【R語(yǔ)言】解決GO富集分析繪圖，標(biāo)簽重疊問(wèn)題

前面我給大家詳細(xì)介紹過(guò)

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?GO簡(jiǎn)介及GO富集結(jié)果解讀

?四種GO富集柱形圖、氣泡圖解讀

?GO富集分析四種風(fēng)格展示結(jié)果—柱形圖，氣泡圖

?KEGG富集分析—柱形圖，氣泡圖，通路圖

? DAVID GO和KEGG富集分析及結(jié)果可視化

也用視頻給大家介紹過(guò)

? GO和KEGG富集分析視頻講解

最近有粉絲反映說(shuō)，利用clusterProfiler這個(gè)包繪制GO富集分析氣泡圖和柱形圖的時(shí)候，發(fā)現(xiàn)GO條目的名字都重疊在一起了。

氣泡圖

柱形圖

這個(gè)圖別說(shuō)美觀了，簡(jiǎn)直不忍直視。經(jīng)過(guò)我的認(rèn)真研究，發(fā)現(xiàn)跟R版本有關(guān)。前面我給大家展示的基本都是R 3.6.3做出來(lái)的圖。很多粉絲可能用的都是最新版本的R 4.1.2。

我們知道R的版本在不停的更新，相應(yīng)的R包也在不停的更新。我把繪制氣泡圖和柱形圖相關(guān)的函數(shù)拿出來(lái)認(rèn)真的研究了一下，終于發(fā)現(xiàn)的癥結(jié)所在。

dotplot這個(gè)函數(shù)，多了個(gè) label_format 參數(shù)

我們來(lái)看看這個(gè)參數(shù)究竟是干什么用的，看看參數(shù)說(shuō)明

label_format :

a numeric value sets wrap length, alternatively a custom function to format axis labels. by default wraps names longer that 30 characters

原來(lái)這個(gè)參數(shù)默認(rèn)值是30，當(dāng)標(biāo)簽的長(zhǎng)度大于30個(gè)字符就會(huì)被折疊，用多行來(lái)展示。既然問(wèn)題找到了，我們就來(lái)調(diào)節(jié)一下這個(gè)參數(shù)，把他設(shè)置成100，讓我們的標(biāo)簽可以一行展示。

是不是還是原來(lái)的配方，還是熟悉的味道

同樣的柱形圖，我們也能讓他恢復(fù)原來(lái)的容貌。

關(guān)于如何使用R做GO和KEGG富集分析，可參考下文

GO和KEGG富集分析視頻講解

go語(yǔ)言--Goroutines

1、goroutine：在go語(yǔ)言中，每一個(gè)并發(fā)的執(zhí)行單元叫做goroutine，如果一個(gè)程序中包含多個(gè)goroutine，對(duì)兩個(gè)函數(shù)的調(diào)用則可能發(fā)生在同一時(shí)刻

2、main goroutine：當(dāng)一個(gè)程序啟動(dòng)時(shí)，其主函數(shù)即在一個(gè)單獨(dú)的goroutine中運(yùn)行，我們叫他為main gorountine

3、go goroutine：新的goroutine會(huì)用go語(yǔ)句來(lái)創(chuàng)建，go+函數(shù)名，go語(yǔ)句會(huì)使其語(yǔ)句中的函數(shù)在一新創(chuàng)建的goroutine中運(yùn)行，而go語(yǔ)句本身會(huì)迅速地完成

4、goroutine的退出：主函數(shù)返回時(shí)，所有的goroutine都會(huì)被直接打斷，程序退出，除了從主函數(shù)退出或者終止程序之外，沒(méi)有其他方法能夠讓一個(gè)goroutine來(lái)打斷另一個(gè)的執(zhí)行，但是可以通過(guò)另一種方式來(lái)實(shí)現(xiàn)這個(gè)目的，通過(guò)goroutine之間的通信來(lái)讓一個(gè)goroutine請(qǐng)求其他的goroutine，并讓請(qǐng)求的goroutine自行結(jié)束執(zhí)行

GO語(yǔ)言學(xué)習(xí)系列八——GO函數(shù)(func)的聲明與使用

GO是編譯性語(yǔ)言，所以函數(shù)的順序是無(wú)關(guān)緊要的，為了方便閱讀，建議入口函數(shù) main 寫(xiě)在最前面，其余函數(shù)按照功能需要進(jìn)行排列

GO的函數(shù) 不支持嵌套，重載和默認(rèn)參數(shù)

