Linux文本操作常用命令

在Linux系統(tǒng)里常用于文本查看、操作、統(tǒng)計的命令：

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通過多敲鍵盤，形成手感 肌肉記憶 ，熟練掌握這些命令，在以后生信分析中游刃有余。以下是每個命令的詳細(xì)的介紹（主要是跟著 生信技能樹小郭老師 學(xué)習(xí)做的筆記）

接下來通過示例把10個命令的常用參數(shù)和用法展示出來：

參數(shù)的用法介紹：

注意事項：

用 cat 命令可以 查看文本 ，也可以 編輯文本 ，編輯文本要加 符號，退出時，另起一行，按 control C 退出

zcat可以查看壓縮的文本文件，tac逆向查看

結(jié)合 管道符| 使用

head / tail -n :查看文件的前 / 后 n 行，默認(rèn) 10 行 （在R語言里head和tail默認(rèn)是前6行）。

less命令用得最多 ，more命令用得比較少

3.1 less命令

less [參數(shù)] 文件名

less命令重要的補充用法1 ：

需要注意 退出 ：只要使用less命令， 按q鍵

less命令重要的補充用法2 ：

參數(shù)用法：

less命令 不加參數(shù) 查看文件：

less命令加 -N參數(shù) 查看文件：顯示行號

less命令加 -S參數(shù) 查看文件：單行顯示，非常規(guī)整

對比：less和cat命令顯示文本行號的用法：less -N，cat -n

3.2 more命令

**more ** 逐頁查看，按空格翻頁，按回車換行 ，more命令一般很少用，熟練掌握less命令就好

查看壓縮文件

wc 統(tǒng)計字符是也把換行符統(tǒng)計進(jìn)去，但是別的命令不一定會把換行符算進(jìn)去，。

常見參數(shù):

切記：用less命令，按q退出

cut命令是按關(guān)鍵詞來切的

常見參數(shù):

排列前：

排列后：

解釋：1和0比，1大；7和0比，7大…在sort字典排序里，100816比1737小，所以100816排在前面。

命令行查看一個表格結(jié)構(gòu)時，因為制表符對齊的原因，出現(xiàn)一個錯位的現(xiàn)象。還有 字典排序 可能和我們平時的認(rèn)知不一樣，所以 加上-n參數(shù) ， 讓數(shù)值有數(shù)學(xué)意義上的大小來排序 。

uniq命令去重，只有兩行出現(xiàn)重復(fù)，而且是相鄰的兩行，如果不相鄰，即使出現(xiàn)兩行一模一樣，不會去重。

uniq命令通常和sort命令搭配使用

換其它文件試試

總之，uniq命令使用時經(jīng)常和sort一起

常見參數(shù):

常見用法1：

paste file1 file2

-s :按行合并 演示

常見用法2 : paste - -

常見參數(shù):

要養(yǎng)成一個好習(xí)慣，原始數(shù)據(jù)不要輕易修改，修改的東西另外保存，文本保存用 (重定向)或是 (追加)

1. 用 less 查看 example.gtf ，然后管道符傳遞給 wc

2. 截取 example.gtf 第 9 列的內(nèi)容

3. 在第2步的基礎(chǔ)上截取分號分割的第1列

4. 在第3步的基礎(chǔ)上排序、去重復(fù)并統(tǒng)計

5. 在第4步的基礎(chǔ)上，將空格替換成制表符

補充小知識 ：

清屏 ：control L

查看歷史（輸入過的）命令 ：history

LINUX刪掉換行符

去掉文件中的換行符

(1)tr命令的操作是針對文件的操作,它把整個文本當(dāng)做操作的對象,所以可以直接去除文件中的換行符

tr '\n' ' ' file

(2)sed的操作對象是行.而作為行分割符號的回車符,本身是不屬于行的.所以sed中必須加上N命令,把下一行的內(nèi)容添加到當(dāng)前的pattern space中,這樣實際上是把相鄰的2行合并了.下一次仍然是先n,再p,再N,開始新的輪回:

cat file | sed 'N;s/\n/ /'

所以上面的語句是不能把文件內(nèi)容合并為一行的,到底該怎么寫,我暫時沒有想到,呵呵

(3)直接用awk

awk '{printf("%s ",$0)}' file

(4)當(dāng)然,用echo也是可以的:

while read line;do echo -n "$line"; done awk_help.txt, 這樣,可以把awk_help.txt的內(nèi)容合并為一行

sed -e "s#\[/r][/r][/n]#\[/r][/n]#g" file

linux 查看文件時讓其不自動換行

指令代碼：set nowrap

詳解：我們在linux服務(wù)起上多用vim查看文件，常有這行的情況，我們的解決辦法有兩個，即，

在編輯模式下 :set nowrap

修改配置文件~/.vimrc set nowrap

拓展：

syntax on " 自動語法高亮

"set number " 顯示行號

"set cursorline " 突出顯示當(dāng)前行

set shiftwidth=4 " 設(shè)定 和 命令移動時的寬度為 4

set softtabstop=4 " 使得按退格鍵時可以一次刪掉 4 個空格

set tabstop=4 " 設(shè)定 tab 長度為 4

網(wǎng)站欄目：linux命令不換行符,linux命令行換行符
網(wǎng)頁鏈接：http://chinadenli.net/article22/dsegocc.html

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