GO富集結(jié)果整體可視化

下面就來介紹一下simplifyEnrichment包是如何展示GO富集結(jié)果的。這里用該包中數(shù)據(jù)做一個(gè)演示。

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默認(rèn)展示circ 數(shù)據(jù)前10個(gè)GO Term，通過參數(shù) nsub 調(diào)整需要展示的GO Term chord_dat ()將作圖數(shù)據(jù)構(gòu)建成GOChord() 要求的輸入格式；一個(gè)二進(jìn)制的關(guān)系矩陣， 1 表示基因?qū)儆谠揋O Term， 0 與之相反。

經(jīng)過上游的生信分析我們會(huì)獲得許多具有生物學(xué)意義的gene set，可以是差異表達(dá)基因，也可是正選擇基因或者加速進(jìn)化基因。通常，只要具有這些基因的gene symbol或者是geneid，都可以利用該軟件進(jìn)行分析。

富集分析結(jié)果的可視化無非就是柱狀圖和氣泡圖，但是公司默認(rèn)出圖實(shí)在是太丑，所以還是自己動(dòng)手修改修改。常規(guī)柱狀圖（ggplot2）橫軸為gene counts，或者用-logP也行，填充相應(yīng)的用P值或者gene counts。

【R語言】解決GO富集分析繪圖,標(biāo)簽重疊問題

最近有粉絲反映說，利用clusterProfiler這個(gè)包繪制GO富集分析氣泡圖和柱形圖的時(shí)候，發(fā)現(xiàn)GO條目的名字都重疊在一起了。氣泡圖 柱形圖 這個(gè)圖別說美觀了，簡(jiǎn)直不忍直視。經(jīng)過我的認(rèn)真研究，發(fā)現(xiàn)跟R版本有關(guān)。

但是該方法存在一個(gè)很大的問題，那就是當(dāng)x軸標(biāo)簽數(shù)量很多時(shí)，那么就無法通過這樣的方法進(jìn)行解決了。方法二是方法一的逆向思路，既然可以調(diào)大畫布，那么反過來，我們也可以調(diào)小x軸標(biāo)簽字體。

最近小Q在做自然選擇分析，分析完之后簡(jiǎn)單粗暴的對(duì)候選基因做了富集分析，并做了展示，比起氣泡圖，我模仿了另一種作圖方式，顯示效果更佳。所以想在此分享一下如何用R語言畫富集分析示意圖（非氣泡圖）。

在是否需要構(gòu)建的問題上，我看到徐洲更在 功能注釋后如何做富集分析 中提到 “你不需要構(gòu)建Orgdb，因?yàn)镺rgdb的用途是進(jìn)行基因編號(hào)和GO/KEGG的轉(zhuǎn)換。

單細(xì)胞富集分析我最常用的是 分組GSVA ，但最近用到了GO分析，就復(fù)習(xí)一下GO和KEGG富集分析及繪圖。載入無比熟悉的pbmc.3k數(shù)據(jù)集 (已注釋好，數(shù)據(jù)準(zhǔn)備見 monocle )pbmc3k數(shù)據(jù)集只有1個(gè)樣本，沒辦法區(qū)分HC和病例組。

單細(xì)胞之富集分析-3:GO和KEGG富集分析及繪圖

單細(xì)胞富集分析我最常用的是 分組GSVA ，但最近用到了GO分析，就復(fù)習(xí)一下GO和KEGG富集分析及繪圖。載入無比熟悉的pbmc.3k數(shù)據(jù)集 (已注釋好，數(shù)據(jù)準(zhǔn)備見 monocle )pbmc3k數(shù)據(jù)集只有1個(gè)樣本，沒辦法區(qū)分HC和病例組。

3 GO富集分析 加載了注釋庫之后，讀取基因列表文件，并使用clusterProfiler的內(nèi)部函數(shù)enrichGO()即可完成GO富集分析。讀取基因列表文件，并使用clusterProfiler的內(nèi)部函數(shù)enrichKEGG()即可完成KEGG富集分析。

單細(xì)胞數(shù)據(jù)的分組包含不同細(xì)胞類型，對(duì)照組和實(shí)驗(yàn)組，不同時(shí)間段的樣本等，可以按照不同的分組將表達(dá)量矩陣和細(xì)胞分組信息提取出來，再進(jìn)行后續(xù)分析 。

GO、KEGG富集分析是我們做生信分析較為常用的部分，它可以將基因與功能相聯(lián)系起來。GO指的是Gene Ontology，是基因功能國際標(biāo)準(zhǔn)分類體系。

GO是Gene ontology的縮寫，GO數(shù)據(jù)庫分別從功能、參與的生物途徑及細(xì)胞中的定位對(duì)基因產(chǎn)物進(jìn)行了標(biāo)準(zhǔn)化描述 即對(duì)基因產(chǎn)物進(jìn)行簡(jiǎn)單注釋，通過GO富集分析可以粗略了解差異基因富集在哪些生物學(xué)功能、途徑或者細(xì)胞定位。

通常稱這種分析為GO、KEGG富集分析。本節(jié)視頻教程，就讓我們帶大家學(xué)習(xí)什么是GO、KEGG富集分析，它們的主要原理是什么，并簡(jiǎn)單展示使用DAVID進(jìn)行差異表達(dá)基因GO富集分析的操作過程。

名稱欄目：R語言GO富集分析畫圖 r語言faithful數(shù)據(jù)集
文章轉(zhuǎn)載：http://chinadenli.net/article13/dspidgs.html

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