R語(yǔ)言可視化及作圖7--ggplot2之標(biāo)簽、圖例和標(biāo)題繪制

R語(yǔ)言繪圖系列：

我們提供的服務(wù)有：成都網(wǎng)站建設(shè)、網(wǎng)站設(shè)計(jì)、微信公眾號(hào)開發(fā)、網(wǎng)站優(yōu)化、網(wǎng)站認(rèn)證、五峰ssl等。為近1000家企事業(yè)單位解決了網(wǎng)站和推廣的問(wèn)題。提供周到的售前咨詢和貼心的售后服務(wù)，是有科學(xué)管理、有技術(shù)的五峰網(wǎng)站制作公司

使用geom_label繪制標(biāo)簽散點(diǎn)圖

繪制點(diǎn)，并通過(guò)nudge參數(shù)對(duì)標(biāo)簽進(jìn)行x軸和y軸上的平移

使用angle參數(shù)對(duì)標(biāo)簽角度進(jìn)行設(shè)置

geom_label可以使用fill對(duì)顏色進(jìn)行填充,fontface設(shè)置字體，geom_text不能填充顏色

parse參數(shù)意思是前面?zhèn)魅氲氖且粋€(gè)數(shù)學(xué)表達(dá)畢州式，size定義標(biāo)簽相對(duì)大小。

畫一瞎基個(gè)散點(diǎn)圖

annotate函數(shù)傳入標(biāo)簽

添加矩形

添加短線段

2.1 guide_legend函數(shù)（主要參磨數(shù)謹(jǐn)數(shù)：color, shape, size）

圖例調(diào)整函數(shù)也屬于標(biāo)度函數(shù)的一類，但不可以直接使用加號(hào)來(lái)連接，必須放在函數(shù)中，作為一個(gè)參數(shù)。

guide_colorbar和guide_legend設(shè)置的是不同的圖例，guide_colorbar定義色條圖例，guide_legend定義普通圖例。

2.2 標(biāo)度函數(shù)scale

對(duì)于連續(xù)型變量，使用的參數(shù)是scale_xxx_continous()，對(duì)于分類型變量，使用的是scale_xxx_discrete()。

2.3：theme函數(shù)

在theme函數(shù)中，與圖例有關(guān)的主要參數(shù)有：

標(biāo)題主要有五種：主標(biāo)題，副標(biāo)題，角注，x軸標(biāo)簽和y軸標(biāo)簽

ggtitle()只能定義標(biāo)題和副標(biāo)題，默認(rèn)的位置在左上角。

r語(yǔ)言怎么查看富集分析的數(shù)據(jù)

r語(yǔ)言怎么查看富集分迅汪析的數(shù)據(jù)

1.首先利用r語(yǔ)言的install中的packages方法,輸入?yún)?shù)【xlsx】即可。

2.此時(shí)利用library(xlsx)語(yǔ)句,打開xlsx這個(gè)庫(kù)。

3.此時(shí)通過(guò)read的xlsx語(yǔ)法就能讀取某個(gè)文件夾拍昌橘下的Excel文件。

4.這個(gè)時(shí)候,我們按下回車,就襲團(tuán)能看到通過(guò)r語(yǔ)言讀取excel的一批數(shù)據(jù)。

「GO富集分析」從原理到實(shí)踐 ~ 零基礎(chǔ)掌握

原本，我并無(wú)寫這一稿件的想法。主要原因有二：

如果要找合理解釋，那么針對(duì)第一點(diǎn)，就是每天仍然有大量新接觸生信數(shù)據(jù)分析的朋友；針對(duì)第二點(diǎn)，......在前兩頌亮指天我推的文稿《零基礎(chǔ)快速完成基因功能注釋 / GO / KEGG / PFAM...》中，評(píng)論區(qū)答應(yīng)了下，閱讀過(guò)5000，那就寫一寫富集分析。于是，如果不寫，總是不對(duì)。如果要寫，只能現(xiàn)在寫。畢竟有些事情，現(xiàn)在不做，以后真的不會(huì)做。

對(duì)于這一塊，完全陌生的朋友，尤其是不少生物學(xué)背景朋友，有必要溫習(xí)一下數(shù)理統(tǒng)計(jì)基礎(chǔ)。這一稿件只做原理最簡(jiǎn)單的但使用最廣泛其速度最快的Over-Represence Analysis模式的富集分析講演。其他模式，不涉及。

回鍵拍到主題，先舉個(gè)經(jīng)典的抽球例子：

小紅小綠小藍(lán)三個(gè)人自稱有超能力，可以用手摸摸球就分辨出黑球白球，于是我們找來(lái)黑袋子，放100個(gè)球，其中20個(gè)白球80個(gè)黑球，讓三人分別無(wú)放回地抽取。

小紅隨機(jī)抽出來(lái)10個(gè)球，其中2個(gè)白球8個(gè)黑球，情況即，

抽球中白球比例與背景白球比例完全一致，說(shuō)明小紅抽球結(jié)果隨機(jī)。

球放回去，小綠來(lái)抽球，抽出來(lái)的10個(gè)球，其中3個(gè)白球7個(gè)黑球，情況即，

這是經(jīng)典的抽球案例，抽取到的白球個(gè)數(shù)的概率分布為超幾何分布?；诖?，我們可以簡(jiǎn)單計(jì)算抽取到比小綠抽取到球個(gè)數(shù)（或更多即更極端）的概率如何，在 R語(yǔ)言中計(jì)算，即

