R語言KEGG相關(guān),請戰(zhàn)友們幫我看看是怎么回事

我們知道R的版本在不停的更新，相應(yīng)的R包也在不停的更新。我把繪制氣泡圖和柱形圖相關(guān)的函數(shù)拿出來認(rèn)真的研究了一下，終于發(fā)現(xiàn)的癥結(jié)所在。

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下面給大家介紹一下如何在Windows下對差異基因進(jìn)行kegg注釋。

關(guān)鍵還在于感興趣點(diǎn)在哪了。粗略的看，可以先看KEGG或者GO功能分類，看差異基因具體富集在哪些通路或功能。比如關(guān)注的是細(xì)胞內(nèi)酸合成關(guān)鍵酶，可以重點(diǎn)看酸合成和碳流相關(guān)通路。具體如何看KEGG或者GO功能分類，請聽下回分解。

可能的原因：Xxx應(yīng)該是實(shí)體類的名字，而不是表的名字。查看hibernate.cfg.xml文件，是否有添加“mapping resource”。

R語言GEO數(shù)據(jù)挖掘:步驟四:富集分析KEGG,GO

3 GO富集分析 加載了注釋庫之后，讀取基因列表文件，并使用clusterProfiler的內(nèi)部函數(shù)enrichGO()即可完成GO富集分析。讀取基因列表文件，并使用clusterProfiler的內(nèi)部函數(shù)enrichKEGG()即可完成KEGG富集分析。

前景基因：指的是我們所要進(jìn)行富集的基因，一般是基因的ID 背景基因：指的是前景基因在某個(gè)基因集合進(jìn)行富集，這個(gè)基因集合就是背景基因 描述信息：每個(gè)GO的Term的屬性，或者是每個(gè)KO號或者map號的屬性。

把他設(shè)置成100，讓我們的標(biāo)簽可以一行展示。是不是還是原來的配方，還是熟悉的味道 同樣的柱形圖，我們也能讓他恢復(fù)原來的容貌。

scale_y_discrete則調(diào)節(jié)label過長的情況，讓圖片看起來 更美觀。3)檢查結(jié)果，可見geneID展示為gene symbol。（1）在enrichGO函數(shù)中，設(shè)置readable = TRUE；(2)用setReadable函數(shù)，對GO或者KEGG結(jié)果進(jìn)行轉(zhuǎn)化即可。

嵌套Venn圖的繪制(R語言)

使用R包GOplot，即可通過給定的數(shù)據(jù)繪制這種特殊的Venn圖，同時(shí)展示基因交集以及上下調(diào)數(shù)量的二維信息。這樣這種Venn圖組合餅圖的樣式就得到了。

繪制韋恩圖有很多方式，R，Python，Perl等，這里主要是用R來展示；在R語言中，繪制venn圖有很多包可以實(shí)現(xiàn)：Venn， Vennplot， VennDiagram， VennDetail， ggvenn，gplots等。此文主要展示一下用VennDiagram包繪制高緯度的韋恩圖。

接下來，將該文件讀到R中，繪制Venn圖。VennDiagram包中的函數(shù)venn.diagram()，可以直接基于原始數(shù)據(jù)自動統(tǒng)計(jì)并繪制Venn圖。工作路徑下輸出一張圖片“vennpng”，打開就是繪制的Venn圖。

VennDiagram函數(shù)包最大能繪制5個(gè)數(shù)據(jù)集合的韋恩圖。

新聞名稱：r語言高端go圖 r語言畫go圖
網(wǎng)頁地址：http://chinadenli.net/article26/dspdpcg.html

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