GO的函數(shù) 支持 無(wú)需聲明變量，可變長(zhǎng)度，多返回值，匿名，閉包等

GO的函數(shù)用 func 來(lái)聲明，且左大括號(hào) { 不能另起一行

一個(gè)簡(jiǎn)單的示例：

輸出為：

參數(shù)：可以傳0個(gè)或多個(gè)值來(lái)供自己用

返回：通過(guò)用 return 來(lái)進(jìn)行返回

輸出為：

上面就是一個(gè)典型的多參數(shù)傳遞與多返回值

對(duì)例子的說(shuō)明：

按值傳遞：是對(duì)某個(gè)變量進(jìn)行復(fù)制，不能更改原變量的值

引用傳遞：相當(dāng)于按指針傳遞，可以同時(shí)改變?cè)瓉?lái)的值，并且消耗的內(nèi)存會(huì)更少，只有4或8個(gè)字節(jié)的消耗

在上例中，返回值 (d int, e int, f int) { 是進(jìn)行了命名，如果不想命名可以寫(xiě)成 (int,int,int){ ,返回的結(jié)果都是一樣的，但要注意:

當(dāng)返回了多個(gè)值，我們某些變量不想要，或?qū)嶋H用不到，我們可以使用 _ 來(lái)補(bǔ)位，例如上例的返回我們可以寫(xiě)成 d,_,f := test(a,b,c) ，我們不想要中間的返回值，可以以這種形式來(lái)舍棄掉

在參數(shù)后面以 變量 ... type 這種形式的，我們就要以判斷出這是一個(gè)可變長(zhǎng)度的參數(shù)

輸出為：

在上例中， strs ...string 中， strs 的實(shí)際值是b,c,d,e,這就是一個(gè)最簡(jiǎn)單的傳遞可變長(zhǎng)度的參數(shù)的例子，更多一些演變的形式，都非常類似

在GO中 defer 關(guān)鍵字非常重要，相當(dāng)于面相對(duì)像中的析構(gòu)函數(shù)，也就是在某個(gè)函數(shù)執(zhí)行完成后，GO會(huì)自動(dòng)這個(gè)；

如果在多層循環(huán)中函數(shù)里，都定義了 defer ,那么它的執(zhí)行順序是先進(jìn)后出；

當(dāng)某個(gè)函數(shù)出現(xiàn)嚴(yán)重錯(cuò)誤時(shí)， defer 也會(huì)被調(diào)用

輸出為

這是一個(gè)最簡(jiǎn)單的測(cè)試了，當(dāng)然還有更復(fù)雜的調(diào)用，比如調(diào)試程序時(shí)，判斷是哪個(gè)函數(shù)出了問(wèn)題，完全可以根據(jù) defer 打印出來(lái)的內(nèi)容來(lái)進(jìn)行判斷，非常快速，這種留給你們?nèi)?shí)現(xiàn)

一個(gè)函數(shù)在函數(shù)體內(nèi)自己調(diào)用自己我們稱之為遞歸函數(shù)，在做遞歸調(diào)用時(shí)，經(jīng)常會(huì)將內(nèi)存給占滿，這是非常要注意的，常用的比如，快速排序就是用的遞歸調(diào)用

本篇重點(diǎn)介紹了GO函數(shù)(func)的聲明與使用，下一篇將介紹GO的結(jié)構(gòu) struct

單向散列函數(shù)(go語(yǔ)言實(shí)踐)

單向散列函數(shù)(one-wayfunction)有一個(gè)輸入和一個(gè)輸出，其中輸入稱為消息(message)，輸出稱為散列值 (hashvalue)。單向散列函數(shù)可以根據(jù)消息的內(nèi)容計(jì)算出散列值，而散列值就可以被用來(lái)檢查消息的完整性。

這里的消息不一定是人類能夠讀懂的文字，也可以是圖像文件或者聲音文件。單向散列函數(shù)不需要知道消息實(shí)

際代表的含義。無(wú)論任何消息，單向散列函數(shù)都會(huì)將它作為單純的比特序列來(lái)處理，即根據(jù)比特序列計(jì)算出散

列值。

散列值的長(zhǎng)度和消息的長(zhǎng)度無(wú)關(guān)。無(wú)論消息是1比特，還是100MB，甚至是IOOGB，單向散列函數(shù)都會(huì)計(jì)算出固 定長(zhǎng)度的散列值。以SHA-I單向散列函數(shù)為例，它所計(jì)算出的散列值的長(zhǎng)度永遠(yuǎn)是160比特(20字節(jié))。

