Linux對(duì)文本操作命令及正則表達(dá)式:

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cat
cat 是 concatenate 的縮寫,所以它的作用其實(shí)是連接文件。但默認(rèn)情況下它會(huì)將連接文件的結(jié)果送到標(biāo)準(zhǔn)輸出。所以我們常用來顯示文件內(nèi)容。類似于 dos 中的 type。
more
當(dāng)一個(gè)文件的內(nèi)容超過一屏后,我們可以用 more 這個(gè)指令來逐屏 察看 文件內(nèi)容。
less
less 在 more 的基礎(chǔ)上,更可以逐行 察看 ,前后翻頁。
head
head 顯示文件開頭部分內(nèi)容,默認(rèn)顯示前十行參數(shù) --lines 或者 –n 指明顯示行數(shù)基本格式:
tail
tail 顯示文件結(jié)尾部分內(nèi)容,命令用法同 head,參數(shù) -f 顯示文件的紀(jì)實(shí)更新,用于監(jiān)視日志文件
tail 默認(rèn)顯示文件列表中每個(gè)文件的后 10 行,如果沒有文件名或文件名為“-”則其從標(biāo)準(zhǔn)輸入中讀取文件,如果有多個(gè)文件則其會(huì)在文件前面加上“==文件名==”以便區(qū)別。
# tail /etc/mail/sendmail.mc 默認(rèn)查看文件的后 10 行內(nèi)容
# tail –n 20 /etc/passwd 查看文件后 20 行內(nèi)容
注意: # tail –f /var/log/message 實(shí)時(shí)監(jiān)控日志文件更新信息,非常重要
diff
diff 用于比較兩個(gè)文件之間的區(qū)別,并送到標(biāo)準(zhǔn)輸出。輸出時(shí)先報(bào)告兩個(gè)文件的哪一行不同。基本格式:
參數(shù):
uniq 用于去除文本中相鄰的重復(fù)行。
-u 參數(shù)可以只顯示那些沒有被重復(fù)過的行。 -d 顯示有被重復(fù)過的行。
cut
cut 可以根據(jù)一個(gè)指定的標(biāo)記(默認(rèn)是 tab)來為文本劃分列,然后將此列顯示。使用權(quán)限:所有使用者
基本格式: cut -cnum1 -num2 filename
說明:顯示每行從開頭算起 num1 到 num2 的文字。
[root@uplooking root] $ cut –f1 –d: /etc/shadow 表示以 : 為分隔符,顯示 /etc/shadow 的第一列 sort
sort 用來按各種需要重新排列文本,一般運(yùn)用在一個(gè)管道之后。例如:
默認(rèn)情況下 sort 按照字母順序排列文本。
wc
wc 用來統(tǒng)計(jì)一個(gè)文件的行數(shù)、詞數(shù)、字?jǐn)?shù)并送到標(biāo)準(zhǔn)輸出。也可以用-l(行數(shù))、-w(詞數(shù))、-c(字?jǐn)?shù))來指定輸出內(nèi)容。
Linux下常用文本處理命令大全
Linux下面有很多經(jīng)典的非常有用的命令,其中處理文本的命令就有很多。下面就讓我們一起看看這些經(jīng)典的Linux文本處理命令有哪些吧。
一. sort
文件排序, 通常用在管道中當(dāng)過濾器來使用. 這個(gè)命令可以依據(jù)指定的關(guān)鍵字或指定的字符位置, 對(duì)文件行進(jìn)行排序. 使用-m選項(xiàng), 它將會(huì)合并預(yù)排序的輸入文件. 想了解這個(gè)命令的全部參數(shù)請(qǐng)參考這個(gè)命令的info頁.
二. tsort
拓?fù)渑判? 讀取以空格分隔的有序?qū)? 并且依靠輸入模式進(jìn)行排序.
三. uniq
這個(gè)過濾器將會(huì)刪除一個(gè)已排序文件中的重復(fù)行. 這個(gè)命令經(jīng)常出現(xiàn)在sort命令的管道后邊.
四. expand, unexpand
expand命令將會(huì)把每個(gè)tab轉(zhuǎn)化為一個(gè)空格. 這個(gè)命令經(jīng)常用在管道中.
unexpand命令將會(huì)把每個(gè)空格轉(zhuǎn)化為一個(gè)tab. 效果與expand命令相反.
