GSEA基因富集分析R語(yǔ)言版

1、GSEA分析可以將那些GO/KEGG富集分信息中容易遺漏掉的差異表達(dá)不顯著卻有著重要生物學(xué)意義的基因包含在內(nèi)。另外，對(duì)于時(shí)間序列數(shù)據(jù)或樣品有定量屬性時(shí)，GSEA的優(yōu)勢(shì)會(huì)更明顯，不需要每個(gè)分組分別進(jìn)行富集，直接對(duì)整體進(jìn)行處理。

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2、簡(jiǎn)單解釋一下，黑色線是基因，峰表示富集分?jǐn)?shù)。正的為高表達(dá)，負(fù)的為低表達(dá)。仍然發(fā)現(xiàn)有一個(gè)問題，就是圖片太丑了，恐怕放到文章里不是很合適。 這樣，還得想辦法用R語(yǔ)言解決一下，下次看如果解決了分享出來。

3、GSEA（Gene Set Enrichment Analysis）基因集合富集分析是一種計(jì)算方法，能夠判定一個(gè)預(yù)先定義的基因集合（比如一個(gè)GO term或者一條通路）在兩種生物學(xué)狀態(tài)間是否呈現(xiàn)統(tǒng)計(jì)學(xué)上的顯著的一致的差別。

4、實(shí)際操作一般是取KEGG， REACTOME， GO等信號(hào)通路去檢驗(yàn)。在示意圖中基因集S大部分集中在基因列表頭部，所以現(xiàn)在這個(gè)基因集富集在A組。 基因排序列表有多種方法，像GSEA默認(rèn)是S2N(Signal-to-Noise Ratio)。

5、富集分析工具有GO、KEGG、Reactome、GSEA和GSVA等，其中GSEA和GSVA是單細(xì)胞文章中常見的富集分析工具。 單細(xì)胞富集分析常用方法 GSEA GSEA富集分析使用的不是差異基因而是全部基因，更容易發(fā)現(xiàn)細(xì)微變化對(duì)生物通路的影響。

相位富集分析用什么圖

--- 富集分析結(jié)果：一共四列，第一列為富集分析term名稱，第一列為這個(gè)term包含的基因個(gè)數(shù)，第三列為P值或FDR，第四列為term中包含的基因列表，基因與基因之間一“/”隔開，如下圖所示。

富集分析結(jié)果的可視化無非就是柱狀圖和氣泡圖，但是公司默認(rèn)出圖實(shí)在是太丑，所以還是自己動(dòng)手修改修改。常規(guī)柱狀圖（ggplot2）橫軸為gene counts，或者用-logP也行，填充相應(yīng)的用P值或者gene counts。

散點(diǎn)圖是 KEGG 富集分析結(jié)果的圖形化展示方式。在此圖中，KEGG 富集程度通過 rich factor， qvalue 和富集到此通路上的基因個(gè)數(shù)來衡量。

Function），生物過程 （biological process）和細(xì)胞組成（cellular component ）三個(gè)部分。蛋白質(zhì)或者基因可以通過ID對(duì)應(yīng)或者序列注釋的方法找到與之對(duì)應(yīng)的GO號(hào)，而GO號(hào)可對(duì)于到Term，即功能類別或者細(xì)胞定位。

【R語(yǔ)言作圖】富集分析結(jié)果直方圖

1、最近小Q在做自然選擇分析，分析完之后簡(jiǎn)單粗暴的對(duì)候選基因做了富集分析，并做了展示，比起氣泡圖，我模仿了另一種作圖方式，顯示效果更佳。所以想在此分享一下如何用R語(yǔ)言畫富集分析示意圖（非氣泡圖）。

2、R語(yǔ)言繪圖系列：標(biāo)度控制著數(shù)據(jù)到圖形屬性的映射，標(biāo)度將我們的數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)化為視覺上可以感知的東西，比如大小、位置、顏色、形狀等。標(biāo)度也為我們提供了讀圖時(shí)所使用的工具，比如說坐標(biāo)軸和圖例。總的來說，可以稱為引導(dǎo)元素。

3、利用R包rworldmap & rworldxtra來作圖。已有的map數(shù)據(jù)中一個(gè)國(guó)家對(duì)應(yīng)一個(gè)坐標(biāo)，一個(gè)國(guó)家邊界，利用這些已有數(shù)據(jù)+用戶數(shù)據(jù)構(gòu)建新的畫圖數(shù)據(jù)（其他新添加的圖均是如此）。

4、步驟 新建一個(gè)空白的project，然后導(dǎo)入數(shù)據(jù)，可以粘貼復(fù)制，也可以用導(dǎo)入數(shù)據(jù)。請(qǐng)點(diǎn)擊輸入圖片描述 選中數(shù)據(jù)--點(diǎn) Plot Column/Bar/PieColumn，軟件就會(huì)自動(dòng)計(jì)算生成直方統(tǒng)計(jì)圖。

5、eg：ggplot(TZP_new，aes(x=Cell_type，y=Percentage，fill=Cell_type))+geom_bar(stat=identity)+coord_flip()+guides(fill= F)其中，corrd_flip()選項(xiàng)即為把圖像橫向的參數(shù)。guides為調(diào)節(jié)圖例隱藏的參數(shù)。

6、可以的。如果是直方圖使用hist函數(shù)，柱狀圖barplot。

文章題目：r語(yǔ)言做go富集圖 r語(yǔ)言做go和kegg富集分析圖
轉(zhuǎn)載來于：http://chinadenli.net/article13/deohdds.html

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