linux怎么讓分區(qū)對齊物理扇區(qū)邊界不清除磁盤內(nèi)容

現(xiàn)代操作系統(tǒng)使用LBA而不是CHS來記錄硬盤分區(qū).如果用扇區(qū)代替柱面,我們將看到:

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sfdisk -uS -l /dev/sda

fdisk –l 命令是按照柱面來進行分區(qū)顯示的，所以需要按照垂直的空間進行理解，但現(xiàn)在的計算機在顯示時仍然會按照扇區(qū)來理解(因為現(xiàn)在磁盤是使用LBA（使用扇區(qū)進行尋址）取代以前的CHS（柱面、磁頭、扇區(qū)）方式記錄硬盤分區(qū)的)，所以會判斷分區(qū)沒有在柱面結(jié)束；如果我們使用命令 sudo fdisk –uS -l ，這個命令的意思是：“give size in sectors instead of sylinders”即是按照扇區(qū)的來進行分區(qū)顯示，這樣就可以看到以扇區(qū)方式顯示分區(qū)的了?？梢钥吹较噜忂壿嫹謪^(qū)之間都有 64 扇區(qū)的空間，那里存放邏輯分區(qū)表。

Linux創(chuàng)建2TB以上分區(qū)，以及正確的對齊磁盤

一般來說，Linux創(chuàng)建分區(qū)使用fdisk命令，可以自動對齊磁盤。然而，fdisk無法處理大于2TB的磁盤文件。這種情況下，需要使用parted命令去創(chuàng)建分區(qū)。

parted創(chuàng)建分區(qū)需要手動指定分區(qū)開始與結(jié)束位置，可能會面臨磁盤不對齊的問題（提示：Warning: The resulting partition is not properly aligned for best performance.）

所以需要手動去計算分區(qū)起點來對齊磁盤。

輸入0.00T有時候可以免于計算起點

所以分區(qū)命令是

檢查是否正確對齊

如果還有問題，則需要進一步修正，可以參考

linux下printf中\(zhòng)n的重要作用？

linux的命令行默認(rèn)采用行緩沖模式，換行符\n起到刷新輸出緩沖區(qū)的作用。

如何在Linux服務(wù)器上安裝使用bowtie

(一)安裝bowtie

Bowtie可以在個人計算機上使用，也可以在CSC服務(wù)器上使用終端連接。請參閱以下文檔的第一部分，了解如何在筆記本電腦上安裝Bowtie。特別是對他們的計算機沒有管理員權(quán)限的那些應(yīng)該確保軟件的正確安裝和功能。Bowtie也可以在服務(wù)器計算機上遠(yuǎn)程使用。我們將提供臨時帳戶訪問CSC，但你將需要一個安全Shell終端程序進行通信。默認(rèn)情況下，Mac和Linux上都有這樣的程序，但需要安裝Windows。普遍的實現(xiàn)是PuTTY。即使終端程序不用于讀取映射，也將需要其他練習(xí)，并且應(yīng)該可用。Bowtie的安裝：從下載頁面下載相應(yīng)的版本(Linux，Mac或Win,小編使用的是在Linux下進行)。將zip文件解壓縮到新的目錄中，并轉(zhuǎn)到該目錄。下載的bowtie包裝包含大腸桿菌基因組的預(yù)先建立的指數(shù)，以及從該基因組模擬的一組1000個35bp的讀數(shù)。要使用Bowtie對齊這些讀取，請鍵入以下命令。bowtiee_colireads/e_coli_1000.fqmap_result.txt

如果你收到錯誤消息"commandnotfound"，請嘗試在"bowtie"(./bowtie)之前添加"./"。

(二)使用Bowtie

(1)Mapping

要使用Bowtie對齊示例讀取，請發(fā)出以下命令。bowtiee_colireads/e_coli_1000.fqmap_result.txt

如果你收到錯誤消息"commandnotfound"，請嘗試在"bowtie"(./bowtie)之前添加"./"。"e_coli"與"indexes/e_coli"相同。你可以在文本編輯器中打開map_result.txt。每行都是一個讀取對齊。對齊讀取的名稱顯示在第一列中。對于Mac和Linux，使用"少"會更好。

lessmap_result.txt#extrareading

ReadthemanualinthefolderorwebsitetogetadeeperunderstandinghowBowtieworksandfurtheroptionsinBowtie.

我們來看看Bowtie在1中使用的一些不同的選項，報告所有有效的對齊方式與一些不匹配。

./bowtie-a-v2e_coli--suppress1,5,6,7-cATGCATCATGCGCCAT-a/--all報告每個讀取或?qū)Φ乃杏行R(默認(rèn)值：off)

-v

最多不相匹配的報告對齊

-c

查詢序列在命令行

--suppress

上以默認(rèn)輸出模式抑制輸出列

2限制對齊

$./bowtie-k3-v2e_coli--suppress1,5,6,7-cATGCATCATGCGCCAT-k

每次讀取或配對時報告有效對齊(默認(rèn)值：1)。

3不匹配排名

$./bowtie-a--best-v2e_coli--suppress1,5,6,7-cATGCATCATGCGCCAT

所有相同的對齊方式按最佳到最壞的順序進行報告

4只有最不匹配

$./bowtie-a--best--strata-v2--suppress1,5,6,7e_coli-cATGCATCATG

(2)配對對齊

當(dāng)使用-1和-2選項指定正確配對的讀取文件時，Bowtie可以對齊配對端讀取(對于原始，F(xiàn)ASTA或FASTQ讀取文件)

./bowtiee_coli-1reads/e_coli_1000_1.fq-2reads/e_coli_1000_2.fqmap_paired.txt

SAMtools()是一套用于存儲，操縱和分析對齊方式的工具，例如Bowtie輸出的對齊方式。bowtie-Se_colireads/e_coli_1000.fqec.sam

我們可以再次檢查sam文件以查看與txt文件的區(qū)別(也是在r4，r5中未映射的讀取)。接下來，我們將SAM文件轉(zhuǎn)換為BAM以準(zhǔn)備排序。

samtoolsview-bS-oec.bamec.sam

接下來，我們對BAM文件進行排序，

samtoolssortec.bamec.sorted

這樣我們就簡單的對bam文件中的基因組進行配對對齊。

Linux(Ubuntu12.04)下4k對齊的問題

sda3 不是邏輯分區(qū)，擴展分區(qū)沒對齊沒事。真正存儲數(shù)據(jù)的是邏輯分區(qū)，不是擴展分區(qū)。

所以sda5 和 sda6 對齊了就行了。

當(dāng)然， sda3 能對齊當(dāng)然更好了。

新聞標(biāo)題：linux中的對齊命令 linux結(jié)構(gòu)體對齊
本文路徑：http://chinadenli.net/article38/doddhpp.html

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