單向散列函數(shù)的相關(guān)術(shù)語(yǔ)有很多變體，不同參考資料中所使用的術(shù)語(yǔ)也不同，下面我們就介紹其中的兒個(gè)。 單向散列函數(shù)也稱為 消息摘要函數(shù)(message digest function) 、 哈希函數(shù) 或者 雜湊函數(shù) 。 輸入單向散列函數(shù)的消息也稱為 原像 (pre-image) 。

單向散列函數(shù)輸出的散列值也稱為 消息摘要 (message digest)或者 指紋 (fingerprint)。 完整性 也稱為一致性。

MD4是由Rivest于1990年設(shè)計(jì)的單向散列函數(shù)，能夠產(chǎn)生128比特的散列值(RFC1186，修訂版RFC1320)。不 過(guò)，隨著Dobbertin提出尋找MD4散列碰撞的方法，因此現(xiàn)在它已經(jīng)不安全了。

MD5是由Rwest于1991年設(shè)計(jì)的單項(xiàng)散列函數(shù)，能夠產(chǎn)生128比特的散列值(RFC1321)。

MD5的強(qiáng)抗碰撞性已經(jīng)被攻破，也就是說(shuō)，現(xiàn)在已經(jīng)能夠產(chǎn)生具備相同散列值的兩條不同的消息，因此它也已

經(jīng)不安全了。

MD4和MD5中的MD是消息摘要(Message Digest)的縮寫(xiě)。

SHA-1是由NIST(NationalInstituteOfStandardsandTechnology，美國(guó)國(guó)家標(biāo)準(zhǔn)技術(shù)研究所)設(shè)計(jì)的一種能夠產(chǎn)生 160比特的散列值的單向散列函數(shù)。1993年被作為美國(guó)聯(lián)邦信息處理標(biāo)準(zhǔn)規(guī)格(FIPS PUB 180)發(fā)布的是 SHA,1995年發(fā)布的修訂版FIPS PUB 180-1稱為SHA-1。

SHA-1的消息長(zhǎng)度存在上限，但這個(gè)值接近于2^64比特，是個(gè)非常巨大的數(shù)值，因此在實(shí)際應(yīng)用中沒(méi)有問(wèn)題。

SHA-256、SHA-384和SHA-512都是由NIST設(shè)計(jì)的單向散列函數(shù)，它們的散列值長(zhǎng)度分別為256比特、384比特和

512比特。這些單向散列函數(shù)合起來(lái)統(tǒng)稱SHA-2，它們的消息長(zhǎng)度也存在上限(SHA-256的上限接近于 2^64 比特，

SHA-384 和 SHA-512的上限接近于 2^128 比特)。這些單向散列函數(shù)是于2002年和 SHA-1 一起作為 FIPS PUB 180-2 發(fā)布的 SHA-1 的強(qiáng)抗碰撞性已于2005年被攻破, 也就是說(shuō)，現(xiàn)在已經(jīng)能夠產(chǎn)生具備相同散列值的兩條不同的消 息。不過(guò)，SHA-2還尚未被攻破。

Go語(yǔ)言設(shè)計(jì)與實(shí)現(xiàn)（上）

基本設(shè)計(jì)思路：

類型轉(zhuǎn)換、類型斷言、動(dòng)態(tài)派發(fā)。iface，eface。

反射對(duì)象具有的方法：

編譯優(yōu)化：

內(nèi)部實(shí)現(xiàn)：

實(shí)現(xiàn) Context 接口有以下幾個(gè)類型（空實(shí)現(xiàn)就忽略了）：

互斥鎖的控制邏輯：

設(shè)計(jì)思路：

（以上為寫(xiě)被讀阻塞，下面是讀被寫(xiě)阻塞）

總結(jié)，讀寫(xiě)鎖的設(shè)計(jì)還是非常巧妙的：

設(shè)計(jì)思路：

WaitGroup 有三個(gè)暴露的函數(shù):

部件：

設(shè)計(jì)思路：

結(jié)構(gòu)：

Once 只暴露了一個(gè)方法：

實(shí)現(xiàn)：

三個(gè)關(guān)鍵點(diǎn)：

細(xì)節(jié)：

讓多協(xié)程任務(wù)的開(kāi)始執(zhí)行時(shí)間可控（按順序或歸一）。（Context 是控制結(jié)束時(shí)間）

設(shè)計(jì)思路： 通過(guò)一個(gè)鎖和內(nèi)置的 notifyList 隊(duì)列實(shí)現(xiàn)，Wait() 會(huì)生成票據(jù)，并將等待協(xié)程信息加入鏈表中，等待控制協(xié)程中發(fā)送信號(hào)通知一個(gè)（Signal()）或所有（Boardcast()）等待者（內(nèi)部實(shí)現(xiàn)是通過(guò)票據(jù)通知的）來(lái)控制協(xié)程解除阻塞。

