這個就需要依靠非常熟練的 LINUX / UNIX SHELL 編程技術(shù)、以及 python 語言來提取表格文本中的某列了。具體的如何實現(xiàn)方法,你可以參考相關(guān)的 SHELL 編程技術(shù)、以及 python 語言編程的書籍,使用程序的方式提取出你需要的任意一列內(nèi)容。

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1、輸入密碼,進(jìn)入linux虛擬機(jī)。
2、登陸之后的桌面如下圖所示。
3、linux中,每個用戶都有一個home文件夾,用于存放用戶的文件。
4、如果要查看所有的文件,也就是不僅僅是當(dāng)前用戶的。需要點擊左側(cè)的computer。
5、另外的方式是用命令行。右鍵桌面,點擊open in terminal。
6、然后依次輸入cd / ; ls兩條命令之后即可。
通過netstat命令
netstat命令一直是Linux中打印路由表信息一種廣泛使用的方法。然而,它被ip route命令正式取代。無論如何,我們都需要它,因為它仍然是檢索所需信息的一種方法。
以下是使用此命令的方法:
$ netstat -rn
如何在Ubuntu中查看網(wǎng)絡(luò)路由表
-r此標(biāo)志用于顯示內(nèi)核路由表
如何在Ubuntu中查看網(wǎng)絡(luò)路由表
-n此標(biāo)志用于顯示數(shù)字地址
如何在Ubuntu中查看網(wǎng)絡(luò)路由表
在Linux系統(tǒng)里常用于文本查看、操作、統(tǒng)計的命令:
通過多敲鍵盤,形成手感 肌肉記憶 ,熟練掌握這些命令,在以后生信分析中游刃有余。以下是每個命令的詳細(xì)的介紹(主要是跟著 生信技能樹小郭老師 學(xué)習(xí)做的筆記)
接下來通過示例把10個命令的常用參數(shù)和用法展示出來:
參數(shù)的用法介紹:
注意事項:
用 cat 命令可以 查看文本 ,也可以 編輯文本 ,編輯文本要加 符號,退出時,另起一行,按 control C 退出
zcat可以查看壓縮的文本文件,tac逆向查看
結(jié)合 管道符| 使用
head / tail -n :查看文件的前 / 后 n 行,默認(rèn) 10 行 (在R語言里head和tail默認(rèn)是前6行)。
less命令用得最多 ,more命令用得比較少
3.1 less命令
less [參數(shù)] 文件名
less命令重要的補(bǔ)充用法1 :
需要注意 退出 :只要使用less命令, 按q鍵
less命令重要的補(bǔ)充用法2 :
參數(shù)用法:
less命令 不加參數(shù) 查看文件:
less命令加 -N參數(shù) 查看文件:顯示行號
less命令加 -S參數(shù) 查看文件:單行顯示,非常規(guī)整
對比:less和cat命令顯示文本行號的用法:less -N,cat -n
3.2 more命令
**more ** 逐頁查看,按空格翻頁,按回車換行 ,more命令一般很少用,熟練掌握less命令就好
查看壓縮文件
wc 統(tǒng)計字符是也把換行符統(tǒng)計進(jìn)去,但是別的命令不一定會把換行符算進(jìn)去,。
常見參數(shù):
切記:用less命令,按q退出
cut命令是按關(guān)鍵詞來切的
常見參數(shù):
排列前:
排列后:
解釋:1和0比,1大;7和0比,7大…在sort字典排序里,100816比1737小,所以100816排在前面。
命令行查看一個表格結(jié)構(gòu)時,因為制表符對齊的原因,出現(xiàn)一個錯位的現(xiàn)象。還有 字典排序 可能和我們平時的認(rèn)知不一樣,所以 加上-n參數(shù) , 讓數(shù)值有數(shù)學(xué)意義上的大小來排序 。
uniq命令去重,只有兩行出現(xiàn)重復(fù),而且是相鄰的兩行,如果不相鄰,即使出現(xiàn)兩行一模一樣,不會去重。
uniq命令通常和sort命令搭配使用
換其它文件試試
總之,uniq命令使用時經(jīng)常和sort一起
常見參數(shù):
常見用法1:
paste file1 file2
-s :按行合并 演示
常見用法2 : paste - -
常見參數(shù):
要養(yǎng)成一個好習(xí)慣,原始數(shù)據(jù)不要輕易修改,修改的東西另外保存,文本保存用 (重定向)或是 (追加)
1. 用 less 查看 example.gtf ,然后管道符傳遞給 wc
2. 截取 example.gtf 第 9 列的內(nèi)容
3. 在第2步的基礎(chǔ)上截取分號分割的第1列
4. 在第3步的基礎(chǔ)上排序、去重復(fù)并統(tǒng)計
5. 在第4步的基礎(chǔ)上,將空格替換成制表符
補(bǔ)充小知識 :
清屏 :control L
查看歷史(輸入過的)命令 :history
分享標(biāo)題:linux表格命令,linux命令大全手冊
新聞來源:http://chinadenli.net/article29/dsipdjh.html
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