學(xué)生信的那些事兒之七 - Linux基礎(chǔ)之Shell腳本編程

沿著前面的軌跡，接下來是Linux中shell腳本的學(xué)習(xí)。這對于生信工程師后續(xù)處理大量 (海量更合適些) 數(shù)據(jù)是非常非常重要的，但是同樣的，作為一個有點(diǎn)古板的人，對于"腳本"是什么意思我都死磕了好久。主要覺得有些抽象，尤其是跟生信的同事討論項目分析部分的問題時，他們經(jīng)常會說道這個詞，在他們意識里這是個不言自明的術(shù)語，殊不知對外行人而言 (比如我)，那簡直就是無情的"知識的詛咒"。經(jīng)常是我假裝聽懂了，然后繼續(xù)討論下面的問題，形成一個模糊的印象。

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百度上的解釋是：腳本（Script）是一種批處理文件的延伸，是一種純文本保存的程序，一般來說的計算機(jī)腳本程序是確定的一系列控制計算機(jī)進(jìn)行運(yùn)算操作動作的組合，在其中可以實現(xiàn)一定的邏輯分支等。不知道你能不能看懂，反正我開始的時候真是一知半解。

鳥哥私房菜的解釋是：shell script是利用 shell 的功能所寫的一個"程序"，這個程序是使用純文本文件，將一些shell的語法與命令(含外部命令)寫在里面，搭配正則表達(dá)式、管道命令與數(shù)據(jù)流重定向等功能，以達(dá)到我們所想要的處理的目的。不明覺厲，好像更看不懂了···

Jude 的簡單粗暴大白話解釋是：腳本就是Linux中很多命令按照一定規(guī)則的組合，以實現(xiàn)某個特定的功能。Linux中有很多簡單的命令，往往只是進(jìn)行了簡單的對話，比如 cd 就是進(jìn)入到某個目錄，簡單直接。但是如果我想進(jìn)入某個目錄A，然后在目錄A中創(chuàng)建目錄B，再在目錄B中創(chuàng)建文本C呢？當(dāng)然可以一步一步操作，如果想要一步到位呢，那就可以用腳本，把三個命令寫在一起，一起執(zhí)行。好像有點(diǎn)啰嗦···

或者從英語的角度去理解，腳本的對應(yīng)英文是Script，而這個單詞的中文釋義中還有劇本的意思。劇本就好理解了啊，劇本就是導(dǎo)演(生信工程師)基于某個主旨(要實現(xiàn)的目標(biāo))按照一定的手法(規(guī)則)所寫的一個故事。不管是哪個演員，都得按照劇本演。所以，學(xué)好英語對于生信也是有幫助的~

按照腳本的復(fù)雜程度可以分為：

這個無需多說，其實就是若干個簡單命令的順序排列，執(zhí)行腳本后會按照命令的前后關(guān)系從前往后一一執(zhí)行。

相對于簡單的基本腳本，結(jié)構(gòu)化的命令腳本可以施加邏輯流程控制，從而改變程序(命令)執(zhí)行的順序。基本腳本中的命令就是從上往下執(zhí)行，但是結(jié)構(gòu)化的命令腳本可以根據(jù)邏輯判斷重復(fù)或者跳過某些命令。

常用的結(jié)構(gòu)化命令(語句)有：

后面還有什么嵌套循環(huán)啊啥的，不過我覺得上面的7中命令學(xué)到家了，應(yīng)該可以應(yīng)付大部分在生信分析里面的應(yīng)用了。

記得高中的時候，物理老師(也是班主任)在給我們講解習(xí)題時有個有意思的套路：不管什么難題現(xiàn)在下面寫個"答："，以示自己解決問題的決心，也是一種正向的心理暗示。腳本編寫也是有套路的，不過總的來說還是比較簡單。

對于簡單的腳本(超級簡單的那種)，直接幾個命令連在一起即可，中間用"；"隔開。

對于更長更復(fù)雜的腳本，一般需要創(chuàng)建一個文本，并在里面編輯。這就涉及到了文本編輯器，比較常用和簡單的一般有nano和vim，實在很簡單，規(guī)則也容易理解，教程隨手可得，不多說。

比如用vim創(chuàng)建了一個腳本之后，具體的語法(套路)：

ok，腳本寫完了，怎么讓腳本開始工作呢？這有涉及到之前講過的環(huán)境變量和相對路徑、絕對路徑了。方法有三：

就這么多吧，應(yīng)該有點(diǎn)感覺到了，剩下的就是狂練狂練了~

linux之文本內(nèi)容替換命令sed

sed簡介：流編輯工具，用來對文本進(jìn)行過濾與替換操作。

sed流程：sed通過一次僅讀取一行內(nèi)容來對某些指令進(jìn)行處理后輸出。

1、sed通過文件或管道讀取文件內(nèi)容，但sed默認(rèn)并不直接修改源文件，而是將讀入的內(nèi)容復(fù)制到緩沖區(qū)中，稱之為模式空間。

2、所有的指令操作都是在模式空間找那個進(jìn)行

3、sed根據(jù)相應(yīng)的指令對模式空間中的內(nèi)容進(jìn)行處理并輸出結(jié)果，默認(rèn)輸出至標(biāo)準(zhǔn)輸出（即屏幕上）。

sed基本語法格式：

用法：sed[選項]...{腳本指令}[輸入文件]...