五. cut
一個(gè)從文件中提取特定域的工具. 這個(gè)命令與awk中使用的print $N命令很相似, 但是更受限. 在腳本中使用cut命令會(huì)比使用awk命令來得容易一些. 最重要的選項(xiàng)就是-d(字段定界符)和-f(域分隔符)選項(xiàng).
六. paste
將多個(gè)文件, 以每個(gè)文件一列的形式合并到一個(gè)文件中, 合并后文件中的每一列就是原來的一個(gè)文件. 與cut結(jié)合使用, 經(jīng)常用于創(chuàng)建系統(tǒng)log文件.
七. join
這個(gè)命令與paste命令屬于同類命令. 但是它能夠完成某些特殊的目地. 這個(gè)強(qiáng)力工具能夠以一種特殊的形式來合并兩個(gè)文件, 這種特殊的形式本質(zhì)上就是一個(gè)關(guān)聯(lián)數(shù)據(jù)庫的簡單版本.
join命令只能夠操作兩個(gè)文件. 它可以將那些具有特定標(biāo)記域(通常是一個(gè)數(shù)字標(biāo)簽)的行合并起來, 并且將結(jié)果輸出到stdout. 被加入的文件應(yīng)該事先根據(jù)標(biāo)記域進(jìn)行排序以便于能夠正確的匹配.
八. head
把文件的頭部內(nèi)容打印到stdout上(默認(rèn)為10行, 可以自己修改). 這個(gè)命令有一些比較有趣的選項(xiàng).
九. tail
將一個(gè)文件結(jié)尾部分的內(nèi)容輸出到stdout中(默認(rèn)為10行). 通常用來跟蹤一個(gè)系統(tǒng)logfile的.修改情況, 如果使用-f選項(xiàng)的話, 這個(gè)命令將會(huì)繼續(xù)顯示添加到文件中的行.
十. wc
wc可以統(tǒng)計(jì)文件或I/O流中的”單詞數(shù)量”:
十一. fold
將輸入按照指定寬度進(jìn)行折行. 這里有一個(gè)非常有用的選項(xiàng)-s, 這個(gè)選項(xiàng)可以使用空格進(jìn)行斷行(譯者: 事實(shí)上只有外文才需要使用空格斷行, 中文是不需要的)(請(qǐng)參考例子 12-23和例子 A-1).
十二. fmt
一個(gè)簡單的文件格式器, 通常用在管道中, 將一個(gè)比較長的文本行輸出進(jìn)行”折行”.
十三. col
這個(gè)命令用來濾除標(biāo)準(zhǔn)輸入的反向換行符號(hào). 這個(gè)工具還可以將空白用等價(jià)的tab來替換. col工具最主要的應(yīng)用還是從特定的文本處理工具中過濾輸出, 比如groff和tbl. (譯者: 主要用來將man頁轉(zhuǎn)化為文本.)
十四. column
列格式化工具. 通過在合適的位置插入tab, 這個(gè)過濾工具會(huì)將列類型的文本轉(zhuǎn)化為”易于打印”的表格式進(jìn)行輸出.
十五. colrm
列刪除過濾器. 這個(gè)工具將會(huì)從文件中刪除指定的列(列中的字符串)并且寫到文件中, 如果指定的列不存在, 那么就回到stdout. colrm 2 4 filename將會(huì)刪除filename文件中每行的第2到第4列之間的所有字符. p="" /filename將會(huì)刪除filename文件中每行的第2到第4列之間的所有字符.
Caution: 如果這個(gè)文件包含tab和不可打印字符, 那將會(huì)引起不可預(yù)期的行為. 在這種情況下, 應(yīng)該通過管道的手段使用expand和unexpand來預(yù)處理colrm.
十六. nl
計(jì)算行號(hào)過濾器. nl filename將會(huì)把filename文件的所有內(nèi)容都輸出到stdout上, 但是會(huì)在每個(gè)非空行的前面加上連續(xù)的行號(hào). 如果沒有filename參數(shù), 那么就操作stdin.
nl命令的輸出與cat -n非常相似, 然而, 默認(rèn)情況下nl不會(huì)列出空行.