暴露四個(gè)函數(shù)：

實(shí)現(xiàn)細(xì)節(jié)：

部件：

包： golang.org/x/sync/errgroup

作用：開(kāi)啟 func() error 函數(shù)簽名的協(xié)程，在同 Group 下協(xié)程并發(fā)執(zhí)行過(guò)程并收集首次 err 錯(cuò)誤。通過(guò) Context 的傳入，還可以控制在首次 err 出現(xiàn)時(shí)就終止組內(nèi)各協(xié)程。

設(shè)計(jì)思路：

結(jié)構(gòu)：

暴露的方法：

實(shí)現(xiàn)細(xì)節(jié)：

注意問(wèn)題：

包： "golang.org/x/sync/semaphore"

作用：排隊(duì)借資源（如錢(qián)，有借有還）的一種場(chǎng)景。此包相當(dāng)于對(duì)底層信號(hào)量的一種暴露。

設(shè)計(jì)思路：有一定數(shù)量的資源 Weight，每一個(gè) waiter 攜帶一個(gè) channel 和要借的數(shù)量 n。通過(guò)隊(duì)列排隊(duì)執(zhí)行借貸。

結(jié)構(gòu)：

暴露方法：

細(xì)節(jié)：

部件：

細(xì)節(jié)：

包： "golang.org/x/sync/singleflight"

作用：防擊穿。瞬時(shí)的相同請(qǐng)求只調(diào)用一次，response 被所有相同請(qǐng)求共享。

設(shè)計(jì)思路：按請(qǐng)求的 key 分組（一個(gè) *call 是一個(gè)組，用 map 映射存儲(chǔ)組），每個(gè)組只進(jìn)行一次訪問(wèn)，組內(nèi)每個(gè)協(xié)程會(huì)獲得對(duì)應(yīng)結(jié)果的一個(gè)拷貝。

結(jié)構(gòu)：

邏輯：

細(xì)節(jié)：

部件：

如有錯(cuò)誤，請(qǐng)批評(píng)指正。

GO語(yǔ)言（十六）：模糊測(cè)試入門(mén)（上）

本教程介紹了 Go 中模糊測(cè)試的基礎(chǔ)知識(shí)。通過(guò)模糊測(cè)試，隨機(jī)數(shù)據(jù)會(huì)針對(duì)您的測(cè)試運(yùn)行，以嘗試找出漏洞或?qū)е卤罎⒌妮斎搿？梢酝ㄟ^(guò)模糊測(cè)試發(fā)現(xiàn)的一些漏洞示例包括 SQL 注入、緩沖區(qū)溢出、拒絕服務(wù)和跨站點(diǎn)腳本攻擊。

在本教程中，您將為一個(gè)簡(jiǎn)單的函數(shù)編寫(xiě)一個(gè)模糊測(cè)試，運(yùn)行 go 命令，并調(diào)試和修復(fù)代碼中的問(wèn)題。

