GO和KEGG的區(qū)別_go和kegg分析

1、GO分析和KEGG分析的主要區(qū)別在于它們所依據(jù)的數(shù)據(jù)不同。GO分析是基于序列信息的，而KEGG分析是基于表達(dá)信息的。

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2、GO分析好比是將基因分門別類放入一個(gè)個(gè)功能類群的籃子，pathway則是將基因一個(gè)個(gè)具體放到代謝網(wǎng)絡(luò)中的指定位置。

3、GO、KEGG富集分析是我們做生信分析較為常用的部分，它可以將基因與功能相聯(lián)系起來(lái)。GO指的是Gene Ontology，是基因功能國(guó)際標(biāo)準(zhǔn)分類體系。

4、clusterProfiler是一個(gè)功能強(qiáng)大的R包，同時(shí)支持GO和KEGG的富集分析，而且可視化功能非常的優(yōu)秀，本章主要介紹利用這個(gè)R包來(lái)進(jìn)行Gene Ontology的富集分析。

5、類似的，在GO分析中：KEGG通路中對(duì)富集的計(jì)算也十分類似。因此通過(guò)上述一頓操作猛如虎后的，即可得到基因n是否在M/k 類中富集（N）的概率（P）。既然P-value 針對(duì)的是極端情況，那就讓情況更極端一些好了。

6、通常稱這種分析為GO、KEGG富集分析。本節(jié)視頻教程，就讓我們帶大家學(xué)習(xí)什么是GO、KEGG富集分析，它們的主要原理是什么，并簡(jiǎn)單展示使用DAVID進(jìn)行差異表達(dá)基因GO富集分析的操作過(guò)程。

GO與COG區(qū)別

1、COG和FOG分別是兩種不同的貼裝模式，F(xiàn)og和fob是不同的屏幕。COG意思是IC搭載在玻璃面板上。FOG意思是將FPC搭載在玻璃面板上。Fog即霧面屏幕，fob是普通的鏡面屏。

2、COG制程是利用覆晶（Flip Chip）導(dǎo)通方式，將晶片直接對(duì)準(zhǔn)玻璃基板上的電極，利用各向異性導(dǎo)電膜（Anisotropic Conductive Film，后面簡(jiǎn)稱ACF）材料作為接合的材料，使兩種結(jié)合物體垂直方向的電極導(dǎo)通。

3、電容 COG 模組相對(duì)于普通 COG 模組具有更高的觸摸精度、更佳的觸摸感應(yīng)和更高的透光率，因此在某些應(yīng)用場(chǎng)景下更加適用。

4、COG”是Cluster of Orthologous Groups of proteins（蛋白相鄰類的聚簇）的縮寫。構(gòu)成每個(gè)COG的蛋白都是被假定為來(lái)自于一個(gè)祖先蛋白，并且因此或者是orthologs或者是paralogs。

非模式生物GO、KEGG富集分析

KEGG指的是京都基因與基因組百科全書(shū)，通常我們使用KEGG中的pathway模塊，將基因映射到某些通路上，了解基因參與生物體中的代謝過(guò)程等。

GO富集分析原理： 有一個(gè)term注釋了100個(gè)差異表達(dá)基因參與了哪個(gè)過(guò)程，注釋完之后（模式生物都有現(xiàn)成的注釋包，不用我們自己注釋），計(jì)算相對(duì)于背景它是否顯著集中在某條通路、某一個(gè)細(xì)胞學(xué)定位、某一種生物學(xué)功能。

例如，討論這些差異基因主要映射到哪些GO或KEGG分類條目中，以說(shuō)明基因表達(dá)的改變會(huì)導(dǎo)致哪些調(diào)控途徑原有功能失調(diào)，進(jìn)而與表型聯(lián)系起來(lái)。通常稱這種分析為GO、KEGG富集分析。

網(wǎng)頁(yè)題目：生物信息go語(yǔ)言 生物信息geo
本文地址：http://chinadenli.net/article27/deosjcj.html

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