[R語言] GO富集分析可視化 GOplot::GOCircle

查看GOplot內(nèi)示例數(shù)據(jù)的格式，對自己的數(shù)據(jù)做處理

創(chuàng)新互聯(lián)長期為1000多家客戶提供的網(wǎng)站建設(shè)服務(wù)，團(tuán)隊(duì)從業(yè)經(jīng)驗(yàn)10年，關(guān)注不同地域、不同群體，并針對不同對象提供差異化的產(chǎn)品和服務(wù)；打造開放共贏平臺(tái)，與合作伙伴共同營造健康的互聯(lián)網(wǎng)生態(tài)環(huán)境。為霍爾果斯企業(yè)提供專業(yè)的做網(wǎng)站、網(wǎng)站建設(shè)，霍爾果斯網(wǎng)站改版等技術(shù)服務(wù)。擁有10年豐富建站經(jīng)驗(yàn)和眾多成功案例,為您定制開發(fā)。

觀察結(jié)論：

觀察自己的兩個(gè)數(shù)據(jù)表：

table.legend 設(shè)置為T時(shí)會(huì)顯示表格

本圖中表格和圖例是出圖后剪切拼合而成，沒有用R中的拼圖包

R語言如何調(diào)整弦圖label方向

Label1.Font="宋體" Label1.FontSize=20 Label1.ForeColor=vbRed 自己調(diào)節(jié)相應(yīng)的值就可以了 那個(gè)顏色調(diào)節(jié)也可以這樣 Label1.ForeColor=RGB(紅色比例,綠色比例,藍(lán)色比例) 三個(gè)比例數(shù)值在0-255間取值

【R語言】解決GO富集分析繪圖，標(biāo)簽重疊問題

前面我給大家詳細(xì)介紹過

?GO簡介及GO富集結(jié)果解讀

?四種GO富集柱形圖、氣泡圖解讀

?GO富集分析四種風(fēng)格展示結(jié)果—柱形圖，氣泡圖

?KEGG富集分析—柱形圖，氣泡圖，通路圖

? DAVID GO和KEGG富集分析及結(jié)果可視化

也用視頻給大家介紹過

? GO和KEGG富集分析視頻講解

最近有粉絲反映說，利用clusterProfiler這個(gè)包繪制GO富集分析氣泡圖和柱形圖的時(shí)候，發(fā)現(xiàn)GO條目的名字都重疊在一起了。

氣泡圖

柱形圖

這個(gè)圖別說美觀了，簡直不忍直視。經(jīng)過我的認(rèn)真研究，發(fā)現(xiàn)跟R版本有關(guān)。前面我給大家展示的基本都是R 3.6.3做出來的圖。很多粉絲可能用的都是最新版本的R 4.1.2。

我們知道R的版本在不停的更新，相應(yīng)的R包也在不停的更新。我把繪制氣泡圖和柱形圖相關(guān)的函數(shù)拿出來認(rèn)真的研究了一下，終于發(fā)現(xiàn)的癥結(jié)所在。

dotplot這個(gè)函數(shù)，多了個(gè) label_format 參數(shù)

我們來看看這個(gè)參數(shù)究竟是干什么用的，看看參數(shù)說明

label_format :

a numeric value sets wrap length, alternatively a custom function to format axis labels. by default wraps names longer that 30 characters

原來這個(gè)參數(shù)默認(rèn)值是30，當(dāng)標(biāo)簽的長度大于30個(gè)字符就會(huì)被折疊，用多行來展示。既然問題找到了，我們就來調(diào)節(jié)一下這個(gè)參數(shù)，把他設(shè)置成100，讓我們的標(biāo)簽可以一行展示。

是不是還是原來的配方，還是熟悉的味道

同樣的柱形圖，我們也能讓他恢復(fù)原來的容貌。

關(guān)于如何使用R做GO和KEGG富集分析，可參考下文

GO和KEGG富集分析視頻講解

差異分析16-1

rm(list = ls())

load(file = "step2output.Rdata")

需要表達(dá)矩陣和Group，不需要改（固定四步操作）

為deg數(shù)據(jù)框添加幾列

標(biāo)記我想要標(biāo)記的基因名

1.GO 富集分析----

(1)輸入數(shù)據(jù)

(2)富集

(3)可視化

2.KEGG pathway analysis----

3.gsea作kegg和GO富集分析----

4.能看懂的資料越來越多----

GSEA學(xué)習(xí)更多：

富集分析學(xué)習(xí)更多：

弦圖：

GOplot：

網(wǎng)上的資料和寶藏?zé)o窮無盡，學(xué)好R語言慢慢發(fā)掘~

AnnoProbe包拓展運(yùn)用：三種函數(shù)

小潔老師自制r包，簡化全過程16-3 12:00

本文標(biāo)題：R語言GO弦圖 go分析r語言作圖
網(wǎng)頁地址：http://chinadenli.net/article28/hgppjp.html

成都網(wǎng)站建設(shè)公司_創(chuàng)新互聯(lián)，為您提供手機(jī)網(wǎng)站建設(shè)、品牌網(wǎng)站建設(shè)、虛擬主機(jī)、App開發(fā)、外貿(mào)網(wǎng)站建設(shè)、建站公司

廣告

聲明：本網(wǎng)站發(fā)布的內(nèi)容（圖片、視頻和文字）以用戶投稿、用戶轉(zhuǎn)載內(nèi)容為主，如果涉及侵權(quán)請盡快告知，我們將會(huì)在第一時(shí)間刪除。文章觀點(diǎn)不代表本網(wǎng)站立場，如需處理請聯(lián)系客服。電話：028-86922220；郵箱：631063699@qq.com。內(nèi)容未經(jīng)允許不得轉(zhuǎn)載，或轉(zhuǎn)載時(shí)需注明來源： 創(chuàng)新互聯(lián)