R語言可視化及作圖7--ggplot2之標簽、圖例和標題繪制

R語言繪圖系列：

成都創(chuàng)新互聯(lián)是一家集網(wǎng)站建設(shè),玉溪企業(yè)網(wǎng)站建設(shè),玉溪品牌網(wǎng)站建設(shè),網(wǎng)站定制,玉溪網(wǎng)站建設(shè)報價,網(wǎng)絡(luò)營銷,網(wǎng)絡(luò)優(yōu)化,玉溪網(wǎng)站推廣為一體的創(chuàng)新建站企業(yè)，幫助傳統(tǒng)企業(yè)提升企業(yè)形象加強企業(yè)競爭力。可充分滿足這一群體相比中小企業(yè)更為豐富、高端、多元的互聯(lián)網(wǎng)需求。同時我們時刻保持專業(yè)、時尚、前沿，時刻以成就客戶成長自我，堅持不斷學(xué)習(xí)、思考、沉淀、凈化自己，讓我們?yōu)楦嗟钠髽I(yè)打造出實用型網(wǎng)站。

使用geom_label繪制標簽散點圖

繪制點，并通過nudge參數(shù)對標簽進行x軸和y軸上的平移

使用angle參數(shù)對標簽角度進行設(shè)置

geom_label可以使用fill對顏色進行填充,fontface設(shè)置字體，geom_text不能填充顏色

parse參數(shù)意思是前面?zhèn)魅氲氖且粋€數(shù)學(xué)表達式，size定義標簽相對大小。

畫一個散點圖

annotate函數(shù)傳入標簽

添加矩形

添加短線段

2.1 guide_legend函數(shù)（主要參數(shù)：color, shape, size）

圖例調(diào)整函數(shù)也屬于標度函數(shù)的一類，但不可以直接使用加號來連接，必須放在函數(shù)中，作為一個參數(shù)。

guide_colorbar和guide_legend設(shè)置的是不同的圖例，guide_colorbar定義色條圖例，guide_legend定義普通圖例。

2.2 標度函數(shù)scale

對于連續(xù)型變量，使用的參數(shù)是scale_xxx_continous()，對于分類型變量，使用的是scale_xxx_discrete()。

2.3：theme函數(shù)

在theme函數(shù)中，與圖例有關(guān)的主要參數(shù)有：

標題主要有五種：主標題，副標題，角注，x軸標簽和y軸標簽

ggtitle()只能定義標題和副標題，默認的位置在左上角。

[R語言] GO富集分析可視化 GOplot::GOCircle

查看GOplot內(nèi)示例數(shù)據(jù)的格式，對自己的數(shù)據(jù)做處理

觀察結(jié)論：

觀察自己的兩個數(shù)據(jù)表：

table.legend 設(shè)置為T時會顯示表格

本圖中表格和圖例是出圖后剪切拼合而成，沒有用R中的拼圖包

【R語言】解決GO富集分析繪圖，標簽重疊問題

前面我給大家詳細介紹過

?GO簡介及GO富集結(jié)果解讀

?四種GO富集柱形圖、氣泡圖解讀

?GO富集分析四種風(fēng)格展示結(jié)果—柱形圖，氣泡圖

?KEGG富集分析—柱形圖，氣泡圖，通路圖

? DAVID GO和KEGG富集分析及結(jié)果可視化

也用視頻給大家介紹過

? GO和KEGG富集分析視頻講解

最近有粉絲反映說，利用clusterProfiler這個包繪制GO富集分析氣泡圖和柱形圖的時候，發(fā)現(xiàn)GO條目的名字都重疊在一起了。

氣泡圖

柱形圖

這個圖別說美觀了，簡直不忍直視。經(jīng)過我的認真研究，發(fā)現(xiàn)跟R版本有關(guān)。前面我給大家展示的基本都是R 3.6.3做出來的圖。很多粉絲可能用的都是最新版本的R 4.1.2。