十七. pr
格式化打印過濾器. 這個(gè)命令會(huì)將文件(或stdout)分頁, 將它們分成合適的小塊以便于硬拷貝打印或者在屏幕上瀏覽. 使用這個(gè)命令的不同的參數(shù)可以完成好多任務(wù), 比如對(duì)行和列的操作, 加入行, 設(shè)置頁邊, 計(jì)算行號(hào), 添加頁眉, 合并文件等等. pr命令集合了許多命令的功能, 比如nl, paste, fold, column, 和expand.
pr -o 5 –width=65 fileZZZ | more 這個(gè)命令對(duì)fileZZZ進(jìn)行了比較好的分頁, 并且打印到屏幕上. 文件的縮進(jìn)被設(shè)置為5, 總寬度設(shè)置為65.
一個(gè)非常有用的選項(xiàng)-d, 強(qiáng)制隔行打印(與sed -G效果相同).
十八. gettext
GNU gettext包是專門用來將程序的輸出翻譯或者本地化為不同國家語言的工具集. 在最開始的時(shí)候僅僅支持C語言, 現(xiàn)在已經(jīng)支持了相當(dāng)數(shù)量的其它程序語言和腳本語言.
想要查看gettext程序如何在shell腳本中使用. 請(qǐng)參考info頁.
十九. msgfmt
一個(gè)產(chǎn)生二進(jìn)制消息目錄的程序. 這個(gè)命令主要用來本地化.
二十. iconv
一個(gè)可以將文件轉(zhuǎn)化為不同編碼格式(字符集)的工具. 這個(gè)命令主要用來本地化.
二十一. recode
可以認(rèn)為這個(gè)命令是上邊iconv命令的專業(yè)版本. 這個(gè)非常靈活的并可以把整個(gè)文件都轉(zhuǎn)換為不同編碼格式的工具并不是Linux標(biāo)準(zhǔn)安裝的一部分.
二十二. TeX, gs
TeX和Postscript都是文本標(biāo)記語言, 用來對(duì)打印和格式化的視頻顯示進(jìn)行預(yù)拷貝.
TeX是Donald Knuth精心制作的排版系統(tǒng). 通常情況下, 通過編寫腳本的手段來把所有的選項(xiàng)和參數(shù)封裝起來一起傳到標(biāo)記語言中是一件很方便的事情.
在Linux系統(tǒng)里常用于文本查看、操作、統(tǒng)計(jì)的命令:
通過多敲鍵盤,形成手感 肌肉記憶 ,熟練掌握這些命令,在以后生信分析中游刃有余。以下是每個(gè)命令的詳細(xì)的介紹(主要是跟著 生信技能樹小郭老師 學(xué)習(xí)做的筆記)
接下來通過示例把10個(gè)命令的常用參數(shù)和用法展示出來:
參數(shù)的用法介紹:
注意事項(xiàng):
用 cat 命令可以 查看文本 ,也可以 編輯文本 ,編輯文本要加 符號(hào),退出時(shí),另起一行,按 control C 退出
zcat可以查看壓縮的文本文件,tac逆向查看
結(jié)合 管道符| 使用
head / tail -n :查看文件的前 / 后 n 行,默認(rèn) 10 行 (在R語言里head和tail默認(rèn)是前6行)。
less命令用得最多 ,more命令用得比較少
3.1 less命令
less [參數(shù)] 文件名
less命令重要的補(bǔ)充用法1 :
需要注意 退出 :只要使用less命令, 按q鍵
less命令重要的補(bǔ)充用法2 :
參數(shù)用法:
less命令 不加參數(shù) 查看文件:
less命令加 -N參數(shù) 查看文件:顯示行號(hào)
less命令加 -S參數(shù) 查看文件:單行顯示,非常規(guī)整
對(duì)比:less和cat命令顯示文本行號(hào)的用法:less -N,cat -n
3.2 more命令
**more ** 逐頁查看,按空格翻頁,按回車換行 ,more命令一般很少用,熟練掌握less命令就好
查看壓縮文件
wc 統(tǒng)計(jì)字符是也把換行符統(tǒng)計(jì)進(jìn)去,但是別的命令不一定會(huì)把換行符算進(jìn)去,。
常見參數(shù):
切記:用less命令,按q退出
cut命令是按關(guān)鍵詞來切的
常見參數(shù):
排列前:
排列后:
解釋:1和0比,1大;7和0比,7大…在sort字典排序里,100816比1737小,所以100816排在前面。
