怎么用R語言ggplot2畫氣泡圖來展示基因表達量

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今天重復(fù)的內(nèi)容是論文中的figure2f

今天的推文主要介紹其中的氣泡圖，明天的推文介紹如何向氣泡圖上疊加樹形圖

按照論文提供的代碼得到了畫圖用到的數(shù)據(jù)，部分數(shù)據(jù)如下

但是用他提供的畫圖代碼沒有能夠畫出圖來。因為他用到了一個dot_plot()函數(shù)，沒有找到這個函數(shù)是怎么來的。既然已經(jīng)拿到了數(shù)據(jù)，就用ggplot2自己來畫吧

讀入數(shù)據(jù)

data.final<-read.csv("NM/figure2f.csv",header=T)
head(data.final)

基本的散點圖

ggplot(data.final,aes(x=features.plot,y=id))+
  geom_point()

用Average expression映射顏色，用Percent expressed映射點的大小

ggplot(data.final,aes(x=features.plot,y=id))+
  geom_point(aes(size=`Percent expressed`,
                 color=`Average expression`))

接下來是設(shè)置主題的一些內(nèi)容

包括

去掉灰色背景
調(diào)整坐標軸字體方向
去掉坐標軸標題
更改配色

ggplot(data.final,aes(x=features.plot,y=id))+
  geom_point(aes(size=`Percent expressed`,
                 color=`Average expression`))+
  theme_bw()+
  theme(panel.grid = element_blank(),
        axis.text.x=element_text(angle=90,hjust = 1,vjust=0.5))+
  scale_color_gradient(low="lightgrey",high="blue")+
  labs(x=NULL,y=NULL)

看完上述內(nèi)容，你們掌握怎么用R語言ggplot2畫氣泡圖來展示基因表達量的方法了嗎？如果還想學(xué)到更多技能或想了解更多相關(guān)內(nèi)容，歡迎關(guān)注創(chuàng)新互聯(lián)行業(yè)資訊頻道，感謝各位的閱讀！

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網(wǎng)站路徑：http://chinadenli.net/article32/gosjsc.html

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