我們知道R的版本在不停的更新，相應(yīng)的R包也在不停的更新。我把繪制氣泡圖和柱形圖相關(guān)的函數(shù)拿出來認真的研究了一下，終于發(fā)現(xiàn)的癥結(jié)所在。

dotplot這個函數(shù)，多了個 label_format 參數(shù)

我們來看看這個參數(shù)究竟是干什么用的，看看參數(shù)說明

label_format :

a numeric value sets wrap length, alternatively a custom function to format axis labels. by default wraps names longer that 30 characters

原來這個參數(shù)默認值是30，當標簽的長度大于30個字符就會被折疊，用多行來展示。既然問題找到了，我們就來調(diào)節(jié)一下這個參數(shù)，把他設(shè)置成100，讓我們的標簽可以一行展示。

是不是還是原來的配方，還是熟悉的味道

同樣的柱形圖，我們也能讓他恢復(fù)原來的容貌。

關(guān)于如何使用R做GO和KEGG富集分析，可參考下文

GO和KEGG富集分析視頻講解

R語言可視化及作圖6--ggplot2之點圖、條形圖、盒形圖、直方圖、線圖

R語言繪圖系列：

標度控制著數(shù)據(jù)到圖形屬性的映射，標度將我們的數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)化為視覺上可以感知的東西，比如大小、位置、顏色、形狀等。標度也為我們提供了讀圖時所使用的工具，比如說坐標軸和圖例。總的來說，可以稱為引導(dǎo)元素。標度函數(shù)控制元素的屬性，可以理解為圖形的遙控器，可以用它來調(diào)整畫布大小、顏色等等。此前學(xué)的shape,color,size等參數(shù)和標度函數(shù)相比顯得不夠靈活。

scale_fill_brewer 調(diào)色板函數(shù)

geom_errorbar()

geom_crossbar()

geom_linerange() 繪制線段

geom_pointrange() 繪制點

pointrange：點畫線

首先繪制一張盒形圖

在圖上顯示出觀測值

值得注意的是，圖上點的多少并不能完全反應(yīng)原始數(shù)據(jù)的多少，因為有的點可能因為點過于密集就會被覆蓋，看起來是一個點，其實可能是多個點。

因此可以使用geom_jitter函數(shù)將不同的點區(qū)分開（jitter是震蕩散點），width設(shè)置如果遇到相同的點，點向左右方平移的距離。alpha設(shè)置透明度。

黑色點是離群點

還可以繪制卡槽圖

varwidth參數(shù)會根據(jù)該水平下觀測值的個數(shù)（n值）改變盒形圖的寬度。（這里寬度去的不是觀測個數(shù)的絕對值，而是平方根，以縮小差距。）

給盒子上色

分組盒形圖，用不同顏色區(qū)分

畫水平的盒形圖

使用coord_flip函數(shù)（坐標軸翻轉(zhuǎn)函數(shù)）

繪制一張直方圖

bins可以設(shè)置直方圖條柱的數(shù)目，默認為30。當bins和binwidth（設(shè)置條柱寬度）同時設(shè)置時，默認以binwidth為準。

新加入變量cut，根據(jù)新變量在price水平上進行一個計數(shù)

y軸由count變?yōu)閐ensity，繪制概率密度

注意下面density的寫法，前后都要加..

繪制概率密度曲線：geom_density函數(shù)

堆棧密度概率曲線

geom_line/geom_path/geom_step

繪制一個簡單的線圖

繪制點線圖，點和線需要分別添加。

如上圖，線在點之上，是因為先投射了點，又投射了線。

先投射線，點就出現(xiàn)在了線之上。

線的顏色出現(xiàn)了漸變

geom_smooth函數(shù)：繪制擬合曲線

methods還有其他的方法，如glm：廣義線性模型；losses：純粹平滑；gam：廣義加性模型等等（lm和glm最常用）

geom_hline繪制水平線，geom_vline繪制垂直線。xintercept和yintercept是截距，slope是斜率。

當前名稱：r語言利用go表格作圖 go分析r語言
網(wǎng)站URL：http://chinadenli.net/article10/hpejgo.html

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