安裝準(zhǔn)備

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1. cmake2.8.8 or later

2. C,C++

 3.gromacs包

http://www.gromacs.org/Downloads

安裝步驟

1. tar xfz gromacs.tar.gz

2. cd gromacs

3. mkdir build

4. cmake ../

   -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/opt/software/gromacs 指定安裝目錄

   -DGMX_BINARY_SUFFIX=_5.0.7_s 指定執(zhí)行文件后綴 默認(rèn)為gmx（串行單精度），gmx_mpi（并行單精度），gmx_mpi_d(并行雙精度)

   -DGMX_LIBS_SUFFIX=_5.0.7_s      庫(kù)文件后綴

   -DGMX_MPI=ON                            使用mpich編譯器build

   -DGMX_OPENMP=ON                    使用openmpi編譯器build

   -DGMX_SIMD=None                 specify the level of SIMD support of the node on
      which mdrun will run

   -DGMX_X11=ON

   -DGMX_DEFAULT_SUFFIX=OFF     關(guān)掉默認(rèn)后綴

   -DCMAKE_CXX_COMPILER=icpc     指定C++編譯器

   -DCMAKE_C_COMPILER=icc           指定C編譯器

   -DBUILD_SHARED_LIBS=ON            構(gòu)建共享庫(kù)

   -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON        -DGMX_BUILD_OWN_FFTW_MD5=2edab8c06b24feeb3b82bbb3ebf3e7b3 -DGMX_BUILD_OWN_FFTW_URL=/backup/fftw-3.3.4.tar.gz -DGMX_GPU=OFF -DGMX_DOUBLE=ON    打開(kāi)雙精度默認(rèn)單精度

   CUDA版需加參數(shù)

   -DGMX_GPU=ON -DGMX_TOOLKIT_ROOT_DIR=/usr/local/cuda

   2>&1 | tee cmake.log

5. make && makeinstall

 gromacs4.6.7及之前版本執(zhí)行文件有100多個(gè)，在gromacs5.0到5.0.7之間應(yīng)該是想逐步對(duì)執(zhí)行命令進(jìn)行集成，所有的命令都作為gmx命令的軟鏈接出現(xiàn)，在5.1版本之后就只有g(shù)mx一個(gè)命令了

 cpu版測(cè)試命令

 source /opt/software/gromacs-XXX/bin/GMXRC.bash  ###環(huán)境變量

 mpirun -np 4 gmx_XXX_s mdrun -s md.tpr -ntomp 1

 cuda版測(cè)試命令待更新

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