選項： -version 顯示sed版本

-help ：顯示幫助文檔

-n,-quiet,-silent靜默輸出，默認(rèn)情況下，sed程序在所有的腳本指令執(zhí)行完畢后，將自動打印模式空間中的內(nèi)容。

-e script允許多個腳本指令被執(zhí)行

-f script-file從文件中讀取腳本指令，對編寫自動化腳本程序很實用

-i ,-in-place 該選項直接修改源文件

-l N 該選項指定l指令可以輸出的行長度，l指令為輸出非打印字符。

-posix 禁用GNU sed擴(kuò)展功能。

-r 在腳本指令中使用擴(kuò)展正則表達(dá)式。

-s，-separate 默認(rèn)情況下，sed將把輸入的多個文件名作為一個長的連續(xù)的輸入流。而GNU sed則允許把它們當(dāng)作單獨(dú)的文件。

-u，-unbuffered 最低限度的緩存輸入與輸出

a，append表示追加指令；

i，insert表示插入指令；

d，delete表示刪除指令；

s，substitution表示替換指令。

sed腳本指令的基本格式是：

[地址,即路徑]命令（有些命令僅可以對一行操作，有些可以對多行操作），命令也可以用花括號進(jìn)行組合，使命令序列可以作用于同一個地址。

address{

command1

command2

command3

}

sed的基本工作方式是：

sed的替換命令s：

1、全局替換 ： s/old/new/g ，其中g(shù)為全局替換，用于替換所有出現(xiàn)的次數(shù)； /如果和正則匹配的內(nèi)容沖突可以使用其他符號，如 ： s@old@new@g

2、標(biāo)志位

為什么要有多行模式: 配置文件一般有單行出現(xiàn)，但也有使用json或XML格式的配置文件，為多行出現(xiàn)。

多行模式處理命令N、D、P

linux shell腳本執(zhí)行命令詳解

在Linux下，如果你需要執(zhí)行shell腳本，那么應(yīng)該使用那個命令呢?下面由我為大家整理了linux shell腳本執(zhí)行命令的相關(guān)知識，希望對大家有幫助!

linux shell腳本執(zhí)行

linux shell腳本執(zhí)行方法一： 切換到shell腳本所在的目錄(此時，稱為工作目錄)執(zhí)行shell腳本：

cd /data/shell

./hello.sh

./的意思是說在當(dāng)前的工作目錄下執(zhí)行hello.sh。如果不加上./，bash可能會響應(yīng)找到不到hello.sh的錯誤信息。因為目前的工作目錄(/data/shell)可能不在執(zhí)行程序默認(rèn)的搜索路徑之列,也就是說，不在環(huán)境變量PASH的內(nèi)容之中。查看PATH的內(nèi)容可用 echo $PASH 命令。現(xiàn)在的/data/shell就不在環(huán)境變量PASH中的，所以必須加上./才可執(zhí)行。

linux shell腳本執(zhí)行方法二： 以絕對路徑的方式去執(zhí)行bash shell腳本：

/data/shell/hello.sh

　 　linux shell腳本執(zhí)行方法三： 直接使用bash 或sh 來執(zhí)行bash shell腳本：

cd /data/shell

bash hello.sh

或

cd /data/shell

sh hello.sh

注意，若是以方法三的方式來執(zhí)行，那么，可以不必事先設(shè)定shell的執(zhí)行權(quán)限，甚至都不用寫shell文件中的第一行(指定bash路徑)。因為方法三是將hello.sh作為參數(shù)傳給sh(bash)命令來執(zhí)行的。這時不是hello.sh自己來執(zhí)行，而是被人家調(diào)用執(zhí)行，所以不要執(zhí)行權(quán)限。那么不用指定bash路徑自然也好理解了啊。

linux shell腳本執(zhí)行方法四： 在當(dāng)前的shell環(huán)境中執(zhí)行bash shell腳本：

cd /data/shell

. hello.sh

或

cd /data/shell

source hello.sh

前三種方法執(zhí)行shell腳本時都是在當(dāng)前shell(稱為父shell)開啟一個子shell環(huán)境，此shell腳本就在這個子shell環(huán)境中執(zhí)行。shell腳本執(zhí)行完后子shell環(huán)境隨即關(guān)閉，然后又回到父shell中。而方法四則是在當(dāng)前shell中執(zhí)行的。

當(dāng)前標(biāo)題：linux改腳本命令,linux自定義命令執(zhí)行腳本
分享地址：http://chinadenli.net/article12/hchddc.html

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