今天給大家介紹一下如何解決Richness和Chao計(jì)算的兩個(gè)基本問(wèn)題。文章的內(nèi)容小編覺(jué)得不錯(cuò)，現(xiàn)在給大家分享一下，覺(jué)得有需要的朋友可以了解一下，希望對(duì)大家有所幫助，下面跟著小編的思路一起來(lái)閱讀吧。

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1.Richness和Chao為啥不能取平均？

比如一個(gè)樣方取了3個(gè)樣本作為重復(fù)。在算richness和Chao的時(shí)候，很多人都是把這三個(gè)樣本分開(kāi)算，得到3個(gè)值，取個(gè)平均作為這個(gè)樣方的richness和Chao。

但其實(shí)這樣做是錯(cuò)誤的!

正確的做法應(yīng)該是這三個(gè)樣本的OTU相加，得到的和再計(jì)算richness和Chao。這樣結(jié)果才最接近真實(shí)值。正因?yàn)橐蠛停挪淮嬖谄骄?，也就自然不存在誤差線以及出現(xiàn)小數(shù)的情況。

但是在進(jìn)行統(tǒng)計(jì)檢驗(yàn)的時(shí)候，如兩個(gè)樣方每個(gè)三個(gè)樣本，檢驗(yàn)兩個(gè)樣方之間群落的物種數(shù)是否存在顯著差異。事實(shí)上還是得3個(gè)樣本分開(kāi)算richness，這樣才能做統(tǒng)計(jì)檢驗(yàn)。

因此在計(jì)算richness和統(tǒng)計(jì)檢驗(yàn)的時(shí)候，用的是兩種不同的策略。

進(jìn)一步外推，對(duì)于所有的alpha多樣性指數(shù)，如shannon, simpson等，其實(shí)都會(huì)存在這個(gè)問(wèn)題。

2. Chao也和測(cè)序深度相關(guān)，為啥Chao要用原始數(shù)據(jù)算而不用resample的數(shù)據(jù)算？

關(guān)于Chao也和測(cè)序深度相關(guān)，這里需要先挖一個(gè)坑，以后解答。

這樣算是因?yàn)橛迷紨?shù)據(jù)得到的Chao更接近真實(shí)值。雖然原則上需要先進(jìn)行resample，消除不同樣本之間測(cè)序深度的差異再計(jì)算才有可比性。但是這樣的結(jié)果離真實(shí)值差距更大。因此可能樣本之間由于測(cè)序深度差異較大，得到的Chao差異也很大。

以上兩個(gè)問(wèn)題的核心都是如何計(jì)算得到的值更接近真實(shí)值。這樣必然會(huì)在其他地方做出犧牲。

第一個(gè)問(wèn)題在統(tǒng)計(jì)檢驗(yàn)的時(shí)候會(huì)不準(zhǔn)確，即原理上不能檢驗(yàn)不同樣方之間alpha多樣性是否存在顯著差異,因?yàn)闄z驗(yàn)之前按照樣方內(nèi)多個(gè)樣本單獨(dú)計(jì)算的alpha多樣性就不準(zhǔn)。

第二個(gè)問(wèn)題在比較不同樣本之間Chao的時(shí)候會(huì)存在錯(cuò)誤的結(jié)果。Chao的高低可能是測(cè)序深度導(dǎo)致的，而不是群落本身。

以上就是如何解決Richness和Chao計(jì)算的兩個(gè)基本問(wèn)題的全部?jī)?nèi)容了，更多與如何解決Richness和Chao計(jì)算的兩個(gè)基本問(wèn)題相關(guān)的內(nèi)容可以搜索創(chuàng)新互聯(lián)之前的文章或者瀏覽下面的文章進(jìn)行學(xué)習(xí)哈！相信小編會(huì)給大家增添更多知識(shí),希望大家能夠支持一下創(chuàng)新互聯(lián)！

本文名稱：如何解決Richness和Chao計(jì)算的兩個(gè)基本問(wèn)題
本文路徑：http://chinadenli.net/article48/pooehp.html

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