R語(yǔ)言GEO數(shù)據(jù)挖掘:步驟四:富集分析KEGG,GO

3 GO富集分析 加載了注釋庫(kù)之后，讀取基因列表文件，并使用clusterProfiler的內(nèi)部函數(shù)enrichGO()即可完成GO富集分析。讀取基因列表文件，并使用clusterProfiler的內(nèi)部函數(shù)enrichKEGG()即可完成KEGG富集分析。

創(chuàng)新互聯(lián)服務(wù)項(xiàng)目包括興城網(wǎng)站建設(shè)、興城網(wǎng)站制作、興城網(wǎng)頁(yè)制作以及興城網(wǎng)絡(luò)營(yíng)銷策劃等。多年來(lái)，我們專注于互聯(lián)網(wǎng)行業(yè)，利用自身積累的技術(shù)優(yōu)勢(shì)、行業(yè)經(jīng)驗(yàn)、深度合作伙伴關(guān)系等，向廣大中小型企業(yè)、政府機(jī)構(gòu)等提供互聯(lián)網(wǎng)行業(yè)的解決方案，興城網(wǎng)站推廣取得了明顯的社會(huì)效益與經(jīng)濟(jì)效益。目前，我們服務(wù)的客戶以成都為中心已經(jīng)輻射到興城省份的部分城市，未來(lái)相信會(huì)繼續(xù)擴(kuò)大服務(wù)區(qū)域并繼續(xù)獲得客戶的支持與信任！

前景基因：指的是我們所要進(jìn)行富集的基因，一般是基因的ID 背景基因：指的是前景基因在某個(gè)基因集合進(jìn)行富集，這個(gè)基因集合就是背景基因 描述信息：每個(gè)GO的Term的屬性，或者是每個(gè)KO號(hào)或者map號(hào)的屬性。

把他設(shè)置成100，讓我們的標(biāo)簽可以一行展示。是不是還是原來(lái)的配方，還是熟悉的味道 同樣的柱形圖，我們也能讓他恢復(fù)原來(lái)的容貌。

scale_y_discrete則調(diào)節(jié)label過(guò)長(zhǎng)的情況，讓圖片看起來(lái) 更美觀。3)檢查結(jié)果，可見(jiàn)geneID展示為gene symbol。（1）在enrichGO函數(shù)中，設(shè)置readable = TRUE；(2)用setReadable函數(shù)，對(duì)GO或者KEGG結(jié)果進(jìn)行轉(zhuǎn)化即可。

例如，討論這些差異基因主要映射到哪些GO或KEGG分類條目中，以說(shuō)明基因表達(dá)的改變會(huì)導(dǎo)致哪些調(diào)控途徑原有功能失調(diào)，進(jìn)而與表型聯(lián)系起來(lái)。通常稱這種分析為GO、KEGG富集分析。

單細(xì)胞富集分析我最常用的是 分組GSVA ，但最近用到了GO分析，就復(fù)習(xí)一下GO和KEGG富集分析及繪圖。載入無(wú)比熟悉的pbmc.3k數(shù)據(jù)集 (已注釋好，數(shù)據(jù)準(zhǔn)備見(jiàn) monocle )pbmc3k數(shù)據(jù)集只有1個(gè)樣本，沒(méi)辦法區(qū)分HC和病例組。

R語(yǔ)言可視化及作圖7--ggplot2之標(biāo)簽、圖例和標(biāo)題繪制

1、R 有幾種用于制作圖形的系統(tǒng)，但 ggplot2 是最優(yōu)雅和最通用的系統(tǒng)之一。與大多數(shù)其他圖形包不同，ggplot2 具有基于圖形語(yǔ)法的底層語(yǔ)法，它允許您通過(guò)組合獨(dú)立組件來(lái)組合圖形。

2、ggplot2是R語(yǔ)言第三方可視化擴(kuò)展包，在某種程度上它基本代替了R可視化。該包是RStudio首席科學(xué)家Hadley Wickham讀博期間的作品，它強(qiáng)大的畫(huà)圖邏輯使得它稱為R最流行的包之一。更多知識(shí)分享請(qǐng)到 https：//zouhua.top/ 。

3、geom_smooth函數(shù)：繪制擬合曲線 methods還有其他的方法，如glm：廣義線性模型；losses：純粹平滑；gam：廣義加性模型等等（lm和glm最常用）geom_hline繪制水平線，geom_vline繪制垂直線。

4、內(nèi)容包括如何利用ggplot2繪制散點(diǎn)圖、線圖、柱狀圖、添加注解、修改坐標(biāo)軸和圖例等。

5、本文介紹ggplot2包的geom_line()函數(shù)繪制折線圖。繪制方法是首先調(diào)用ggplot()函數(shù)選定數(shù)據(jù)集，并在aes參數(shù)中指明橫軸縱軸。然后調(diào)用條形圖函數(shù)geom_line()函數(shù)繪制出基本折線圖。

GO分析柱狀分類圖怎么做

1、首先打開(kāi)origin圖，可以看到一個(gè)表格，分別寫(xiě)上標(biāo)題、單位、注釋和作圖的數(shù)據(jù)。可以直接在origin表格中輸入數(shù)據(jù)或者通過(guò)excel表格粘貼到表格中。直接選中X、Y軸要作圖的數(shù)據(jù)。

2、excel做柱狀圖方法：打開(kāi)excel，選取所需要的內(nèi)容。選擇所需要的柱形圖點(diǎn)擊插入，下拉柱形圖標(biāo)，選擇所需要的柱形圖。更改顏色選擇數(shù)據(jù)調(diào)整，選擇更改顏色選擇數(shù)據(jù)調(diào)整等即可。

3、如果確定數(shù)據(jù)不用修改，將Excel中表格關(guān)閉。如果需要在圖上標(biāo)出具體數(shù)字，點(diǎn)“布局”→“數(shù)據(jù)標(biāo)簽”→選具體形式。如果需要修飾，點(diǎn)“格式”，在形狀填充、形狀輪廓、形狀效果中進(jìn)行。最后別忘記保存。

名稱欄目：r語(yǔ)言go分類圖 r語(yǔ)言分類畫(huà)圖
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