軟件的安裝方法”有了更深的了解，不妨來實際操作一番吧！這里是創(chuàng)新互聯(lián)網(wǎng)站，更多相關(guān)內(nèi)容可以進入相關(guān)頻道進行查詢，關(guān)注我們，繼續(xù)學(xué)習(xí)！

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