linux怎么估算基因組大小

1、基因組大小（Genomesize）是指一個基因組中所擁有的DNA含量，一般以重量計算，單位通常是皮克(10-12克)，寫成pg，有時也用道耳吞，或是以核苷酸堿基對的數(shù)量表示，單位為百萬計，寫成Mb或Mbp。不測序沒法知道基因組大小的。

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2、基因組越大，雜合度也大，重復(fù)片段越大，該物種的組裝難度就越大。討論： 基因組預(yù)測大小和參數(shù) Max kmer coverage 密切相關(guān)。

3、260和280nm處的消光值，經(jīng)驗數(shù)據(jù)表明，純凈的核酸溶液A260/A230的消光值比大于或等于0；A260/A280大于或等于80。A260/A280值過小，說明蛋白未脫凈；A260/A230過小，說明有雜質(zhì)（一般為多酚類或色素）。

4、通常使用的單位為pg（10e-12），這個值簡稱為C-value。通過簡單的換算就可以知道大概的堿基的數(shù)量。不過，對于已經(jīng)測序的基因組，直接數(shù)數(shù)就可以了，如 vihole所述。

5、基因組大小通常以核苷酸堿基對的數(shù)量表示，單位為百萬計，寫成Mb或Mbp。人類基因組由23對染色體（共46個）所構(gòu)成，每一個染色體皆含有數(shù)百個基因。

samtools常用命令

1、samtools還有個非常重要的命令mpileup，以前為pileup。該命令用于生成bcf文件，再使用bcftools進(jìn)行SNP和Indel的分析。bcftools是samtool中附帶的軟件，在samtools的安裝文件夾中可以找到。

2、當(dāng)有多個樣本的bam文件時，可以使用samtools的merge命令將這些bam文件進(jìn)行合并為一個bam文件。Merge命令將多個已經(jīng)排序后的bam文件合并成為一個排序的且保持所有輸入記錄并保持現(xiàn)有排序順序的bam文件。

3、samtools是常用的對sam/bam文件操作的工具，其中samtools view命令可以實現(xiàn)查看序列、sam-bam文件轉(zhuǎn)換、過濾序列等功能。下面用實際的例子簡單介紹個人使用samtools view過程中的一些經(jīng)驗。

4、samtools是一個用于操作sam和bam文件的工具合集。包含有許多命令。

5、1 建立索引 建立索引只需在Linux下輸入命令：samtools faidx input.fa 這里序列文件為 input.fa，生成的索引文件以 .fai 結(jié)尾。

6、最終得到的samtools_result.bcf 是二進(jìn)制文件，到此完成了call snp的第一步。

計算測序深度和覆蓋度

測序深度（depths）指測序得到的總堿基數(shù)與待測基因組大小的比值，簡單的說就是測序的數(shù)據(jù)量大小比上參考基因組/轉(zhuǎn)錄組的大小，通常結(jié)果用n×來表示。

測序深度=100*200/5000=4 覆蓋度=3000/5000=60 測序深度與覆蓋度呈正相關(guān)。

所謂覆蓋度，也可以理解成“有多少基因組區(qū)域被覆蓋”，一般是一個百分比。比如我們的bam文件在chr1的覆蓋度為70%，就表示只有30%的chr1范圍內(nèi)，一條reads也沒有。

覆蓋度是指測序產(chǎn)出的數(shù)據(jù)覆蓋到目標(biāo)基因組上的比例，與測序深度相關(guān)。以人類基因組測序為例：測序深度=reads數(shù)×片段大小（bp）/3000000000。

samtools depth是可以直接統(tǒng)計每個位點的覆蓋深度，輸出結(jié)果包括三列：然后從all_position_depth文件提取出所關(guān)心的SNP位點即可：全基因組、全外顯子組或者靶向測序計算覆蓋度和深度時一定要注意參考序列長度的選擇。

分享名稱：測序質(zhì)量linux命令 測序數(shù)據(jù)量計算
標(biāo)題來源：http://chinadenli.net/article6/dshipig.html

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