而對(duì)于小藍(lán)的情況，那么概率如何？

在 TBtools 中也可以計(jì)算，只是寫法有點(diǎn)區(qū)別

可以看到，盡管這只是一次抽球，小綠抽球中白球比例（或更極端情況）出現(xiàn)的概率是31.88%+，還是挺高的，于是我們有較高的把握說(shuō)，小綠嘛，只是走了狗屎運(yùn)。相反，小藍(lán)抽球中白球比例或更極端情況出現(xiàn)的概率幾乎為 0 ，我們幾乎沒(méi)啥把握說(shuō)，小藍(lán)走狗屎運(yùn)....換句話說(shuō)，我們有理由相信，或許小藍(lán)真有抽白野配球的超能力.....

說(shuō)了這么多，那么跟基因集合富集分析有啥關(guān)系？....基因集合功能富集分析。那么我們就需要有一個(gè)基因集合（如差異表達(dá)基因集合或ChIP-seq的Peaks或GWAS定位的系列區(qū)間），還有一個(gè)功能標(biāo)簽（如 生長(zhǎng)素信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)相關(guān) ）。于是黑白球案例可以簡(jiǎn)單調(diào)整一下。假定現(xiàn)在這個(gè)物種一共有100個(gè)基因，其中20個(gè)基因與生長(zhǎng)素信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)相關(guān)，80個(gè)沒(méi)有注釋到與生長(zhǎng)素信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)相關(guān)（換句話說(shuō)，約等于無(wú)關(guān)），我們做了對(duì)植株做了處理，和CK分別測(cè)定轉(zhuǎn)錄表達(dá)譜，通過(guò)差異表達(dá)分析，鑒定到10個(gè)差異表達(dá)基因，其中2個(gè)與生長(zhǎng)素信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)相關(guān)，而另外8個(gè)則沒(méi)注釋到生長(zhǎng)素信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)相關(guān)，簡(jiǎn)單畫一下，即

好，剩下的兩個(gè)就不替換了。整體上，ORA模式的富集分析，本身就是經(jīng)典的抽球案例，感興趣的自行替換就可以了。

基本原理，相信都搞清楚了。不過(guò)還是有兩三點(diǎn)需要注意：

具體如何做物種所有基因的背景注釋，請(qǐng)參考前述推文《零基礎(chǔ)快速完成基因功能注釋 / GO / KEGG / PFAM...》。

首先，打開 TBtools GO 富集分析界面

整體如上，一共三個(gè)文件：

具體示例如下

點(diǎn)擊 Start ，隨后等待即可。完成時(shí)會(huì)有彈窗提示。查看輸出文件

（寫到這里，突然覺(jué)得這些都沒(méi)啥意思，不知為何....就不詳細(xì)寫了，大伙自己看看列名，猜猜吧）

很多時(shí)候，我們會(huì)選擇，篩選第一列，只看 Biological Process。一般這些與我們的生物學(xué)認(rèn)知會(huì)貼近一些。

基因集合功能富集分析，是一個(gè)常常被談起的話題，甚至近期都有不少新方法或算法被提出。感興趣的朋友可以去了解。這份教程，只與大伙說(shuō)最簡(jiǎn)單，但也是使用最為廣泛的一種富集分析模式。無(wú)論是不是 TBtools 用戶，理論上來(lái)說(shuō)，都可以輕松理解并掌握，從原理到實(shí)踐。

寫到一半，其實(shí)我已經(jīng)不想寫了。原因非常簡(jiǎn)單，這也是為什么在我之前，并沒(méi)有一個(gè)人寫出來(lái) TBtools 類似的工具。不是寫不了，而是不想寫。有時(shí)候，隨著能力增長(zhǎng)和知識(shí)積累，往往不再愿意做一些簡(jiǎn)單的事情?；蛟S這還涉及到年齡的增長(zhǎng)，角色的轉(zhuǎn)變，責(zé)任的變化....云云。

小時(shí)候，我以為寫 TBtools 玩玩；

后來(lái)，我以為我會(huì)一直寫下去；

現(xiàn)在，，，，，，

當(dāng)前標(biāo)題：r語(yǔ)言繪制go富集圖 r語(yǔ)言做go富集
標(biāo)題網(wǎng)址：http://chinadenli.net/article48/dcpishp.html

成都網(wǎng)站建設(shè)公司_創(chuàng)新互聯(lián)，為您提供App開發(fā)、、用戶體驗(yàn)、網(wǎng)站制作、網(wǎng)站收錄、響應(yīng)式網(wǎng)站

廣告

聲明：本網(wǎng)站發(fā)布的內(nèi)容（圖片、視頻和文字）以用戶投稿、用戶轉(zhuǎn)載內(nèi)容為主，如果涉及侵權(quán)請(qǐng)盡快告知，我們將會(huì)在第一時(shí)間刪除。文章觀點(diǎn)不代表本網(wǎng)站立場(chǎng)，如需處理請(qǐng)聯(lián)系客服。電話：028-86922220；郵箱：631063699@qq.com。內(nèi)容未經(jīng)允許不得轉(zhuǎn)載，或轉(zhuǎn)載時(shí)需注明來(lái)源： 創(chuàng)新互聯(lián)