R語(yǔ)言GEO數(shù)據(jù)挖掘:步驟四:富集分析KEGG,GO

1、3 GO富集分析 加載了注釋庫(kù)之后，讀取基因列表文件，并使用clusterProfiler的內(nèi)部函數(shù)enrichGO()即可完成GO富集分析。讀取基因列表文件，并使用clusterProfiler的內(nèi)部函數(shù)enrichKEGG()即可完成KEGG富集分析。

網(wǎng)站建設(shè)哪家好，找創(chuàng)新互聯(lián)！專注于網(wǎng)頁(yè)設(shè)計(jì)、網(wǎng)站建設(shè)、微信開(kāi)發(fā)、小程序定制開(kāi)發(fā)、集團(tuán)企業(yè)網(wǎng)站建設(shè)等服務(wù)項(xiàng)目。為回饋新老客戶創(chuàng)新互聯(lián)還提供了昌邑免費(fèi)建站歡迎大家使用！

2、前景基因：指的是我們所要進(jìn)行富集的基因，一般是基因的ID 背景基因：指的是前景基因在某個(gè)基因集合進(jìn)行富集，這個(gè)基因集合就是背景基因 描述信息：每個(gè)GO的Term的屬性，或者是每個(gè)KO號(hào)或者map號(hào)的屬性。

3、把他設(shè)置成100，讓我們的標(biāo)簽可以一行展示。是不是還是原來(lái)的配方，還是熟悉的味道 同樣的柱形圖，我們也能讓他恢復(fù)原來(lái)的容貌。

4、scale_y_discrete則調(diào)節(jié)label過(guò)長(zhǎng)的情況，讓圖片看起來(lái) 更美觀。3)檢查結(jié)果，可見(jiàn)geneID展示為gene symbol。（1）在enrichGO函數(shù)中，設(shè)置readable = TRUE；(2)用setReadable函數(shù)，對(duì)GO或者KEGG結(jié)果進(jìn)行轉(zhuǎn)化即可。

5、例如，討論這些差異基因主要映射到哪些GO或KEGG分類條目中，以說(shuō)明基因表達(dá)的改變會(huì)導(dǎo)致哪些調(diào)控途徑原有功能失調(diào)，進(jìn)而與表型聯(lián)系起來(lái)。通常稱這種分析為GO、KEGG富集分析。

【R畫(huà)圖】GOplot

1、ggplot2是R語(yǔ)言第三方可視化擴(kuò)展包，在某種程度上它基本代替了R可視化。該包是RStudio首席科學(xué)家Hadley Wickham讀博期間的作品，它強(qiáng)大的畫(huà)圖邏輯使得它稱為R最流行的包之一。更多知識(shí)分享請(qǐng)到 https：//zouhua.top/ 。

2、最近有粉絲反映說(shuō)，利用clusterProfiler這個(gè)包繪制GO富集分析氣泡圖和柱形圖的時(shí)候，發(fā)現(xiàn)GO條目的名字都重疊在一起了。氣泡圖 柱形圖 這個(gè)圖別說(shuō)美觀了，簡(jiǎn)直不忍直視。經(jīng)過(guò)我的認(rèn)真研究，發(fā)現(xiàn)跟R版本有關(guān)。

3、plot是R中的基本畫(huà)圖工具，直接plot(x)，x為一個(gè)數(shù)據(jù)集，就能畫(huà)出圖。細(xì)節(jié)往往制勝的關(guān)鍵，所以就詳細(xì)來(lái)看下plot的所有可設(shè)置參數(shù)及參數(shù)設(shè)置方法。

4、ggsurvplot(fit， #生存分析結(jié)果 data = NULL， # a dataset used to fit survival curves fun = NULL， # 定義生存曲線轉(zhuǎn)換的任意函數(shù)。

5、這個(gè) R tutorial 描述如何使用 ggplot2 包修改x和y軸刻度。同樣，該文包含如何執(zhí)行軸轉(zhuǎn)換（對(duì)數(shù)化，開(kāi)方等）和日期轉(zhuǎn)換。使用ToothGrowth：請(qǐng)確保 dose 變量變?yōu)橐蜃宇愋汀?/p>

6、col，lty，pch 是對(duì)應(yīng)的顏色，線類型，和點(diǎn)類型。

怎么用origin做go分析圖

打開(kāi)Origin繪圖軟件。在“Date 1”界面右鍵，選擇“Add new column”，添加新的Y軸。在“Date 1”界面中輸入數(shù)據(jù)。選中數(shù)據(jù)區(qū)域，點(diǎn)擊左下角“l(fā)ine+symbol”按鈕，繪制出數(shù)據(jù)圖。

我用的是英文版，如果是中文漢化版的，同樣可以參考。打開(kāi)origin，輸入自己的數(shù)據(jù)，選中要作圖的數(shù)據(jù)，點(diǎn)擊“plot”—“l(fā)ine”—“l(fā)ine”。這樣直接作出的圖可能會(huì)很粗糙，這時(shí)候需要平滑。

打開(kāi)origin繪圖軟件，找到數(shù)據(jù)輸入窗口，在窗口里輸入您要使用的數(shù)據(jù)；您也可以從excel軟件里直接導(dǎo)入數(shù)據(jù)，使用效果是一樣的。在界面左下角找到繪圖按鈕選擇“spline connected”，您也可以在下拉菜單和鼠標(biāo)右鍵里找到該按鈕。

數(shù)據(jù)導(dǎo)入。點(diǎn)擊右下角pca插件，啟動(dòng)對(duì)話框。設(shè)置分析數(shù)據(jù)并點(diǎn)擊“OK，進(jìn)行分析。按照?qǐng)D示點(diǎn)擊分析后的圖，放大該圖。美化圖片。圖片美化包括顏色、圖例、字體大小等等。美化后的圖片如圖。

Origin是一款數(shù)據(jù)分析和繪圖的軟件，具備統(tǒng)計(jì)、峰值分析和曲線擬合等分析功能，可以繪制出二維和三維圖形。

gnu文件用origin畫(huà)圖方法：將origin打開(kāi)，可以看到一個(gè)類似Excel的表，第一行是坐標(biāo)軸的標(biāo)題名稱，第二個(gè)是單位，下面的是數(shù)據(jù)輸入的位置。輸入數(shù)據(jù)。

名稱欄目：r語(yǔ)言go分析并繪圖 r語(yǔ)言數(shù)據(jù)分析可視化
網(wǎng)站鏈接：http://chinadenli.net/article22/dceppcc.html

成都網(wǎng)站建設(shè)公司_創(chuàng)新互聯(lián)，為您提供網(wǎng)站收錄、品牌網(wǎng)站設(shè)計(jì)、標(biāo)簽優(yōu)化、虛擬主機(jī)、域名注冊(cè)、網(wǎng)站維護(hù)

廣告

聲明：本網(wǎng)站發(fā)布的內(nèi)容（圖片、視頻和文字）以用戶投稿、用戶轉(zhuǎn)載內(nèi)容為主，如果涉及侵權(quán)請(qǐng)盡快告知，我們將會(huì)在第一時(shí)間刪除。文章觀點(diǎn)不代表本網(wǎng)站立場(chǎng)，如需處理請(qǐng)聯(lián)系客服。電話：028-86922220；郵箱：631063699@qq.com。內(nèi)容未經(jīng)允許不得轉(zhuǎn)載，或轉(zhuǎn)載時(shí)需注明來(lái)源： 創(chuàng)新互聯(lián)