首先，為您要編寫(xiě)的代碼創(chuàng)建一個(gè)文件夾。

1、打開(kāi)命令提示符并切換到您的主目錄。

在 Linux 或 Mac 上：

在 Windows 上：

2、在命令提示符下，為您的代碼創(chuàng)建一個(gè)名為 fuzz 的目錄。

3、創(chuàng)建一個(gè)模塊來(lái)保存您的代碼。

運(yùn)行g(shù)o mod init命令，為其提供新代碼的模塊路徑。

接下來(lái)，您將添加一些簡(jiǎn)單的代碼來(lái)反轉(zhuǎn)字符串，稍后我們將對(duì)其進(jìn)行模糊測(cè)試。

在此步驟中，您將添加一個(gè)函數(shù)來(lái)反轉(zhuǎn)字符串。

a.使用您的文本編輯器，在 fuzz 目錄中創(chuàng)建一個(gè)名為 main.go 的文件。

獨(dú)立程序（與庫(kù)相反）始終位于 package 中main。

此函數(shù)將接受string，使用byte進(jìn)行循環(huán) ，并在最后返回反轉(zhuǎn)的字符串。

此函數(shù)將運(yùn)行一些Reverse操作，然后將輸出打印到命令行。這有助于查看運(yùn)行中的代碼，并可能有助于調(diào)試。

e.該main函數(shù)使用 fmt 包，因此您需要導(dǎo)入它。

第一行代碼應(yīng)如下所示：

從包含 main.go 的目錄中的命令行，運(yùn)行代碼。

可以看到原來(lái)的字符串，反轉(zhuǎn)它的結(jié)果，然后再反轉(zhuǎn)它的結(jié)果，就相當(dāng)于原來(lái)的了。

現(xiàn)在代碼正在運(yùn)行，是時(shí)候測(cè)試它了。

在這一步中，您將為Reverse函數(shù)編寫(xiě)一個(gè)基本的單元測(cè)試。

a.使用您的文本編輯器，在 fuzz 目錄中創(chuàng)建一個(gè)名為 reverse_test.go 的文件。

b.將以下代碼粘貼到 reverse_test.go 中。

這個(gè)簡(jiǎn)單的測(cè)試將斷言列出的輸入字符串將被正確反轉(zhuǎn)。

使用運(yùn)行單元測(cè)試go test

接下來(lái)，您將單元測(cè)試更改為模糊測(cè)試。

單元測(cè)試有局限性，即每個(gè)輸入都必須由開(kāi)發(fā)人員添加到測(cè)試中。模糊測(cè)試的一個(gè)好處是它可以為您的代碼提供輸入，并且可以識(shí)別您提出的測(cè)試用例沒(méi)有達(dá)到的邊緣用例。

在本節(jié)中，您將單元測(cè)試轉(zhuǎn)換為模糊測(cè)試，這樣您就可以用更少的工作生成更多的輸入！

請(qǐng)注意，您可以將單元測(cè)試、基準(zhǔn)測(cè)試和模糊測(cè)試保存在同一個(gè) *_test.go 文件中，但對(duì)于本示例，您將單元測(cè)試轉(zhuǎn)換為模糊測(cè)試。

在您的文本編輯器中，將 reverse_test.go 中的單元測(cè)試替換為以下模糊測(cè)試。

Fuzzing 也有一些限制。在您的單元測(cè)試中，您可以預(yù)測(cè)Reverse函數(shù)的預(yù)期輸出，并驗(yàn)證實(shí)際輸出是否滿足這些預(yù)期。

例如，在測(cè)試用例Reverse("Hello, world")中，單元測(cè)試將返回指定為"dlrow ,olleH".

模糊測(cè)試時(shí)，您無(wú)法預(yù)測(cè)預(yù)期輸出，因?yàn)槟鸁o(wú)法控制輸入。

但是，Reverse您可以在模糊測(cè)試中驗(yàn)證函數(shù)的一些屬性。在這個(gè)模糊測(cè)試中檢查的兩個(gè)屬性是：

（1）將字符串反轉(zhuǎn)兩次保留原始值

（2）反轉(zhuǎn)的字符串將其狀態(tài)保留為有效的 UTF-8。

注意單元測(cè)試和模糊測(cè)試之間的語(yǔ)法差異：

（3）確保新包unicode/utf8已導(dǎo)入。

隨著單元測(cè)試轉(zhuǎn)換為模糊測(cè)試，是時(shí)候再次運(yùn)行測(cè)試了。

a.在不進(jìn)行模糊測(cè)試的情況下運(yùn)行模糊測(cè)試，以確保種子輸入通過(guò)。

如果您在該文件中有其他測(cè)試，您也可以運(yùn)行g(shù)o test -run=FuzzReverse，并且您只想運(yùn)行模糊測(cè)試。

b.運(yùn)行FuzzReverse模糊測(cè)試，查看是否有任何隨機(jī)生成的字符串輸入會(huì)導(dǎo)致失敗。這是使用go test新標(biāo)志-fuzz執(zhí)行的。

模糊測(cè)試時(shí)發(fā)生故障，導(dǎo)致問(wèn)題的輸入被寫(xiě)入將在下次運(yùn)行的種子語(yǔ)料庫(kù)文件中g(shù)o test，即使沒(méi)有-fuzz標(biāo)志也是如此。要查看導(dǎo)致失敗的輸入，請(qǐng)?jiān)谖谋揪庉嬈髦写蜷_(kāi)寫(xiě)入 testdata/fuzz/FuzzReverse 目錄的語(yǔ)料庫(kù)文件。您的種子語(yǔ)料庫(kù)文件可能包含不同的字符串，但格式相同。

語(yǔ)料庫(kù)文件的第一行表示編碼版本。以下每一行代表構(gòu)成語(yǔ)料庫(kù)條目的每種類型的值。由于 fuzz target 只需要 1 個(gè)輸入，因此版本之后只有 1 個(gè)值。

c.運(yùn)行沒(méi)有-fuzz標(biāo)志的go test； 新的失敗種子語(yǔ)料庫(kù)條目將被使用：

由于我們的測(cè)試失敗，是時(shí)候調(diào)試了。

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