這篇文章主要介紹了circos配置文件的示例分析，具有一定借鑒價(jià)值，感興趣的朋友可以參考下，希望大家閱讀完這篇文章之后大有收獲，下面讓小編帶著大家一起了解一下。

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Circos 的核心就是配置文件的編寫(xiě)，在配置文件中，包含兩個(gè)方面的內(nèi)容：

1. 數(shù)據(jù)

2. 參數(shù)

作為一款可視化工具，毫無(wú)疑問(wèn)肯定是需要建立在數(shù)據(jù)的基礎(chǔ)上的。有了數(shù)據(jù)之后，如何展示，會(huì)有許多的參數(shù)需要設(shè)置和調(diào)整，這些參數(shù)就是我們需要理解和掌握的東西。

首先看一下配置文件的一個(gè)基本示例：

這個(gè)配置文件是我從官方提供的tutorials包中找的一個(gè)示例。對(duì)于circos的配置文件，需要理解以下3點(diǎn)：

1. #開(kāi)頭的行代表注釋

2. 參數(shù)通過(guò)key = value的形式進(jìn)行設(shè)置

3. 通過(guò)include可以引入其他的配置文件

由于circos 中包含的參數(shù)非常多，如果全部寫(xiě)在一個(gè)配置文件中，會(huì)顯得非常的臃腫，而且不利于管理和調(diào)試。為了解決這樣的問(wèn)題，circos 通過(guò)include 將其他文件中的配置導(dǎo)入到當(dāng)前配置文件中，這里include的作用和C語(yǔ)言中的incldue 語(yǔ)法一樣，都是一個(gè)字符串替換的作用。

比如上面例子中的<<include ideogram.conf>>，ideogram.conf的內(nèi)容如下：

在執(zhí)行的過(guò)程中，<<include ideogram.conf>>這句話(huà)會(huì)直接替換成ideogram.conf文件中的內(nèi)容。通過(guò)這種include的方法，可以將一個(gè)復(fù)雜的conf 文件，按照模塊拆分成多個(gè)，方便管理和維護(hù)。

有一點(diǎn)需要注意的是，circos查找配置文件的路徑有兩種：

基于當(dāng)前目錄的查找

通常情況下，軟件會(huì)自動(dòng)在當(dāng)前目錄查找名為circos.conf的配置文件，如果找不到，就會(huì)到當(dāng)前目錄的上級(jí)目錄去找。

在軟件安裝目錄代表查找

circos的安裝目錄如下：

其中的etc目錄下存儲(chǔ)的是軟件的默認(rèn)配置文件，示例文件中的<<include etc/image.conf>>就是導(dǎo)入目錄下的配置。在etc目錄下的配置是軟件內(nèi)置的，包括了字體，顏色，圖片等內(nèi)容的設(shè)置，在沒(méi)有充分理解參數(shù)作用的前提下，不建議改動(dòng)里面的內(nèi)容。

以下3個(gè)系統(tǒng)的配置是必須導(dǎo)入的

一般寫(xiě)在配置文件的最后即可。

如果眾多的參數(shù)，circos根據(jù)功能的不同劃分成了不同的block。不同模塊直接構(gòu)成了如下的樹(shù)狀結(jié)構(gòu)

可以看出有些模塊之間存在嵌套關(guān)系，是一個(gè)父節(jié)點(diǎn)和子結(jié)點(diǎn)的關(guān)系。在右側(cè)的4個(gè)block ,是系統(tǒng)內(nèi)置的，左側(cè)的block 是入門(mén)階段需要去掌握的。

對(duì)于block, 采用html類(lèi)似的閉合標(biāo)簽的寫(xiě)法，比如上文中ideogram.conf的例子。

感謝你能夠認(rèn)真閱讀完這篇文章，希望小編分享的“circos配置文件的示例分析”這篇文章對(duì)大家有幫助，同時(shí)也希望大家多多支持創(chuàng)新互聯(lián)，關(guān)注創(chuàng)新互聯(lián)行業(yè)資訊頻道，更多相關(guān)知識(shí)等著你來(lái)學(xué)習(xí)!

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