單純的.gz文件解壓,這種文件不可以使用tar命令解壓,需要用gunzip解壓,使用命令gzip
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解壓:gzip -b pythontab.gz
但是注意:gzip貌似不能夠設(shè)置解壓到指定目錄,只能解壓到當(dāng)前目錄。
解壓單純的.gz文件方法二:
使用zcat命令,然后把標(biāo)準(zhǔn)輸出?保存到文件即可。
例如:
zcat ?pythontab.gz pythontab.py
當(dāng)然這個(gè)解決了解壓到指定目錄的需求。
zcat ?pythontab.gz /home/test/aa/pythontab.py
以上就是linux下.tar.gz和.gz文件解壓
用zcat命令和bzcat命令來讀取壓縮包內(nèi)容。
如果后綴名為.gz的
就用zcat
如果后綴名為.bz2的,就用bzcat
在Linux系統(tǒng)里常用于文本查看、操作、統(tǒng)計(jì)的命令:
通過多敲鍵盤,形成手感 肌肉記憶 ,熟練掌握這些命令,在以后生信分析中游刃有余。以下是每個(gè)命令的詳細(xì)的介紹(主要是跟著 生信技能樹小郭老師 學(xué)習(xí)做的筆記)
接下來通過示例把10個(gè)命令的常用參數(shù)和用法展示出來:
參數(shù)的用法介紹:
注意事項(xiàng):
用 cat 命令可以 查看文本 ,也可以 編輯文本 ,編輯文本要加 符號,退出時(shí),另起一行,按 control C 退出
zcat可以查看壓縮的文本文件,tac逆向查看
結(jié)合 管道符| 使用
head / tail -n :查看文件的前 / 后 n 行,默認(rèn) 10 行 (在R語言里head和tail默認(rèn)是前6行)。
less命令用得最多 ,more命令用得比較少
3.1 less命令
less [參數(shù)] 文件名
less命令重要的補(bǔ)充用法1 :
需要注意 退出 :只要使用less命令, 按q鍵
less命令重要的補(bǔ)充用法2 :
參數(shù)用法:
less命令 不加參數(shù) 查看文件:
less命令加 -N參數(shù) 查看文件:顯示行號
less命令加 -S參數(shù) 查看文件:單行顯示,非常規(guī)整
對比:less和cat命令顯示文本行號的用法:less -N,cat -n
3.2 more命令
**more ** 逐頁查看,按空格翻頁,按回車換行 ,more命令一般很少用,熟練掌握less命令就好
查看壓縮文件
wc 統(tǒng)計(jì)字符是也把換行符統(tǒng)計(jì)進(jìn)去,但是別的命令不一定會把換行符算進(jìn)去,。
常見參數(shù):
切記:用less命令,按q退出
cut命令是按關(guān)鍵詞來切的
常見參數(shù):
排列前:
排列后:
解釋:1和0比,1大;7和0比,7大…在sort字典排序里,100816比1737小,所以100816排在前面。
命令行查看一個(gè)表格結(jié)構(gòu)時(shí),因?yàn)橹票矸麑R的原因,出現(xiàn)一個(gè)錯(cuò)位的現(xiàn)象。還有 字典排序 可能和我們平時(shí)的認(rèn)知不一樣,所以 加上-n參數(shù) , 讓數(shù)值有數(shù)學(xué)意義上的大小來排序 。
uniq命令去重,只有兩行出現(xiàn)重復(fù),而且是相鄰的兩行,如果不相鄰,即使出現(xiàn)兩行一模一樣,不會去重。
uniq命令通常和sort命令搭配使用
換其它文件試試
總之,uniq命令使用時(shí)經(jīng)常和sort一起
常見參數(shù):
常見用法1:
paste file1 file2
-s :按行合并 演示
常見用法2 : paste - -
常見參數(shù):
要養(yǎng)成一個(gè)好習(xí)慣,原始數(shù)據(jù)不要輕易修改,修改的東西另外保存,文本保存用 (重定向)或是 (追加)
1. 用 less 查看 example.gtf ,然后管道符傳遞給 wc
2. 截取 example.gtf 第 9 列的內(nèi)容
3. 在第2步的基礎(chǔ)上截取分號分割的第1列
4. 在第3步的基礎(chǔ)上排序、去重復(fù)并統(tǒng)計(jì)
5. 在第4步的基礎(chǔ)上,將空格替換成制表符
補(bǔ)充小知識 :
清屏 :control L
查看歷史(輸入過的)命令 :history
cat是用于查看普通文件的。zcat 是用于查看壓縮的文件?單個(gè)磁盤的容量現(xiàn)在已經(jīng)超過了 1TB,但是大型數(shù)據(jù)文件、日志文件、圖像以及電影等媒體文件很快就把磁盤裝滿了。為了節(jié)省空間,可以把許多文件壓縮到原大小的幾分之一。例如,Apache 日志文件(是簡單的文本)可以壓縮到原大小的十分之一。?盡管壓縮可以節(jié)省磁盤空間,但是也會增加工作量。例如,如果需要分析壓縮的 Apache 日志文件,就必須解壓它,處理數(shù)據(jù),然后重新壓縮它。如果有大量日志文件(如果保留分析趨勢所需的記錄,這種情況很常見),那么開銷會非常大。?幸運(yùn)的是,gzip 套件包含許多可以 “在原地” 處理壓縮文件的實(shí)用程序。zcat、zgrep、zless、zdiff 等實(shí)用程序的作用分別與 cat、grep、less 和 diff 相同,但是它們操作壓縮的文件。想了解更多Linux命令,另外你是感興趣的話可以看下劉遄老師寫的《Linux就該這么學(xué)》作為入門的書籍,覺得不錯(cuò)的話采納下哦~
標(biāo)題名稱:包含Linux的zcat命令的詞條
網(wǎng)頁路徑:http://chinadenli.net/article12/dodeigc.html
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