這篇文章給大家分享的是有關(guān)MethHC數(shù)據(jù)庫(kù)怎么用的內(nèi)容。小編覺(jué)得挺實(shí)用的，因此分享給大家做個(gè)參考，一起跟隨小編過(guò)來(lái)看看吧。

成都創(chuàng)新互聯(lián)服務(wù)項(xiàng)目包括烏拉特中網(wǎng)站建設(shè)、烏拉特中網(wǎng)站制作、烏拉特中網(wǎng)頁(yè)制作以及烏拉特中網(wǎng)絡(luò)營(yíng)銷策劃等。多年來(lái)，我們專注于互聯(lián)網(wǎng)行業(yè)，利用自身積累的技術(shù)優(yōu)勢(shì)、行業(yè)經(jīng)驗(yàn)、深度合作伙伴關(guān)系等，向廣大中小型企業(yè)、政府機(jī)構(gòu)等提供互聯(lián)網(wǎng)行業(yè)的解決方案，烏拉特中網(wǎng)站推廣取得了明顯的社會(huì)效益與經(jīng)濟(jì)效益。目前，我們服務(wù)的客戶以成都為中心已經(jīng)輻射到烏拉特中省份的部分城市，未來(lái)相信會(huì)繼續(xù)擴(kuò)大服務(wù)區(qū)域并繼續(xù)獲得客戶的支持與信任！

在MethHC數(shù)據(jù)庫(kù)中，提供了18種癌癥相關(guān)的DNA甲基化，microRNA表達(dá)譜和基因表達(dá)譜的數(shù)據(jù)，這里的數(shù)據(jù)來(lái)源于TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)。同時(shí)采用線性回歸的方法計(jì)算甲基化和表達(dá)譜數(shù)據(jù)之間的關(guān)聯(lián)。

整個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)包含的數(shù)據(jù)匯總?cè)缦拢?/p>

相比其他的甲基化數(shù)據(jù)庫(kù)，Meth有以下兩個(gè)特點(diǎn)：

1. 數(shù)據(jù)來(lái)源于TCGA,同時(shí)包含了甲基化和基因表達(dá)譜以及microRNA表達(dá)譜的數(shù)據(jù)；

2. 將基因劃分為8個(gè)區(qū)域，甲基化位點(diǎn)劃分為5個(gè)區(qū)域,針對(duì)單個(gè)區(qū)域計(jì)算甲基化和表達(dá)譜數(shù)據(jù)之間的相關(guān)性

基因和甲基化區(qū)域的劃分方式如下所示：

和其他數(shù)據(jù)庫(kù)比較的結(jié)果

在Browse Top 250中，以單個(gè)基因?yàn)閱挝唬榭丛摶蛟诎┌Y中的甲基化情況和表達(dá)量的情況

對(duì)于甲基化數(shù)據(jù)，其表達(dá)量采用beta值來(lái)衡量；對(duì)于基因表達(dá)譜數(shù)據(jù)，定量方式為RPKM;對(duì)于microRNA的表達(dá)譜，采用RPM定量方式；通過(guò)泊松相關(guān)系數(shù)計(jì)算甲基化數(shù)據(jù)和表達(dá)譜數(shù)據(jù)之間的相關(guān)性。

以SPDYE1為例，給出所有基因區(qū)域和甲基化區(qū)域的結(jié)果

對(duì)于每個(gè)區(qū)域，會(huì)給出以下三個(gè)結(jié)果

甲基化數(shù)據(jù)和表達(dá)譜數(shù)據(jù)表達(dá)量的相關(guān)性分析

甲基化數(shù)據(jù)和表達(dá)譜數(shù)據(jù)差異倍數(shù)的相關(guān)性分析

TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)中記錄的基因的甲基化和RNA_seq 數(shù)據(jù)詳細(xì)情況

MethHC還提供了基因檢索Gene Search的功能，可以按照兩種方式進(jìn)行篩選

基因列表

KEGG通路

通過(guò)MethHC數(shù)據(jù)庫(kù)，我們可以查看基因已有的甲基化和表達(dá)譜研究結(jié)果，也可以根據(jù)癌癥類型，查看研究的較多的熱點(diǎn)基因。

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新聞標(biāo)題：MethHC數(shù)據(jù)庫(kù)怎么用
網(wǎng)頁(yè)URL：http://chinadenli.net/article18/gepegp.html

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