命令行查看一個(gè)表格結(jié)構(gòu)時(shí),因?yàn)橹票矸麑?duì)齊的原因,出現(xiàn)一個(gè)錯(cuò)位的現(xiàn)象。還有 字典排序 可能和我們平時(shí)的認(rèn)知不一樣,所以 加上-n參數(shù) , 讓數(shù)值有數(shù)學(xué)意義上的大小來排序 。
uniq命令去重,只有兩行出現(xiàn)重復(fù),而且是相鄰的兩行,如果不相鄰,即使出現(xiàn)兩行一模一樣,不會(huì)去重。
uniq命令通常和sort命令搭配使用
換其它文件試試
總之,uniq命令使用時(shí)經(jīng)常和sort一起
常見參數(shù):
常見用法1:
paste file1 file2
-s :按行合并 演示
常見用法2 : paste - -
常見參數(shù):
要養(yǎng)成一個(gè)好習(xí)慣,原始數(shù)據(jù)不要輕易修改,修改的東西另外保存,文本保存用 (重定向)或是 (追加)
1. 用 less 查看 example.gtf ,然后管道符傳遞給 wc
2. 截取 example.gtf 第 9 列的內(nèi)容
3. 在第2步的基礎(chǔ)上截取分號(hào)分割的第1列
4. 在第3步的基礎(chǔ)上排序、去重復(fù)并統(tǒng)計(jì)
5. 在第4步的基礎(chǔ)上,將空格替換成制表符
補(bǔ)充小知識(shí) :
清屏 :control L
查看歷史(輸入過的)命令 :history
常用的7個(gè)Linux文件內(nèi)容查看命令:
1.cat由第一行開始顯示文件內(nèi)容
用法:
cat-A 相當(dāng)于-vET的整合選項(xiàng),可列出一些特殊字符而不是空白;
cat-b 列出行號(hào),僅針對(duì)非空白行做行號(hào)顯示,空白行不標(biāo)行號(hào);
cat-E 將結(jié)尾的斷行字節(jié)$顯示出來;
cat-n 列印出行號(hào),連同空白行也會(huì)有行號(hào),與-b的選項(xiàng)不同;
cat-T 將[tab]按鍵以^I顯示出來;
cat-v 列出一些看不出來的特殊字符;
2.tac 由最后一行開始顯示文件內(nèi)容
tac-b 在行前而非行尾添加分隔標(biāo)志;
tac-r 將分隔標(biāo)志視作正則表達(dá)式來解析;
tac-s 使用指定字符串代替換行作為分隔標(biāo)志;
3.nl 顯示行號(hào)
nl-b a 無論是否為空行,均列出行號(hào);
nl-b t 空行不列出行號(hào);
nl-n ln 行號(hào)在熒幕的最左方顯示;
nl-n rn 行號(hào)在自己欄位的最右方顯示,且不加0;
nl-n rz 行號(hào)在自己欄位的最右方顯示,且加0;
nl-w 行號(hào)欄位的占用的位數(shù);
4.more 一頁一頁的顯示文件內(nèi)容
在more程序運(yùn)行過程中,可以按以下鍵:
空白鍵(space):代表向下翻一頁;
Enter:代表向下翻『一行』;
/字串:代表在這個(gè)顯示的內(nèi)容當(dāng)中,向下搜尋『字串』這個(gè)關(guān)鍵字;
:f:立刻顯示出檔名以及目前顯示的行數(shù);
q:代表立刻離開more,不再顯示該文件內(nèi)容。
b或[ctrl]-b:代表往回翻頁,不過這動(dòng)作只對(duì)文件有用,對(duì)管線無用。
5.less與more類似,但是比more更好的是,他可以往前翻頁
less運(yùn)行時(shí)可以輸入的命令有:
空白鍵:向下翻動(dòng)一頁;
[pagedown]:向下翻動(dòng)一頁;
[pageup]:向上翻動(dòng)一頁;
/字串:向下搜尋『字串』的功能;
?字串:向上搜尋『字串』的功能;
n:重復(fù)前一個(gè)搜尋(與/或?有關(guān)!);
N:反向的重復(fù)前一個(gè)搜尋(與/或?有關(guān)!);
q:離開less這個(gè)程序;
6.head 顯示前幾行
語法:
head-n 后面接數(shù)字,代表顯示行數(shù);
7.tail 顯示后幾行
tail-n 后面接數(shù)字,代表顯示行數(shù);
tail-f 表示持續(xù)偵測后面所接的檔名,要等到按下[ctrl]-c才會(huì)結(jié)束tail的偵測;
標(biāo)題名稱:linux讀取文本的命令,linux文件讀寫操作
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