【R語(yǔ)言】解決GO富集分析繪圖，標(biāo)簽重疊問(wèn)題

前面我給大家詳細(xì)介紹過(guò)

創(chuàng)新互聯(lián)建站服務(wù)項(xiàng)目包括陸河網(wǎng)站建設(shè)、陸河網(wǎng)站制作、陸河網(wǎng)頁(yè)制作以及陸河網(wǎng)絡(luò)營(yíng)銷策劃等。多年來(lái)，我們專注于互聯(lián)網(wǎng)行業(yè)，利用自身積累的技術(shù)優(yōu)勢(shì)、行業(yè)經(jīng)驗(yàn)、深度合作伙伴關(guān)系等，向廣大中小型企業(yè)、政府機(jī)構(gòu)等提供互聯(lián)網(wǎng)行業(yè)的解決方案，陸河網(wǎng)站推廣取得了明顯的社會(huì)效益與經(jīng)濟(jì)效益。目前，我們服務(wù)的客戶以成都為中心已經(jīng)輻射到陸河省份的部分城市，未來(lái)相信會(huì)繼續(xù)擴(kuò)大服務(wù)區(qū)域并繼續(xù)獲得客戶的支持與信任！

?GO簡(jiǎn)介及GO富集結(jié)果解讀

?四種GO富集柱形圖、氣泡圖解讀

?GO富集分析四種風(fēng)格展示結(jié)果—柱形圖，氣泡圖

?KEGG富集分析—柱形圖，氣泡圖，通路圖

? DAVID GO和KEGG富集分析及結(jié)果可視化

也用視頻給大家介紹過(guò)

? GO和KEGG富集分析視頻講解

最近有粉絲反映說(shuō)，利用clusterProfiler這個(gè)包繪制GO富集分析氣泡圖和柱形圖的時(shí)候，發(fā)現(xiàn)GO條目的名字都重疊在一起了。

氣泡圖

柱形圖

這個(gè)圖別說(shuō)美觀了，簡(jiǎn)直不忍直視。經(jīng)過(guò)我的認(rèn)真研究，發(fā)現(xiàn)跟R版本有關(guān)。前面我給大家展示的基本都是R 3.6.3做出來(lái)的圖。很多粉絲可能用的都是最新版本的R 4.1.2。

我們知道R的版本在不停的更新，相應(yīng)的R包也在不停的更新。我把繪制氣泡圖和柱形圖相關(guān)的函數(shù)拿出來(lái)認(rèn)真的研究了一下，終于發(fā)現(xiàn)的癥結(jié)所在。

dotplot這個(gè)函數(shù)，多了個(gè) label_format 參數(shù)

我們來(lái)看看這個(gè)參數(shù)究竟是干什么用的，看看參數(shù)說(shuō)明

label_format :

a numeric value sets wrap length, alternatively a custom function to format axis labels. by default wraps names longer that 30 characters

原來(lái)這個(gè)參數(shù)默認(rèn)值是30，當(dāng)標(biāo)簽的長(zhǎng)度大于30個(gè)字符就會(huì)被折疊，用多行來(lái)展示。既然問(wèn)題找到了，我們就來(lái)調(diào)節(jié)一下這個(gè)參數(shù)，把他設(shè)置成100，讓我們的標(biāo)簽可以一行展示。

是不是還是原來(lái)的配方，還是熟悉的味道

同樣的柱形圖，我們也能讓他恢復(fù)原來(lái)的容貌。

關(guān)于如何使用R做GO和KEGG富集分析，可參考下文

GO和KEGG富集分析視頻講解

R語(yǔ)言可視化常用代碼

（供自己記錄）

adj位置調(diào)整

ask詢問(wèn)

bg背景

bty圖形邊框風(fēng)格，o四邊都有邊框，l左邊和下邊，7右邊和上邊，c上邊、左邊和下邊，

cex設(shè)置點(diǎn)和字符的大小，axis坐標(biāo)軸上標(biāo)簽字的大小，lab坐標(biāo)軸上命名的大小，main標(biāo)題的大小，sub副標(biāo)題的大小，col顏色。

family字體的風(fēng)格，

fg前景顏色

font圖片字體的風(fēng)格，字體，粗體，斜體

las坐標(biāo)軸的運(yùn)行關(guān)系，坐標(biāo)軸上的字和坐標(biāo)軸的關(guān)系，字會(huì)轉(zhuǎn)

lend線的兩端的樣式

lty線的形式,直線、虛線

lwd線的粗細(xì)

Mai、mar、mex畫(huà)布的大小

Mfcol、mfrow是來(lái)切分畫(huà)布的，放幾個(gè)fig在畫(huà)布中，兩個(gè)功能一樣

pch是用來(lái)定義點(diǎn)的形狀的，有25個(gè)形狀

srt用來(lái)定義圖中的文字的角度

Txk坐標(biāo)軸上的刻度的大小，刻度的字體大小

Xaxt/yaxt不想要坐標(biāo)軸的標(biāo)簽

Xlog/ylog是x軸和y軸設(shè)置為log值

Xpd把繪圖區(qū)設(shè)置為整個(gè)畫(huà)布

Fig表示圖形的四個(gè)角的位置

New是在圖中生成圖

[R語(yǔ)言] GO富集分析可視化 GOplot::GOCircle

查看GOplot內(nèi)示例數(shù)據(jù)的格式，對(duì)自己的數(shù)據(jù)做處理

觀察結(jié)論：

觀察自己的兩個(gè)數(shù)據(jù)表：

table.legend 設(shè)置為T(mén)時(shí)會(huì)顯示表格

本圖中表格和圖例是出圖后剪切拼合而成，沒(méi)有用R中的拼圖包

當(dāng)前標(biāo)題：r語(yǔ)言go分析可視化代碼,GO分析可視化
文章起源：http://chinadenli.net/article22/hedscc.html

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