R語言GEO數(shù)據(jù)挖掘:步驟四:富集分析KEGG,GO

3 GO富集分析 加載了注釋庫之后，讀取基因列表文件，并使用clusterProfiler的內(nèi)部函數(shù)enrichGO()即可完成GO富集分析。讀取基因列表文件，并使用clusterProfiler的內(nèi)部函數(shù)enrichKEGG()即可完成KEGG富集分析。

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前景基因：指的是我們所要進(jìn)行富集的基因，一般是基因的ID 背景基因：指的是前景基因在某個(gè)基因集合進(jìn)行富集，這個(gè)基因集合就是背景基因 描述信息：每個(gè)GO的Term的屬性，或者是每個(gè)KO號(hào)或者map號(hào)的屬性。

把他設(shè)置成100，讓我們的標(biāo)簽可以一行展示。是不是還是原來的配方，還是熟悉的味道 同樣的柱形圖，我們也能讓他恢復(fù)原來的容貌。

scale_y_discrete則調(diào)節(jié)label過長(zhǎng)的情況，讓圖片看起來 更美觀。3)檢查結(jié)果，可見geneID展示為gene symbol。（1）在enrichGO函數(shù)中，設(shè)置readable = TRUE；(2)用setReadable函數(shù)，對(duì)GO或者KEGG結(jié)果進(jìn)行轉(zhuǎn)化即可。

【R語言】給富集分析的氣泡圖加個(gè)好看的配色

1、配色確實(shí)有那味了，但是沒想到內(nèi)置的顏色不夠用，可能通路少一點(diǎn)會(huì)好。連續(xù)型變量系列：然后我發(fā)現(xiàn)，不管添不添加配色，都是和默認(rèn)的配色保持一致，目前猜測(cè)可能是顏色不夠?qū)е碌摹?/p>

2、最近小Q在做自然選擇分析，分析完之后簡(jiǎn)單粗暴的對(duì)候選基因做了富集分析，并做了展示，比起氣泡圖，我模仿了另一種作圖方式，顯示效果更佳。所以想在此分享一下如何用R語言畫富集分析示意圖（非氣泡圖）。

3、最近有粉絲反映說，利用clusterProfiler這個(gè)包繪制GO富集分析氣泡圖和柱形圖的時(shí)候，發(fā)現(xiàn)GO條目的名字都重疊在一起了。氣泡圖 柱形圖 這個(gè)圖別說美觀了，簡(jiǎn)直不忍直視。經(jīng)過我的認(rèn)真研究，發(fā)現(xiàn)跟R版本有關(guān)。

4、r語言怎么查看富集分析的數(shù)據(jù) 首先利用r語言的install中的packages方法，輸入?yún)?shù)【xlsx】即可。此時(shí)利用library(xlsx)語句，打開xlsx這個(gè)庫。此時(shí)通過read的xlsx語法就能讀取某個(gè)文件夾下的Excel文件。

【R語言作圖】富集分析結(jié)果直方圖

最近小Q在做自然選擇分析，分析完之后簡(jiǎn)單粗暴的對(duì)候選基因做了富集分析，并做了展示，比起氣泡圖，我模仿了另一種作圖方式，顯示效果更佳。所以想在此分享一下如何用R語言畫富集分析示意圖（非氣泡圖）。

直方圖(Histogram)，又稱質(zhì)量分布圖，是一種統(tǒng)計(jì)報(bào)告圖，由一系列高度不等的縱向條紋或線段組成，表示數(shù)據(jù)分布的情況。 一般用橫軸(X軸)表示數(shù)據(jù)類型，縱軸(Y軸)表示分布(相應(yīng)值的頻數(shù))情況。

R語言繪圖系列：標(biāo)度控制著數(shù)據(jù)到圖形屬性的映射，標(biāo)度將我們的數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)化為視覺上可以感知的東西，比如大小、位置、顏色、形狀等。標(biāo)度也為我們提供了讀圖時(shí)所使用的工具，比如說坐標(biāo)軸和圖例。總的來說，可以稱為引導(dǎo)元素。

利用R包rworldmap & rworldxtra來作圖。已有的map數(shù)據(jù)中一個(gè)國(guó)家對(duì)應(yīng)一個(gè)坐標(biāo)，一個(gè)國(guó)家邊界，利用這些已有數(shù)據(jù)+用戶數(shù)據(jù)構(gòu)建新的畫圖數(shù)據(jù)（其他新添加的圖均是如此）。

網(wǎng)站標(biāo)題：r語言畫go功能富集的圖 r語言shiny畫圖
鏈接URL：http://chinadenli.net/article19/dsjhhgh.html

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