GO、KEGG富集分析(一)有參情況

GO富集分析原理： 有一個term注釋了100個差異表達(dá)基因參與了哪個過程，注釋完之后（模式生物都有現(xiàn)成的注釋包，不用我們自己注釋），計算相對于背景它是否顯著集中在某條通路、某一個細(xì)胞學(xué)定位、某一種生物學(xué)功能。

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例如，討論這些差異基因主要映射到哪些GO或KEGG分類條目中，以說明基因表達(dá)的改變會導(dǎo)致哪些調(diào)控途徑原有功能失調(diào)，進而與表型聯(lián)系起來。通常稱這種分析為GO、KEGG富集分析。

KEGG指的是京都基因與基因組百科全書，通常我們使用KEGG中的pathway模塊，將基因映射到某些通路上，了解基因參與生物體中的代謝過程等。

【R語言作圖】富集分析結(jié)果直方圖

1、最近小Q在做自然選擇分析，分析完之后簡單粗暴的對候選基因做了富集分析，并做了展示，比起氣泡圖，我模仿了另一種作圖方式，顯示效果更佳。所以想在此分享一下如何用R語言畫富集分析示意圖（非氣泡圖）。

2、R語言繪圖系列：標(biāo)度控制著數(shù)據(jù)到圖形屬性的映射，標(biāo)度將我們的數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)化為視覺上可以感知的東西，比如大小、位置、顏色、形狀等。標(biāo)度也為我們提供了讀圖時所使用的工具，比如說坐標(biāo)軸和圖例。總的來說，可以稱為引導(dǎo)元素。

3、利用R包rworldmap & rworldxtra來作圖。已有的map數(shù)據(jù)中一個國家對應(yīng)一個坐標(biāo)，一個國家邊界，利用這些已有數(shù)據(jù)+用戶數(shù)據(jù)構(gòu)建新的畫圖數(shù)據(jù)（其他新添加的圖均是如此）。

4、步驟 新建一個空白的project，然后導(dǎo)入數(shù)據(jù)，可以粘貼復(fù)制，也可以用導(dǎo)入數(shù)據(jù)。請點擊輸入圖片描述 選中數(shù)據(jù)--點 Plot Column/Bar/PieColumn，軟件就會自動計算生成直方統(tǒng)計圖。

5、eg：ggplot(TZP_new，aes(x=Cell_type，y=Percentage，fill=Cell_type))+geom_bar(stat=identity)+coord_flip()+guides(fill= F)其中，corrd_flip()選項即為把圖像橫向的參數(shù)。guides為調(diào)節(jié)圖例隱藏的參數(shù)。

r語言怎么查看富集分析的數(shù)據(jù)

方法/步驟 錄入原始數(shù)據(jù)。如圖所示，原始數(shù)據(jù)一般采用excel表格來錄入，第一列為決策單元序列，比如公司、行業(yè)等；后續(xù)各列依次是產(chǎn)出和投入變量，切忌產(chǎn)出變量一定要在投入變量前面。分析效率情況。

是指sql之類的數(shù)據(jù)庫嗎，可以用RODBC包與數(shù)據(jù)庫連接，將數(shù)據(jù)庫中的表讀入R中，接下來就可以按照常規(guī)的代碼解決問題了，也可以安裝sqldf包，這樣就可以在R中用sql語句對數(shù)據(jù)操作。

r語言數(shù)據(jù)分析是查看數(shù)據(jù)的結(jié)構(gòu)、類型，數(shù)據(jù)處理。

我模仿了另一種作圖方式，顯示效果更佳。所以想在此分享一下如何用R語言畫富集分析示意圖（非氣泡圖）。利用ggplot2+grid包進行畫圖，采用分面的思想作圖。

先加載相關(guān)的package 然后提取想要的基因集，變成list 然后進行富集分析 需要注意的點：expr輸入的表達(dá)矩陣必須為：SummarizedExperiment或者SingleCellExperiment ExpressionSet 或者別的什么對象。

最近小Q在做自然選擇分析，分析完之后簡單粗暴的對候選基因做了富集分析，并做了展示，比起氣泡圖，我模仿了另一種作圖方式，顯示效果更佳。所以想在此分享一下如何用R語言畫富集分析示意圖（非氣泡圖）。

文章題目：r語言go富集分析工具 r語言分析數(shù)據(jù)集
本文路徑：http://chinadenli.net/article49/dshjpeh.html

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