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比BLAST快的多的蛋白序列比對(duì)工具RAPSearch2是怎樣的

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下面介紹一個(gè)軟件，2012年發(fā)表在Bioinformatics上，目前引用接近300次。

我是在一篇數(shù)據(jù)庫文獻(xiàn)里看到了這個(gè)工具。

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BLAST是非常經(jīng)典的比對(duì)算法，后來出現(xiàn)的BLAT速度能比BLAST快100倍，但是對(duì)于非常相似的序列比對(duì)，結(jié)果會(huì)丟失一部分(>20%)相似性較低的結(jié)果。RAPSearch是用于短蛋白序列相似性比對(duì)的工具，速度比BLAST快~20-90倍。但是內(nèi)存占用比較大。RAPSearch結(jié)果丟失的比例<5%。

作者再次基礎(chǔ)上又推出了RAPSearch3，內(nèi)存占用較小，且速度比之前又快了2~3倍。單線程運(yùn)算需要2G內(nèi)存，4線程運(yùn)算需要3.5G內(nèi)存。

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