怎么用R語言ggplot2散點圖并添加擬合曲線和置信區(qū)間

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今天的內(nèi)容是補(bǔ)充材料Fig4中的小a中的第三個小圖

數(shù)據(jù)準(zhǔn)備好是如下格式怎么用R語言ggplot2散點圖并添加擬合曲線和置信區(qū)間

需要示例數(shù)據(jù)可以直接在文末留言

第一步讀入數(shù)據(jù)

mydf<-read.csv("Single_Cell/covid_metadata_c.csv",header=T,row.names = 1)
dim(mydf)
mydf

這里作圖用到的是ggscatter()函數(shù)，這個函數(shù)來自ggpubr這個包。

最基本的散點圖

library(ggpubr)
ggscatter(mydf,x="DPS",y="ISG")

這里需要注意的是想x，y后面跟著的值需要加雙引號怎么用R語言ggplot2散點圖并添加擬合曲線和置信區(qū)間

添加擬合曲線

p1<-ggscatter(mydf,x="DPS",y="ISG",
          add = "reg.line")

添加置信區(qū)間

p2<-ggscatter(mydf,x="DPS",y="ISG",
          add = "reg.line",
          conf.int = T)

更改坐標(biāo)軸標(biāo)簽

p3<-ggscatter(mydf,x="DPS",y="ISG",
              add = "reg.line",
              conf.int = T)+
  labs(y = "Mean ISG module score", 
       x = "Days post-symptom onset")

添加相關(guān)系數(shù)和p值

p4<-ggscatter(mydf,x="DPS",y="ISG",
              add = "reg.line",
              conf.int = T)+
  labs(y = "Mean ISG module score", 
       x = "Days post-symptom onset")+
  stat_cor(label.x = 8, label.y = 0.2)

最后是拼圖

ggarrange(p1,p2,p3,p4,
          ncol = 2,
          nrow = 2,
          labels = c("p1","p2","p3","p4"))

最終的結(jié)果如下

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